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依財政部87年4月9日台財稅第871936994號函釋規定,中央健康保險局核定特約醫事服務機構之醫療費用時,如溢給之暫付醫療費用年度與核定沖抵或追繳為同一年度者,得於核定沖抵或追繳年度之應給付醫療費用總額中扣除,按給付淨額填發執行業務所得免扣繳憑單;涉有跨年度時,應由中央健康保險局出具沖抵或追繳溢給醫療費用收據證明(詳註應沖抵或追繳溢給之暫付醫療費用年度、醫事機構名稱及沖抵或追繳醫療費用金額),交付納稅義務人據以向所轄稽徵機關申請追減更正其當年度執行業務所得。
該局進一步表示,近年來健保醫療給付因實施總額預算制度,致多數醫療院所經中央健康保險局追繳溢付之以前年度醫療費用,該追減部分可函請中央健康保險局出具沖抵或追繳溢給醫療費用收據證明,依前揭函釋規定向所轄稽徵機關辦理更正退稅。

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