財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內納稅義務人甲君97年度綜合所得稅，漏報其本人及配偶出售未上市、櫃股票之有價證券交易所得，經該局查獲，乃補徵稅額，並處罰鍰。甲君不服，主張其及配偶薪資分開計稅合併申報，原分別適用6%及13%之稅率，因加計有價證券交易所得，使原申報綜合所得淨額亦按基本稅額之稅率 20%核算，實有違量能課稅之原則。案經復查、訴願及行政訴訟均遭駁回。
該局說明，甲君97年度綜合所得淨額80萬元，加計有價證券交易所得740萬元，基本所得額為820萬元，經扣除600萬元後，餘額始按20%之稅率計算稅額，並無原申報綜合所得稅淨額亦按基本稅額稅率20%核算之情事。
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財政部臺北市國稅局表示，5月份正值申報綜合所得稅季節，民眾以捐贈實物申報列舉扣除額時，請注意應以該實物實際取得的成本列報，千萬不要因高報該捐贈物品的價值，而遭到國稅局補稅甚至處罰。
該局表示，依列報實物捐贈案例，除土地外，還有納骨塔、未上市櫃股票、綠美化工程、教學軟體、毒品試劑及少數民族服飾等。經該局查核發現，以虛偽捐贈或高報捐贈財物價值遭到補稅的案件，97年度有137件、補稅金額達2億3,850萬元；98年度有119件、補稅金額達1億7,960萬元；99年度有54件、補稅金額達8,439萬元。
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財政部臺北市國稅局表示，納稅義務人、配偶或受扶養親屬之醫藥費及生育費，依所得稅法第17條第1項第2款第2目之3規定，以付與公立醫院、全民健康保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限。
該局說明，全民健康保險係整合原公、勞、農保險之醫療給付部分而制定之社會保險制度，故納稅義務人及其配偶或受扶養親屬付與全民健康保險特約醫院及診所之醫藥及生育費，得列為醫藥及生育費列舉扣除額。
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財政部經參酌各地區國稅局訪查蒐集99年各該局轄內土地交易資料研析後，於本(12)日核定「99年度個人捐贈土地列報綜合所得稅捐贈列舉扣除金額之認定標準」。
前開標準與98年度之規定相同，個人以購入之土地捐贈而未能提示土地取得成本確實證據，或土地係受贈或繼承取得者，其綜合所得稅捐贈列舉扣除金額依土地公告現值之16%計算；至於捐贈之土地，如果非屬公共設施保留地且情形特殊，其綜合所得稅捐贈列舉扣除金額之認定，得經稽徵機關研析具體意見專案報財政部核定。
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財政部於本(12)日核定「99年度個人出售房屋未申報或已申報而未能提出證明文件之財產交易所得標準」。
依所得稅法施行細則第17條之2第1項規定，個人出售房屋，如能提出交易時之成交價額及成本費用之證明文件者，其財產交易所得之計算，依所得稅法第14條第1項第7類規定核實認定；其未申報或未能提出證明文件者，稽徵機關得依財政部核定標準作為核課之依據。
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財政部於本（12）日核定「99年度財產租賃必要損耗及費用標準」。上開標準仍維持98年度標準，並無變動。
財政部賦稅署說明，依據所得稅法施行細則第15條第1項規定，租賃所得及權利金所得必要損耗及費用之減除，納稅義務人能提具確實證據者，從其申報數；其未能提具確實證據或證據不實者，稽徵機關得依財政部核定之減除標準調整之。上開標準係對未提具確實損耗及費用證據之納稅義務人核課所得稅之依據。
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財政部於本（12）日核定「99年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」。上開標準仍維持98年度標準，並無變動。
財政部賦稅署說明，依據所得稅法施行細則第17條第1項規定，自力耕作、漁、牧、林、礦所得成本及必要費用之減除，納稅義務人有完備會計紀錄及確實憑證者，應依申報數核實減除；無完備會計紀錄及確實憑證者，稽徵機關得依財政部核定之標準調整之。上開標準係對成本及必要費用無完備會計紀錄及確實憑證之自力耕作者核課所得稅之依據。
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財政部臺灣省中區國稅局大屯稽徵所表示，98年度綜合所得稅結算申報經國稅局核定開徵案件，將於明（100）年初統一寄發稅單，該所特別列舉歷年來常見之申報錯誤而遭國稅局剔除或核定補稅情形供民眾參考，以避免發生類似情形，致遭補稅甚至處罰。
一、申報方式錯誤：
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財政部於本(12)日核定「99年度個人出售房屋未申報或已申報而未能提出證明文件之財產交易所得標準」。
依所得稅法施行細則第17條之2第1項規定，個人出售房屋，如能提出交易時之成交價額及成本費用之證明文件者，其財產交易所得之計算，依所得稅法第14條第1項第7類規定核實認定；其未申報或未能提出證明文件者，稽徵機關得依財政部核定標準作為核課之依據。
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財政部經參酌各地區國稅局訪查蒐集99年各該局轄內土地交易資料研析後，於本(12)日核定「99年度個人捐贈土地列報綜合所得稅捐贈列舉扣除金額之認定標準」。
前開標準與98年度之規定相同，個人以購入之土地捐贈而未能提示土地取得成本確實證據，或土地係受贈或繼承取得者，其綜合所得稅捐贈列舉扣除金額依土地公告現值之16%計算；至於捐贈之土地，如果非屬公共設施保留地且情形特殊，其綜合所得稅捐贈列舉扣除金額之認定，得經稽徵機關研析具體意見專案報財政部核定。
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財政部已核定「99年度私人辦理補習班托兒所幼稚園與養護療養院所成本及必要費用標準」，該標準除將依「精神復健機構設置及管理辦法」設置之精神復健機構成本及必要費用，由收入之75%調整為收入之85%外，其餘均維持98年度標準。
私人辦理之補習班、幼稚園、托兒所、養護、療養院(所)，不符合免稅規定者，依執行業務所得查核辦法第2條第2項及第8條規定，其所得之查核準用該辦法，其於規定期限內辦理結算申報並能提供證明所得額之帳簿、文據調查者，所得應依帳載核算認定；未依規定提供調查者，應依所得稅法第83條及同法施行細則第13條規定訂定之收費及費用標準核定所得額，故前開標準係對未依規定提供帳簿、文據供調查之業者核課所得稅之依據。
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南區國稅局新化稽徵所答覆：營利事業未依「稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法」設置帳簿並記載者，稽徵機關將處以3,000元以上7,500元以下罰鍰，並通知限於一個月內設置及記載；一個月期滿，仍未依照規定設置或記載者，處7,500元以上15,000元以下罰鍰，並再通知於一個月內依規定設置及記載；期滿仍未依照規定設置或記載者，將予停業處分，直到依規定設置或記載帳簿時，才准予復業。
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執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，稽徵機關得依下列標準(金額以新臺幣為單位)計算其九十八年度收入額。但經查得其確實收入資料較標準為高者，不在此限：
一、律師：
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財政部臺北市國稅局表示，財政部公告99年度綜合所得稅免稅額、標準扣除額、薪資所得特別扣除額、身心障礙特別扣除額、課稅級距金額及計算退職所得定額免稅之金額，除課稅級距金額調整外，其餘均維持98年度之金額。
該局說明，99年度綜合所得稅免稅額、標準扣除額、薪資所得特別扣除額、身心障礙特別扣除額及計算退職所得定額免稅之金額如下：
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98年9月22日財政部台財稅字第09804558720號令訂定
一、為利納稅義務人申報所得基本稅額條例（以下簡稱本條例）第十二條第一項第一款規定應計入個人基本所得額之非中華民國來源所得及香港澳門來源所得（以下簡稱海外所得），並作為稽徵機關核定之準據，特訂定本要點。
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第 二 章 綜合所得稅
第 13 條 個人之綜合所得稅，就個人綜合所得總額，減除免稅額及扣除額後之綜合
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