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依所得稅法第110條規定予以處罰。該局舉例,查核甲公司95年度營利事業所得稅結算申報案時,經依檢舉人檢舉虛報薪資加以調查後,甲公司無法提示相關資料,同意剔除該筆虛報薪資支出1,000,000元,甲公司當年度營利事業所得經減除該筆薪資支出後,核定全年所得額仍為虧損。然而甲公司雖無應納稅額,但依所得稅法第110條第3項規定,營利事業因受獎勵免稅或營業虧損,致加計短漏報之所得額後仍無應納稅額者,應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額,依規定倍數處罰。故仍應就甲公司短漏報所得額1,000,000元依其當年度營利事業所得稅稅率核算,按所漏稅額240,000元(短漏報所得額1,000,000元×稅率25%-累進差額10,000元),處以2倍以下之罰鍰。

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