財政部表示，經濟部為促進廠商投資設廠，並考量廠商建廠及試運轉期間並無營收，自91年5月1日起執行「工業區土地租金優惠調整措施」(以下簡稱「006688方案」)，提供承租工業區土地廠商前2年免租金，第3、4年採審定租金6折，第5、6年採審定租金8折，第7年起恢復原租金，租期最長不得超過20年。另廠商如於租賃期間屆滿前提出承購申請，其承租期間所繳租金得抵繳承購土地應繳價款。上開營利事業如於承租期間採營業租賃入帳者，其承購時之相關課稅處理，財政部前於97年5月7日以台財稅字第09704520000號令核釋，營利事業依經濟部執行之「006688方案」，承租工業區土地所支付之租金，可列為承租期間之租金費用。惟營利事業如申請承購租賃之土地，其以承租期間已付租金全額或在規定限額內抵充應繳土地價款之金額，應於承購年度列為其他收入，核計營利事業所得額。
財政部進一步表示，前開解釋令發布後，經濟部工業局於徵詢各工業區承租廠商意見，對於營利事業承租期間如採融資租賃入帳者，應否依上開解釋令規定辦理等課稅問題尚有疑義。為明確規範前開相關課稅處理，財政部爰補充核釋如下：
一、營利事業依經濟部執行之「006688方案」，承租工業區土地，其支付之租金如採融資租賃入帳者，其於承購時以承租期間已付租金全額或規定限額內抵充應繳土地價額之金額，因未於承租期間列為租金費用，無須依本部上開解釋令規定，於承購年度列為其他收入。
二、營利事業依上開措施承購工業區土地及建築物且採營業租賃者，其以承租期間已付租金抵充應繳土地及建築物價額之金額，屬抵充建築物價款部分，應併同建築物補提列之折舊費用，於承購年度計算認列損益，核計營利事業所得額。
三、營利事業於97年度以前承租之工業區土地，原採營業租賃入帳，如經評估其個別營運狀況選擇於97年度起改依融資租賃入帳者，其承租期間已列報之各年度租金費用，減除依本部72年12月20日台財稅第38970號函發布「融資租賃稅務處理注意事項」規定得認列之利息費用、手續費及折舊費用後之淨額，應列為97年度之其他收入，依所得稅法第24條規定，核計營利事業所得額；且一經轉換，不得變更。營利事業如未於辦理97年度所得稅結算申報前選擇改依融資租賃入帳者，以後年度不得再變更。
財政部說明，經濟部執行之「006688方案」，係屬土地租金優惠措施，並非工業區承租廠商所稱之「租稅優惠措施」，故營利事業因適用該優惠措施所產生之相關租稅問題，仍應依所得稅法相關規定辦理。惟考量營利事業原應採用「融資租賃」而誤採用「營業租賃」入帳者，應予轉正機會，爰准其得於97年度選擇自該年度起改依融資租賃入帳，並於同年度將前已認列之租金費用轉正為其他收入併計損益。
財政部進一步表示，前開解釋令發布後，經濟部工業局於徵詢各工業區承租廠商意見，對於營利事業承租期間如採融資租賃入帳者，應否依上開解釋令規定辦理等課稅問題尚有疑義。為明確規範前開相關課稅處理，財政部爰補充核釋如下：
一、營利事業依經濟部執行之「006688方案」，承租工業區土地，其支付之租金如採融資租賃入帳者，其於承購時以承租期間已付租金全額或規定限額內抵充應繳土地價額之金額，因未於承租期間列為租金費用，無須依本部上開解釋令規定，於承購年度列為其他收入。
二、營利事業依上開措施承購工業區土地及建築物且採營業租賃者，其以承租期間已付租金抵充應繳土地及建築物價額之金額，屬抵充建築物價款部分，應併同建築物補提列之折舊費用，於承購年度計算認列損益，核計營利事業所得額。
三、營利事業於97年度以前承租之工業區土地，原採營業租賃入帳，如經評估其個別營運狀況選擇於97年度起改依融資租賃入帳者，其承租期間已列報之各年度租金費用，減除依本部72年12月20日台財稅第38970號函發布「融資租賃稅務處理注意事項」規定得認列之利息費用、手續費及折舊費用後之淨額，應列為97年度之其他收入，依所得稅法第24條規定，核計營利事業所得額；且一經轉換，不得變更。營利事業如未於辦理97年度所得稅結算申報前選擇改依融資租賃入帳者，以後年度不得再變更。
財政部說明，經濟部執行之「006688方案」，係屬土地租金優惠措施，並非工業區承租廠商所稱之「租稅優惠措施」，故營利事業因適用該優惠措施所產生之相關租稅問題，仍應依所得稅法相關規定辦理。惟考量營利事業原應採用「融資租賃」而誤採用「營業租賃」入帳者，應予轉正機會，爰准其得於97年度選擇自該年度起改依融資租賃入帳，並於同年度將前已認列之租金費用轉正為其他收入併計損益。
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