財政部臺北市國稅局表示，公司依證券交易法或公司法規定發行員工認股權憑證，個人依公司所定之認股辦法行使認股權者，執行權利日標的股票之時價超過認股價格之差額部分，核屬所得稅法第14條第1項第10類規定之其他所得，應計入執行年度之所得額，依法課徵所得稅。
前述計算其他所得所稱「時價」，股票上市或上櫃公司為權利執行日標的股票之收盤價，興櫃股票發行公司、未上市或未在證券商營業處所買賣之公開發行股票公司或非公開發行股票公司，為權利執行日之前最近一期經會計師查核簽證之財務報告每股淨值。至於「執行權利日」，係指發行認股權憑證公司或其代理機構依規定交付股票日。但先行交付認股權股款繳納憑證者，為交付該憑證日。
上開標的股票嗣後出售價格與權利執行日標的股票時價如有差額，則為證券交易所得或損失，在證券交易所得停止課徵所得稅期間，該項證券交易所得免稅，若有損失亦不得自所得額中減除。公司於個人行使認股權時免予扣繳，惟應依所得稅法第89條第3項規定，列單申報主管稽徵機關及填發免扣繳憑單。
該局舉例，A公司為上市公司，為激勵員工工作士氣，於95年度訂定員工認股權辦法，該辦法訂定認股基準日為95年10月20日、認股價為12元、公司應於2年後(即97年10月21日)交付股票予員工。甲君依該辦法認購10,000股，並於97年11月10日以每股60元出售，則甲君97年10月21日取得股票(執行日)時，若當日收盤價為50元，甲君97年度綜合所得稅結算申報就需要申報其他所得380,000元【(50元-12元) ×10,000股=380,000元】併入綜合所得額課徵所得稅。另甲君出售股票當日價格與執行日股票收盤價之差額為證券交易所得100,000元【（60元-50元）×10,000股=100,000元】，因證券交易所得停徵免申報該筆所得。
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