財政部於近日表示，將允許消滅公司股東屬總機構在中華民國境外之營利事業（以下簡稱國外營利事業股東），以實際取得消滅公司股票之成本，計算股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。此項措施將減輕國外營利事業股東在台投資成本之不確定性。
財政部此項措施有其歷史典故。緣財政部93年度發布之解釋函令（93年9月21日台財稅字第09304538300號函，以下簡稱93年函）規定，公司依法進行合併時，消滅公司股東自消滅公司所取得之合併對價，超過全體股東出資額之部分，應視為股東之股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。然前項財政部93年函以「全體股東之出資額」作為股利所得計算之基礎，致許多個人股東紛紛向財政部請願，認為該93年函之課稅規定有違租稅公平，尤其當股東係透過公開市場買進消滅公司股票的情況下，其取得股份之成本往往高於依93年函規定計算之出資額，故依93年函計算股利所得，可能導致虛盈實虧的租稅不公平問題。 因應前開個人股東之請求，財政部於97年又發布一則解釋函令（97年2月20日台財稅字第09704510660號令，以下簡稱97年2月函），允許消滅公司個人股東可主張依個別辨認法，提示經收回註銷股份之取得成本證明文件，以所獲配現金或股份價值（時價或實際成交價格）超過該股份取得成本部分，作為該個人股東之股利所得。
然前揭財政部97年2月函似又使法人股東和個人股東之租稅待遇發生歧異。按規定，法人股東並不在97年2月函適用之列，因此仍應依93年函之規定，以出資額計算獲配自消滅公司之股利所得課稅，不得比照個人股東得依97年2月函之規定舉證實際取得股份成本，作為股利所得課稅之基礎。此項差異對於本國法人股東或許沒有太大的衝擊，因本國法人股東依所得稅法第42條之規定，其獲配自國內其他營利事業之股利，不計入所得額課稅；然對於國外營利事業股東而言，其股利所得依所得稅法第24條第3項規定，係採就源扣繳方式課稅，故若無清楚之規範以俾企業遵行，則其在計算投資成本時，將產生重大的不確定性，進而影響其來台投資的意願。
解決前述不確定性造成的影響，財政部曾於97年12月4日發布之新聞稿表示，允許消滅公司國外營利事業股東以實際取得消滅公司股票之成本計算股利所得課稅；惟不同於個人股東證明其股份取得成本的方式，國外營利事業股東之實際取得成本，應依「先進先出法」核實認定該註銷股份之取得成本，以與其他營利事業所得稅計算之規範一致。
除了股利所得計算方式改變外，財政部亦於新聞稿中指出，如國外營利事業股東在我國境內有固定營業場所或營業代理人者，其投資成本高於依規定計算之出資額時，可依營利事業所得稅查核準則第99條規定，於該固定營業場所或營業代理人代為辦理結算申報時，核實認定其投資損失。
總而言之，時值財政部即將陸續發布相關解釋函令予以規範各項併購交易稅賦之際，我們建議國外營利事業股東應及早思考財政部相關措施對其在台投資之稅負可能產生的影響，並尋求相關稅務專家的意見以資因應。
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