一、扣繳義務人如果沒有依照所得稅法第88條規定扣繳稅款時，除了限定扣繳義務人於期限內補繳應扣未扣或短扣的稅款，以及補報扣繳憑單以外，還要按照應扣未扣或短扣的稅額處1倍的罰鍰，如果仍沒有於限期內補繳應扣未扣或短扣的稅款，或未按實補報扣繳憑單時，要按應扣未扣或短扣的稅額處3倍的罰鍰。但是上面依規定應處罰鍰的案件，如果應扣未扣或短扣的稅額在新台幣3,000元以下，而且在限期內補繳稅款及補報扣繳憑單的話，因情節輕微故免予處罰。扣繳義務人原來沒有依規定扣繳稅款，而經國稅局通知限期補繳及補報扣繳憑單，雖然已依限補繳，但仍未依限補報時，若在裁罰處分核定前已按實補報，可以減輕按應扣未扣或短扣的稅額處1.5倍的罰鍰，或已於期限內補報扣繳憑單，未於期限內補繳應扣未扣或短扣之稅款，於裁罰核定前已按實補繳者，可以減輕按應扣未扣或短扣之稅額處1.5倍的罰鍰。
（所得稅法第114條第1款）
（財政部91年6月20日台財稅第09010450645號函修正發布之「稅務違章案件減免處罰標準」第6條第1項）
二、扣繳義務人在給付各類所得時，如果已經扣取稅款，但沒有依規定期限向公庫繳納稅款的話，每超過2天要加徵1%的滯納金，超過30天仍沒繳納的話，會移送法院強制執行。扣繳義務人侵占已經扣繳的稅款，除了追繳已扣繳的稅款，還要依照稅捐稽徵法第42條規定，處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科新台幣60,000元以下罰金。
（所得稅法第114條第3款.稅捐稽徵法第42條）（財政部74年10月29日台財稅第24073號函）
三、扣繳義務人已經依規定扣繳稅款，並且向公庫繳納，但是未依限在次年1月31日前填報扣繳憑單，除了限期要扣繳義務人補報或填發扣繳憑單外，要按照扣繳稅額處20%的罰鍰，但最高不得超過新台幣（以下同）22,500元，最低不得少於1,500元。但是逾期自動申報或填發憑單的人可以減半處罰；也就是處10%的罰鍰。另外對於那些經國稅局限期通知補報或填發扣繳憑單的人，仍然未依限補報或填發的話，要按扣繳稅額處3倍的罰鍰，但最高不得超過45,000元，最低不得少於3,000元。但是，上面依規定應處罰鍰的案件，有下列情形之一，情節輕微，可不用處罰：
1. 已經自動補報或填發扣繳憑單，而扣繳稅額在6,000元以下時。
2. 在補報或填發扣繳憑單期限後10天內自動補報或填發扣繳憑單，而且補報或填發之給付的總額沒有超過應填報或填發的扣繳及免扣繳憑單給付總額30%時。
3. 經限期責令補報或填發扣繳憑單，已依限補報或填發，其扣繳稅額在4,000元以下者，免予處罰。
（所得稅法第114條）
（財政部91年6月20日台財稅第0910450645號函修正發布之「稅務違章案件減免處罰標準」第6條第2項）
四、私人團體或事業，違反所得稅法第89條第3項規定，沒有在限期內填報或未據實申報，應處這個團體或事業新台幣（以下同）7,500元的罰鍰，並通知限期補報或填發；如果超過時間不補報或填發時，要按照所給付的金額處這個團體或事業5%的罰鍰，但最低不能少於15,000元。如果是政府機關、團體、學校或事業，未依法在限期內或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單時，要通知該單位的主管機關議處扣繳單位主管。但是，上面所規定應處罰鍰的案件，有下列情形之一，情節輕微，可減輕或免予處罰：
1. 私人團體、事業未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，在填報或填發期限後10天內自動補報或填發，而且補報或填發的給付總額沒有超過應填報或填發的扣繳及免扣繳憑單給付總額的30%時，不用處罰。
2. 私人團體、事業未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，雖然已自動填報或填發免扣繳憑單但不符合前項免罰的規定，當給付總額在7,500元以下時，按給付總額的二分之一處罰；若是給付的總額在7,500元以上時，按應處罰鍰減輕二分之一。
3. 私人團體、事業未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單，當給付總額在7,500元以下，經於稽徵機關通知限期內補報或填發者，按給付總額處罰。
4. 依前二款規定，每案應處罰鍰金額在1,000元以下者，免予處罰。
（所得稅法第111條）
（財政部91年6月20日台財稅第0910450645號函修正發布之「稅務違章案件減免處罰標準」第5條）
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