財政部官員表示，營利事業買賣國外基金，只有已處分賣掉、實現的損失，才可以從所得中扣除；就像是賣掉海外基金、已實現的利得，才要申報所得稅。
全球金融大海嘯重創上市公司的獲利，根據日前上市公司公告的97年財報，去年上市公司（不含上櫃公司）全年稅前盈餘5,889億元，比第3季的稅前盈餘9,263億元，減少3,374億元，顯示去年第4季全體上市公司虧損3,374億元，創下10年來最慘情形，其中有本業經營的虧損，也有來自投資海外基金、衍生性金融商品慘賠。
甚至某些營利事業因誤踩雷曼兄弟等海外基金、衍生性金融商品，虧損太大，尚未賣掉，但根據財務會計34號公報，要做資產減損，認列損失，吃掉本業獲利，導致整年度財務報表是虧損，但稅務報表因為採「現金」原則，帳上虧損不算虧損，不能從所得中扣除，依舊要繳稅，等在日後賣掉，才在當年度申報所得稅時認列。
南區國稅局提醒營利事業，同基金因「註冊地區」不同，分為國內基金及國外基金，而不是以基金投資區域區分，更不是在國內銀行或投信公司買的基金，就是國內基金，營利事業在申報處分基金利得時，應特別注意，避免申報錯誤。
國內基金是指由國內投資信託公司發行，在國內註冊基金，處分國內基金所發生的利得，屬於證交所得，免徵所得稅。
而國外基金是指登記註冊在我國以外地區，大多在「租稅天堂」註冊，例如，百慕達、盧森堡、開曼群島等，由國外基金公司發行，經政府核准後在國內銷售，目前我國稅法對營利事業境外投資所得沒有免稅的優惠。
南區國稅局表示，因此，營利事業如透過國外基金的方式進行投資所產生的利得，不屬於免徵證券交易所得稅的範圍，因此，常發生營利事業因不清楚國內外基金之區別，將處分利得全部列報免稅所得，經國稅局調整補稅的情形。
某公司96年度營利事業所得稅結算申報案，申報出售有價證券增益1,100多萬元，並從課稅所得中減除，被國稅局查到這家公司申報出售有價證券增益中，屬於出售國內公司股票及國內基金的所得300多萬元，處分國外基金的利得800萬元，調整課稅所得800萬元，補稅200萬元。
去年個人的海外投資也很淒慘，但因為海外所得不計入綜合所得中，所以海外投資虧損也不能抵減個人的財產交易所得。
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