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南區國稅局表示,依加值型及非加值型營業稅法第1條規定,在中華民國境內銷售貨物或勞務者,應依法課徵營業稅。又依同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定藥師(藥劑生)提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。茲將有關藥師、藥劑生親自主持之藥局,其是否課徵營業稅及開立發票規定分述如下:
  一、藥局如專營藥品調劑、供應業務,未兼營藥品或其他貨物銷售業務者,免辦營業登記,免課徵營業稅;惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得,依法課徵綜合所得稅。
  二、藥局除經營藥品調劑、供應業務外,如兼營藥品或其他貨物銷售業務者,應依法辦理營業登記,其屬經營藥品調劑、供應業務之收入,應核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得,依法課徵綜合所得稅;其屬銷售藥品或其他貨物之收入,應依法課徵營業稅,如每月營業額超過20萬元,則需開立統一發票。
  三、藥局依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費,係屬藥局經營藥品調劑、供應業務之收入,為主持藥師、藥劑生之執行業務所得,依法課徵綜合所得稅,尚無課徵營業稅及開立統一發票問題。
  四、藥局專營或兼營藥品調劑、供應業務,依前開規定免徵營業稅者,應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料,以供稽徵機關查核,否則,仍應依法課徵營業稅。
  該局就民眾反映意見,已指示所轄分局、稽徵所營業稅承辦人員,加強查核藥局實際經營型態,並覈實核定銷售額,並呼籲業者,應自行檢視本身屬何種經營型態,如有非屬藥品調劑、供應業務者,其收入有無依規定開立統一發票並報繳營業稅,避免日後遭到補稅處罰。
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