營利事業所得稅查核準則於五十五年訂定發布後，配合所得稅法之修正及稽徵作業需要歷經十六次修正，最近一次修正，係於九十四年十二月三十日發布。茲為配合所得稅法、商業會計法、政治獻金法、私立學校法、不動產估價師法等相關法規之修正，使稽徵實務切合實際並配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，爰擬具「營利事業所得稅查核準則」部分條文修正草案，修正三十八條、刪除三條，共修正四十一條，修正要點如下：
一、配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，修正相關規定：
商品、原料、物料、在製品因故報廢者，或生鮮農、魚類等過期或變質後無法久存者，可依會計師查核簽證報告核實認定損失，免除應報經核准或報請備查之程序；延長商品盤損、商品報廢及災害損失之報備期限至三十日。（修正條文第一百零一條、第一百零一條之一、第一百零二條）
二、配合相關法規之制定、修正、司法院解釋及財政部發布之解釋令，修正相關規定：
(一)增列所得基本稅額條例為調查及審核營利事業所得稅之查核依據。 （修正條文第二條）
(二)配合相關法規修正相關文字或酌作文字修正。（修正條文第九條、第十二條、第二十二條、第三十八條之一、第四十五條至第五十三條、第五十五條）
(三)配合商業會計法第五十九條及財務會計準則公報第三十二號規定，修正營利事業分期付款銷貨收入及呆帳損失之認列規定。（修正條文第十六條、第九十四條）
(四)配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法已刪除第一百零五條，刪除營利事業未依規定給與、取得或保存憑證應依所得稅法第一百零五條第三項處罰之規定。（修正條文第二十六條）
(五)配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益，爰刪除未分配盈餘計算之相關規定。（修正條文第三十條、第一百十一條之一、第一百十四條）
(六)配合商業會計法第四十二條，修正資產交換成本及其損益之入帳基礎。（修正條文第三十二條、第一百條）
(七)配合司法院釋字第六五○號解釋意旨，刪除設算利息收入之課稅規定。（修正條文第三十六條之一）
(八)配合九十七年一月二日修正公布所得稅法第三十三條規定，修正職工退休金費用認列之相關規定。（修正條文第七十一條）
(九)承租人於租地上自費建屋並將房屋登記為出租人所有，得依建物之營建總成本，按租賃期間平均計算各年度租金支出之規定。（修正條文第七十二條）
(十)營利事業依政治獻金法及私立學校法，對政黨、政治團體及擬參選人及私立學校捐贈之認列規定。（修正條文第七十九條）
(十一)配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第五十一條及第五十四條規定，修正固定資產提列折舊及估算殘價之相關規定，並刪除折舊方法之報備規定。（修正條文第九十五條）
(十二)配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第六十四條有關營利事業因設立發生之必要支出，均作為當期費用之規定，刪除開辦費之攤提規定，並規定修法前尚未攤提之開辦費餘額處理規定。（修正條文第九十六條）
(十三)營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾二年而尚未給付者，應轉列其他收入之規定，所得稅法施行細則第八十二條已有規範，爰予刪除。（修正條文第一百零八條之一）
(十四)配合九十七年七月十五日修正發布營利事業資產重估價辦法第三十六條規定，營利事業已辦理資產重估之資產，其未實現重估增值應於資產轉讓、滅失或報廢時轉列為營業外收入或損益。（修正條文第一百零九條）
三、為減少爭議及簡化稽徵，修正相關規定：
(一)有關稅務會計之兌換損益應以實際發生為準，爰刪除利用匯率調整而發生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定。（修正條文第二十九條）
(二)配合國際化公司為有效率管理各分支機構，多有設置區域總部管理之趨勢，爰增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算之規定。（修正條文第七十條）
(三)配合九十七年一月一日開始實施員工分紅費用化，員工分紅得列為營利事業之薪資費用。（修正條文第七十一條）
(四)乘坐飛機、高速鐵路及大眾捷運系統之旅費列支證明文據。（修正條文第七十四條）
(五)基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高修繕或購置固定資產可列為當年度費用之支出金額為新臺幣八萬元。（修正條文第七十七條之一）
(六)因應營利事業多樣化之經營模式，其促銷方式及樣態日新月異，採概括式規定其他具有廣告性質之各項費用得以廣告費列支。（修正條文第七十八條）
(七)為利稽徵查核並避免爭議，被投資事業減資彌補虧損、合併或破產得以被投資事業減資、合併或破產證明文件認定投資損失，其屬國外投資損失應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明文件，以資明確。（修正條文第九十九條）
(八)為利徵納雙方遵循，本準則第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款修正條文，於本準則修正施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，均可一體適用。（修正條文第一百十六條）
一、配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，修正相關規定：
商品、原料、物料、在製品因故報廢者，或生鮮農、魚類等過期或變質後無法久存者，可依會計師查核簽證報告核實認定損失，免除應報經核准或報請備查之程序；延長商品盤損、商品報廢及災害損失之報備期限至三十日。（修正條文第一百零一條、第一百零一條之一、第一百零二條）
二、配合相關法規之制定、修正、司法院解釋及財政部發布之解釋令，修正相關規定：
(一)增列所得基本稅額條例為調查及審核營利事業所得稅之查核依據。 （修正條文第二條）
(二)配合相關法規修正相關文字或酌作文字修正。（修正條文第九條、第十二條、第二十二條、第三十八條之一、第四十五條至第五十三條、第五十五條）
(三)配合商業會計法第五十九條及財務會計準則公報第三十二號規定，修正營利事業分期付款銷貨收入及呆帳損失之認列規定。（修正條文第十六條、第九十四條）
(四)配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法已刪除第一百零五條，刪除營利事業未依規定給與、取得或保存憑證應依所得稅法第一百零五條第三項處罰之規定。（修正條文第二十六條）
(五)配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益，爰刪除未分配盈餘計算之相關規定。（修正條文第三十條、第一百十一條之一、第一百十四條）
(六)配合商業會計法第四十二條，修正資產交換成本及其損益之入帳基礎。（修正條文第三十二條、第一百條）
(七)配合司法院釋字第六五○號解釋意旨，刪除設算利息收入之課稅規定。（修正條文第三十六條之一）
(八)配合九十七年一月二日修正公布所得稅法第三十三條規定，修正職工退休金費用認列之相關規定。（修正條文第七十一條）
(九)承租人於租地上自費建屋並將房屋登記為出租人所有，得依建物之營建總成本，按租賃期間平均計算各年度租金支出之規定。（修正條文第七十二條）
(十)營利事業依政治獻金法及私立學校法，對政黨、政治團體及擬參選人及私立學校捐贈之認列規定。（修正條文第七十九條）
(十一)配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第五十一條及第五十四條規定，修正固定資產提列折舊及估算殘價之相關規定，並刪除折舊方法之報備規定。（修正條文第九十五條）
(十二)配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第六十四條有關營利事業因設立發生之必要支出，均作為當期費用之規定，刪除開辦費之攤提規定，並規定修法前尚未攤提之開辦費餘額處理規定。（修正條文第九十六條）
(十三)營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾二年而尚未給付者，應轉列其他收入之規定，所得稅法施行細則第八十二條已有規範，爰予刪除。（修正條文第一百零八條之一）
(十四)配合九十七年七月十五日修正發布營利事業資產重估價辦法第三十六條規定，營利事業已辦理資產重估之資產，其未實現重估增值應於資產轉讓、滅失或報廢時轉列為營業外收入或損益。（修正條文第一百零九條）
三、為減少爭議及簡化稽徵，修正相關規定：
(一)有關稅務會計之兌換損益應以實際發生為準，爰刪除利用匯率調整而發生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定。（修正條文第二十九條）
(二)配合國際化公司為有效率管理各分支機構，多有設置區域總部管理之趨勢，爰增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算之規定。（修正條文第七十條）
(三)配合九十七年一月一日開始實施員工分紅費用化，員工分紅得列為營利事業之薪資費用。（修正條文第七十一條）
(四)乘坐飛機、高速鐵路及大眾捷運系統之旅費列支證明文據。（修正條文第七十四條）
(五)基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高修繕或購置固定資產可列為當年度費用之支出金額為新臺幣八萬元。（修正條文第七十七條之一）
(六)因應營利事業多樣化之經營模式，其促銷方式及樣態日新月異，採概括式規定其他具有廣告性質之各項費用得以廣告費列支。（修正條文第七十八條）
(七)為利稽徵查核並避免爭議，被投資事業減資彌補虧損、合併或破產得以被投資事業減資、合併或破產證明文件認定投資損失，其屬國外投資損失應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明文件，以資明確。（修正條文第九十九條）
(八)為利徵納雙方遵循，本準則第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款修正條文，於本準則修正施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，均可一體適用。（修正條文第一百十六條）
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