營利事業所得稅（製造業）申報實務
一、 結算申報應注意事項：
（一） 應辦理營利事業所得稅結算申報之營利事業：
１、 在我國境內有固定營業場所或營業代理人之營利事業。（所細49二、三）
２、 所得稅法第４條１３款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織。（所71之1三）
３、 其他應辦理結算申報者。（所73之1）
（二） 辦理結算申報期間：應於每年5月1日起至5月31日止填具結算報書，向該管稽徵機關申報其上一年度內構成營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。（所71）
（三） 未依限辦理結算申報之處理：
１、 滯報案件，應於接到滯報通知書15日內補報，稽徵機關仍予查帳核定。逾限仍未辦理申報者即屬怠報案件，稽徵機關即依查得資料或同業利潤標準逕行核定。（所79）
２、 滯報或怠報案件，應依核定應納稅額另行加徵10﹪滯報金（至少新台幣1,500元）或20﹪怠報金（至少新台幣4,500元）。（所108）
（四） 結算申報書之填寫及申報須知：
１、 一般申報書填報注意事項。
２、 製造業申報時應檢附期末原料、物料、製成品、在製品盤存明細表（經會計師簽證申報案件及藍色申報書者，如採永續盤存制度並記載詳實者，得不填報）、直接原料明細表及單位成本分析表。
３、 購原料委外加工者，並應比照製造業檢附單位成本表、直接材料耗用明細表、期末原、物料盤存明細表、期末在製品及製成品盤存明細表。
二、 收入面：
（一）、申報書相關調節應注意事項（查準15、15之2）
◎營收與開立發票金額不一致，應於營所稅結算申報書內營業收入調節欄項下調整說明（15條）
◎至於15條之2係規範外銷貨物或勞務，其銷貨收入歸屬年度。
a.外銷貨物應列為外銷貨物報關日所屬會計年度之銷貨收入處理。但以郵政及快遞事業之郵政快捷郵件或陸空聯運包裹寄送貨物外銷者，應列為郵政及快遞事業掣發執據蓋用戳記日所屬會計年度之銷貨收入處理。
b.銷售與外銷有關勞務或在國內提供而在國外使用之勞務，應列為勞務提供完成日所屬會計年度之銷貨收入處理。
１、 預收款：本期預收款應與資產負債表第2131欄項金額相符，若不相符可能是預收國外款項所致；上期結轉本期預收款則應與前一年度2131欄項申報金額或前一年度【本期預收款】調節金額相符。（查準107：流動負債有到期或交易已完成應轉為收益而於年度申報仍未轉入者，依所得稅法第110條規定辦理，即按漏報收入處罰。）
２、 本期應收未開立發票金額：依據「營業人開立銷售憑證時限表」規定，製造業原則以發貨或收款先者之時點開立發票（此時不會有應收未開立發票情形）；例外為書面約定銷售貨物部分，必須買受人承認買賣契約使生效力者，以買受人承認時為開立發票時點（如設備銷售約定試車完成後買賣契約才完成即是）。
３、 視為銷售開立發票金額（查準15之1、營3第3項）
（1）自製貨物轉供自用（資產或費用）或無償移轉他人所有（捐贈）—按時價作為銷售額，按實際成本轉列資產或費用。（1款）
（2）解散廢止營業時以存貨抵償債務、分配與股東或出資人—按時價作為銷售額，清算所得申報時，依所得稅法第65條規定，以時價或實際成交價格做為貨物估價標準。（2款）
（3）以自己名義代為購貨交付與委託人—按代購貨物之實際交易價格作為銷售額，代購佣金另外列報。（3款）
（4）委託代銷，於送貨時已先按數量及約定代銷價格作為銷售額，年度終了尚未經代銷之貨物價格應調減。（4款）
（5）受他人委託代銷，代銷銷售額應調減，代銷佣金另外列報。（5款）
４、 本期溢開發票金額（前提是買受人未將收受之進項發票申報扣抵銷項稅額）：（統一發票使用辦法24、財政部75.11.26台財稅字第7572872號函、查準21）
（1）發現溢開發票時點是開立發票當月份，依統一發票使用辦法第24條辦理。
（2）發現溢開發票時點是開立發票次月份，依財政部75.11.26台財稅字第7572872號函規定辦理，即由營業人（賣方）憑買受人退回之原開立發票收執聯及扣抵聯專案申報主管稽徵機關，經稽徵機關查明屬實後，其溢付稅額，准予留抵或退還。
（3）若未依前2項規定辦理，則該銷售額依據查準第21條規定，仍應按銷貨認定，並依同業利潤標準核計其所得額。
５、 佣金收入及租金收入：當年度佣金及租金收入開立之發票金額自營業收入總額中調減者，該收入應列報於非營業收入項下第39或41欄，但營利事業本業以出租資產或仲介為業者除外。佣金收入應依權責發生日期列為收入，國外佣金權責發生日期，除屬於外匯管制國家，以當地政府核准時視為權責之發生，其餘一律以營業行為發生時為準。所稱「營業行為發生時」，係以交易完成日為準，亦即廠商已依照信用狀或託收條件裝船之日。
６、 出售下腳廢料（查準36）：銷售下腳及廢料之收入，應列為其他收入或成本之減項，漏報依所得稅法第110條規定辦理。
７、 出售資產（查準32、100、所51之1、查準95條16款）：
（1）出售資產售價大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅，列報於第40欄。（查準32）
◎營利事業出售土地之交易所得，自75年1月1日起免計入所得課稅。
◎營利事業自75年1月1日起土地及其定著物合併出售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款顯較市價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格佔土地公告現值及房屋評定標準價格之比例計算。（查準32條3項）
（2）資產之未折減餘額大於出售價格者，其差額列為出售資產損失，列報於第48欄。（查準100）
（3）所得稅法第51條之1及查準第95條第16款規定，乘人小客車如於使用後出售或毀滅廢棄時，其收益或損失之計算，仍應以所得稅法規定正常折舊方法計算之未折減餘額為基礎。（查準第95條第14款，93年1月1日起新購之乘人小客車，其實際成本不得超過250萬元；查準第95條第15款88年1月1日起租賃業務之營利事業新購之出租用乘人小客車實際成本不得超過350萬元、93年1月1日起新購者，不得超過500萬元。）
８、 代收款（查準18之2）：營利事業受託代收轉付款項，於收取轉付之間無差額，其轉付款項取得之憑證買受人載明為委託人者，得以該憑證交付委託人，免另開立統一發票，並免列入銷售額（查準18之2）。換言之，當受託代收轉付款項取得之憑證，買受人係受託之營利事業時，營利事業需轉開立發票予委託人，此轉開之銷售額應自營利事業收入總額調減。（另取得之憑證抬頭雖是受託之營利事業，依據營業稅法第19條第1項第2款規定—非供本業其附屬業務使用之貨物或勞務之進項稅額本應不得扣抵銷項稅額；但營利事業若仍申報扣抵銷項稅額，則於估計申報成本費用與申報扣抵進項憑證是否相當時，應將代付憑證銷售額自申報書第6頁金額中排除）
９、 因信託行為開立發票金額（營3之1、所3之3）：信託財產於信託關係人間移轉或為其他處分者，不適用視為銷售之規定，亦不課徵所得稅。
１０、 應付未付費用損失轉收入問題（所細82、查準108之1）
◎應付未付之費用或損失，逾2年尚未給付者，應轉列「其他收入」科目，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。（所細82）
◎公司之「應付股利」，於股東會決議分配盈餘之日起，6個月內尚未給付者，視同給付。（所細82、查準108之1）
（二）、銷貨退回及折讓（查準19、20、統一發票使用辦法20）
◎依統一發票使用辦法第20條辦理。
◎貨物退回，應於存貨帳作沖轉紀錄。
◎未能取得有關憑證者，銷貨退回不予認定，其按銷貨認定之收入，並依同業利潤標準核計其成本及費用。
◎銷貨於次年度發生退回，應列為次年度之銷貨退回處理。（67台財稅第34268號函）。銷貨退回修理，因已無法修理，而經買受人於跨越年度通知銷貨退回，仍應列為通知時之銷貨退回處理。該項退回之商品如確無法修理再售而須報廢時，可報備核准列為損失。（69台財稅第40506號函）。
◎經核准以電子計算機開立統一發票者，其銷貨退回或折讓，得由該營業人開立「銷貨退回、進貨退出或折讓證明單」以憑認列，免收回原開立統一發票收執聯及扣抵聯。（75台財稅第7523623號函）。
◎營利事業依經銷契約所取得或支付之獎勵金應按進貨或銷貨折讓處理。
1. 準則19、20條、統一發票使用辦法第20條
2. 獎勵金（準則第20條第1項）
3. 外銷貨物或勞務之折讓（修正後準則第20條第2項）
（三）、其他準則及相關規定
1. 短漏報銷貨收入（修正後查準6但書、所83、110、所細81、營51、52）
◎短漏報收入其成本認列方式—成本依法核定或核實認定。
（1）申報時成本已依法核定
（2）申報時成本率高於同業利潤標準
（3）申報時成本率低於同業利潤標準
（4）依所得稅法第83條核定後，有漏報收入情事。
2. 「時價」規範（查準22、所43之1、TP查核準則相關規定）
（1）銷貨與非關係人其價格顯較時價為低，無法提出正當理由及證明文據或查對不符者，按時價認定銷售價格。（22條2項）
（2）時價規範於22條3項。
◎報章雜誌所載市場價格。
◎各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
◎時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
◎進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
（3）銷貨予關係人者，依TP（營所稅不合常規移轉訂價）查核準則規定辦理。
3. 分期付款銷貨（查準16）：包括全部毛利法、毛利百分比法、差價攤計法及普通銷貨法。計算損益方法一經採用，本期內不得變更；相同種類產品同期應採同一計算方式；不同種類產品得採不同計算方法，但全期應擇定同一方法，不得中途變更。
4. 以無形資產作價投資之規定（財政部92.10.1台財稅第0920455312號函）：93.1.1起以技術等無形資產作價投資充抵股款，抵充股款金額大於取得成本部分屬財產交易所得。
5. 境外所得已依所得來源國稅法規定繳納所得稅，可扣抵本國應納稅額規定。（所3條2項、93.9.14台財稅字第0930045293號令）
◎所得稅法第3條第2項但書規定，……應提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證。所稱『同一年度納稅憑證』係指營利事業按權責基礎併計之境外所得所屬年度之同一年度納稅憑證而言。
6. 其他：停徵、免稅等收入涉及分攤損費以及未分配盈餘計算加徵還原問題（查準30、所4、4之1、財政部83.2.8台財稅第831582472號函、92.8.29台財稅第0920455298號函、84.2.18台財稅第841607041號函、86.7.24台財稅第861908054號函）
※免稅所得應分攤比率=（證交收入+投資收益淨額）/（證交收入+投資收益淨額+短票利息收入總額+營業收入+非營業收入）
三、成本面：
（一）、應提示之成本分析表
1. 原物料〈商品〉進耗〈銷〉存明細表
2. 直接原料明細表（格式詳申報書第5頁背面）
3. 產品產銷存明細表
4. 產品單位成本計算（分析）表（格式詳申報書第5頁背面）
註：申報須知第四項規定，製造業申報時應填具之附表有期末原料、物料、製成品及在製品盤存明細表、直接原料明細表、單位成本分析表；其中各項盤存明細表如屬簽證案件、上市公司、採藍色申報書及採用零售價法之百貨公司及超市得免附。
（二）、營業成本明細表填報注意事項
1. 期初存貨：
◎申報數量、單價、金額應與上年度稽徵機關核定相符，其有不符者，應予調整。
◎上一年度係經按查得資料或同業利潤標準核定者，應列報期初盤存明細表供核。
2.期末存貨：與資產負債表1130項下申報金額應相符。
3.加減『其他』：係無法歸類之科目，若超過2項以上，請附明細表。
4.本期進貨（料）：
◎商品（材料）之購進成本以實際成本為準。進貨所支付之費用，列為成本。
◎未取得或保存憑證按總金額處5﹪罰鍰。（稅捐稽徵法第44條）
◎進貨未取得或保存憑證，或按址查對不確，未能提出正當理由或證明文件，稽徵機關按當年度當地該項貨品之最低價格核定成本。其屬未取得進貨憑證或未將進貨憑證保存者，應依稅捐稽徵法第44條規定處罰。但依查準第45條第2款第3目規定處理者免罰。（查準38）
◎進貨價格顯較時價為高，未能提出正當理由或說明，稽徵機關應按時價核定其進貨成本。（查準38之1）
◎進貨之價格及其運雜費用等，因特殊原因尚未確知，得先估列相當之進貨成本，俟確知後，再行調整。（查準42）
◎無進貨事實虛報成本構成短報所得額，按所得稅法第110條規定處罰。
◎記帳關稅以備忘科目列帳，不列成本。轉內銷或逾時出口，按海關通知補納關稅，補繳稅額列成本（查準41）。
◎營利事業如因出售者未給與統一發票，致無法取得合法憑證，其已誠實入帳，能提示送貨單及支付貨款證明，於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露，經稽徵機關查明屬實者，准按實際進價核定進貨成本。並免依稅捐稽徵法第44條規定處罰。出售者涉嫌違章部分則應依法究辦。（查準38二）
◎營利事業繳納外銷品進口原料之稅捐，應以成本列帳，其成品於當年度外銷並收到海關退稅款者應自成本項下沖減。如當年度未收到退稅款或成品於次年度始外銷者，均應估列應收退稅款，列為成本減項。（查準41）
5.存貨盤損及報廢：
（１） 會計制度健全，盤損率在１﹪以下者，其盤損得予認定，超過１﹪者，應於事實發生後15日內檢具清單報請該管稽徵機關調查，或經會計師盤點並提出簽證報告，經查明屬實者，應予認定。（查準101）
（２） 盤損率之計算公式
◎ 製造業：盤損金額／原物料、製成品及在製品期初盤存＋本期進料－進貨退出及折讓＋直接人工＋製造費用
（３） 商品或原料、物料、在製品等因過期、變質、破損等因素而報廢，除公開發行股票之公司，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失者外，應於事實發生後15日內檢具清單報請稽徵機關派員勘查監毀，或事業主管機關監毀並取具證明文件，核實認定。
（４） 生鮮農、魚類商品或原料、物料、在製品，因產品特性或相關衛生法令規定，於過期或變質後無法久存者，除公開發行股票之公司，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失者外，得申請該管稽徵機關核准，免依前款規定報經該管稽徵機關或事業主管機關監毀。但應按月檢附經會計師簽證之報廢清單，送請該管稽徵機關備查，核實認定其報廢損失。
（５） 報廢之商品或原料、物料、在製品等，如有廢品出售入，應列為其他收入或商品報廢損失之減項。（查準101之1）
6.直接人工：直接人工、間接人工及薪資費用申報金額應與各類給付扣繳申報金額調節說明於申報書第9頁。
7.製造費用：請按申報書第4頁所列科目填報，若有無法歸類者，請列其他製造費用項下，若有2項以上請附明細表。
8.勞務成本或修理成本：若帳列有人工成本及維修零件成本，則應比照直接人工及進料方式說明調節及編製進耗存明細表。
（三）、原物料超耗計算（查準58、範例）
1. 原料耗用數量核實認定：查準第58條第1項規定，製造業已依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法設置帳簿，平時對進料、領料、退料、產品、人工、製造費用等均作成紀錄，有內部憑證可稽，並編有生產日報表或生產通知單及成本計算表，經內部製造及會計部門負責人員簽章者，其製品原料耗用數量，應根據有關帳證紀錄予以核實認定。
2. 原料耗用數量不得超過各該業通常水準：查準第58條第2項規定。
註：「耗用通常水準」定義（查準58條3項）由主管稽徵機關會同實地調查，並洽詢各該業同業公會及有關機關擬訂，報請財政部核定；未經核定之行業，得比照機器、設備、製造程序、原料品質等相當之同業原料耗用情形核定；無同業可資比照者，按該事業上年度核定情形核定之，但上年度採擴大書審審核者，按最近年度核定情形核定之。
（四）、其他：
1. 時價問題（查準38之1）：進貨價格顯較查準第22條所稱「時價」為高時，如能提出正當理由，仍應依帳證核定；未能提出者，稽徵機關應按該時價核定進貨成本。
2. 成本依法核定與否以及營業費用轉列成本與否影響稅負關係（查準60、61）
（1）60條：營利事業之費用與損失，應視其性質分為營業費用（如銷售、管理費用）與營業成本（如製造費用），分別審定並轉正。應歸屬於成本之費用及損失，原列報於營業費用，經稽徵機關審定轉正者，應就調整部分分攤於期末存貨。
（2）61條：直接人工製造費用，適用費用類之查核。
3. 進項憑證不足、異常情形之查核（申報書第6頁、查準38條1項前段、45條；稅捐稽徵法44）
4. 委外加工應否計算超耗？（財政部77台財稅第760193143號函釋及58台財稅發字第5035號函釋）
77年函釋規定：營利事業自備原料委託製造廠商加工製成產品，其所列報之原、物料數量，核與製造業性質並無二致，應比照準則第58條規定辦理，又依財政部（58）台財稅發字第5035號函釋規定，營利事業委託他廠商加工以剩餘材料折抵工資，應分別由雙方開立銷貨及加工收入發票。故歸納託工原料損耗計算方式如下：
（1）實際耗料超過約定耗料：該超過部分應由受託廠商負擔，由加工費折抵，此種處理方式，核屬委外加工之應付加工費及出售材料之應收帳款兩科目帳款之沖轉事項，依58年函釋規定，由雙方分別按出售材料（實際耗料－約定耗料）開立銷貨發票及按加工費總額（非扣抵後之淨額）開立加工收入發票，各依其交易性質入帳。
（2）實際耗料超過規定耗料：託外加工實際損耗率超過部頒該業原物料耗用通常水準規定損耗率時，其實際耗料超過規定耗料部分，於減除前（1）項所述實際耗料超過約定耗料部分後之餘額，係屬超耗，應予剔除。
5. 下腳料計算方法：（以鋼鐵業為例）
下腳重量（有超耗時）＝應耗料量－產品淨重
下腳重量（無超耗時）＝申報耗料量－產品淨重
應轉列期末盤存之下腳金額＝下腳重量×70﹪×單價
四、費用類（含成本面人工、製造費用）
（一）、準則第62至103條規定
1. 費用類之查核通則（準則第62至70條之1）
◎非本業費用：經營本業及附屬業務以外之費用及損失；私人及家庭之費用；各種稅法所規定之滯（怠）報金，滯納金及依各種法規所科處之罰鍰（所38、所細42之１）。
◎未實現費用：未實現之收入與支出均不列入本年度計算；但下列未實現之費用，基於配合原則，可依限額計算列支費用，貸記準備科目，俟實際發生時，再予沖轉，當年度累計準備不足沖轉之數，可列當期費用，惟仍應逐年重行衡量計算限額（查準63）：如備抵呆帳（查準94）；職工退休金準備、職工退休基金及勞工退休準備金（所33，查準71）；存貨跌價損失準備（查準63，所44）。
◎權責基礎：凡屬公司組織者，應採用權責發生制。其非公司組織者，得因原有習慣，或因營業範圍狹小，報經稽徵機關核准（變更者須於各會計年度開始三個月前申請），採用現金收付制。（所22，查準64）凡應歸屬本年度之收入，成本、費用、損失，在權責基礎下，縱使尚未收付，仍應於年度決算時，就估計數字，以應收收入或應付費用科目列帳。但因特殊情形無法確知者，得於確知之年度以過期帳處理，惟仍應充分表達。（查準27、42、64）
◎其他：如取得普通收據限額（稽徵機關核定製造費用＋營業費用之千分之30）、分攤國外總公司管理費用及與關係企業集中辦公共同費用之分攤規定等。
2. 費用超限計算（申報書第7、8頁）
（1）加班費：公私營事業員工，依勞動基準法第24條規定「延長工作時間之工資」及第32條規定「每月平日延長工作總時數」限度內支領之加班費，可免納所得稅。員工為雇主之目的，於國定假日、例假日、特別休假日執行職務而支領之加班費，其金額符合前列標準以內者，免納所得稅，其加班時數，不計入「每月平日延長工作總時數」之內。（74台財稅第16713號函）其未提供加班紀錄或超出勞動基準法第32條所訂定之標準部分，仍應轉列薪資支出列帳並扣繳。（查準第71條12款）
◎勞動基準法第32條規定：
a.經工會或勞資會議同意，並報當地主管機關核備後，雇主得延長勞工工作時間，連同正常工作時間，一日不得超過12小時，一個月總時數不得超過46小時。
b.經中央主管機關核定之特殊行業，每日得延長至4小時，每月總時數不超過46小時。
（2）退休金（查準第71條7、8款）
◎報備：
a.營利事業訂定職工退休辦法，應報經稽徵機關核准，始能提列退休金準備或提撥退休基金。
b.適用勞動基準法之營利事業，應檢附勞工主管機關之核准提撥率文件，報經稽徵機關核准後，始能提撥勞工退休準備金。
c.各事業單位申報勞工退休準備金監督委員會之設立、擬定（調整）退休準備金提撥率或暫停提撥，報由當地主管機關備查、核備或核准後，由當地主管機關副知當地稅捐稽徵機關，可免除事業單位另向稽徵機關報備之手續，惟應將該事業單位之職工退休辦法一併副知當地稅捐稽徵機關。所得稅法及勞動基準法均無事業單位得另提撥離職準備金之規定，於核課所得稅時，不得認列費用。（75台財稅第7527710號函）
◎提列限額：
a.職工退休金準備：不得超過當年度已付薪資總額之4%。
b.職工退休基金：不得超過當年度已付薪資總額之8%且 應與企業完全分離。（財政部74.5.28台財稅第16658號函）
c.勞工退休準備金：適用勞動基準法之營利事業，依該法第56條第1項規定，按月依報經勞工主管機關核備之提撥率，提撥勞工退休準備金之認列規定－94.7.1勞工退休金條例實施前提撥者，不得超過當年度已付薪資總額之15%；94.7.1勞工退休金條例實施後，依該條例第13條第1項規定繼續提撥者，不得超過當年度已付具有舊制工作年資者勞工之薪資總額15%；依該條例第7條第2項及同條例施行細則第20條第3項規定，為委任經理人提繳之退休金，不得超過當年度已付薪資總額6％。
◎退休金準備及退休基金之有關規定：
1.當年度實際支付退休金數額，超過已提準備累計數額（不包括當年應提列數在內），其超過部份，依法以當期費用列支；至年終時，仍可依所得稅法第３３條第１項之規定，提列職工退休金準備。（65台財稅第36479號函）
2.營利事業因解散、廢止、合併或轉讓而辦理清算時，職工退休金準備之累積餘額，應轉作當年度收益處理。但合併或轉讓時，經約定全部員工均由新組織留用並繼續承認其年資者，其以往年度己依法提列之職工退休金準備累積餘額，得轉移新組織列帳。（財政部73.11.21台財稅63355號）
3.尚未適用勞基法之行業，仍得依照所得稅法有關規定提撥職工退休基金，並以費用列支。至該項基金係按月或年提撥，稅法並無限制規定。（75台財稅第7548051號函）
4.事業單位原提撥退休基金，如己含有與勞工約定給付之離職金、資遣費及撫卹金等，移入勞工退休準備金專戶存儲後，於給付離職金、資遣費及撫卹金時，仍可繼續在原提撥退休基金移入退休準備金專戶之額度內支付，至原提撥額用罄為止，原提撥用罄後，得以當年度費用列支。（75台財稅第7527710號函）
5.營利事業依所得稅法第33條規定提列（撥）職工退休金準備、職工退休基金或勞工退休準備金時，係以已付薪資總額為準，所稱薪資總額之項目准依營利事業所得稅結算申報查核準則第７１條第１款規定辦理。（77台財稅第770407850號函）
6.補提之職工退休金準備不得追認為所補提年度費用。（財政部73.9. 4台財稅59092號）
7.年終提列職工退休基金認列年度費用：依所得稅法第33條第1項規定成立職工退休基金之營利事業，在年度最後一個月依規定扣提之職工退休基金，如已依規定於扣提後10日內撥交職工退休基金管理委員會者，其於期末因尚未撥交而帳列之「應付職工退休基金」，可認列為當年度費用。（財政部74.5.15台財稅16009號）
8.適用勞基法之營利事業轉調員工有關員工已提撥勞工退休準備金移轉疑義：（財政部87.4.1台財稅871936676號）
a.已提撥勞工退休準備金不得移轉。
b.另行撥付該等員工之退休基金予接收員工之營利事業，撥付退休金之營利事業得列為當年度費用，接收事業應列為當年度收入。
c.如有以不合營業常規交易之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關得依所得稅法第43條之1規定辦理。
d.該接收員工之營利事業取自原事業單位撥付轉調員工之退休金，已依上開函釋規定列為取得年度收入，並於同年度即全數提撥勞工退休準備金者，該提撥金額得以當年度費用列支。且不受勞工退休準備金提撥比率之限制。（財政部88.3.25台財稅880144960號）
9.董事長及依公司法設置之經理人，其退休金得否支應事宜：依公司法第8條、第29條第1項、第192條及第208條規定董事長及依該法設置之經理人與公司間為委任關係，非勞動基準法所稱受僱從事工作之勞工，故其退休金不得自依勞動基準法所提撥之勞工退休準備金專戶支應，可由事業單位以當年度費用列支。另事業單位可依所得稅法第33條第1項規定，則一提列職工退休準備或提撥職工退休基金。至於經理人退休條件與依據，可依公司自定之退休辦法或由經理人與公司自行約定之。（行政院勞工委員會92.8.6勞動一字第0920043912號函）
10.有關營利事業依勞工退休金條例規定提繳及支付勞工退休金之費用列支規定：
a.營利事業依勞工退休金條例第11條第3項規定，與勞工約定結清保留工作年資之退休金，應依所得稅法第33條第3項規定，儘先由勞工退休準備金項下支付；不足支付時，使得以當年度費用列支。
b.營利事業依勞工退休金條例第13條第1項規定，繼續依勞動基準法第56條第1項規定，按月於5年內依報經勞工主管機關核備之提撥率，足額提撥之勞工退休準備金，每年度得在不超過當年度已付具有舊制工作年資者勞工之薪資總額15%限度內，以費用列支。
c.營利事業依勞工退休金條例第6條、第14條第1項規定為勞工提繳之退休金，或依第35條第1項、第36條第1項規定為勞工投保符合保險法規定之年金保險之保險費，均得以當年度費用列支。（財政部94.7.1台財稅字第09404543590號令）
（3）國外旅費日支費標準：93.1.1實施新修訂標準。
（4）捐贈限額：（所36、查準79）
◎協助國防建設、慰勞軍隊、對政府捐贈及財政部專案核准之捐贈，不受金額限制。
◎對政黨、政治團體及擬參選人之捐贈總額不得超過新台幣50萬元，且不得超過所得額10%為限。
◎對合法登記之教育、文化、公益、慈善機關或團體之捐贈，以不超過所得額10﹪為限。
◎開立遠期支票捐贈，應以到期兌付日為準。
◎對依法設立政黨或對教育、文化、公益、慈善機關或團體之可捐贈金額：
{經認定之收益總額（毛利、分離課稅收益及非營業收益） －各項捐費【包括國防建設、對政府捐獻、勞軍捐贈、財政部專案核准之捐贈及對候選人依法得列報競選經費之捐贈，但不包括對政黨依法得列報之捐贈及其他捐贈】}/(1+10%)×10%
（5）交際費（查準80）
◎取具合法憑證，經查明與業務有關者，准予認列。但不得超過所得稅法第37條規定之限額。（普通申報與簽證、藍色申報案件之限額有別）
◎外銷特別交際費，以「外銷收入」2﹪範圍內提列；惟間接外銷因無法取得外匯收入故不得併計；預收外匯款應於實際銷貨年度轉列營收時列計。
◎大額交際費支出，應請保留支出事實及必要之證據供查核。
◎營利事業登記營業種類列有投資項目者，買賣短期票券之利息收入，因已分離課稅，准併入營業收入總額，計算交際費及職工福利列支限額，但投資收益全數免計得額部分，因實質免稅，則不應併計。（財政部78.2.10台財781139831號及83.11.23台財稅831620897號）
（6）職工福利（查準81）
◎已成立職工福利委員會者，准提撥職工福利金，但以實際撥付始准認列。惟按每月營收計提者，最後一個月准以應付費用列帳。
a.創立實收資本額或增資資本額5﹪限度內一次提撥，每年攤列費用不得超過20﹪。
b.每月營業收入總額0.05﹪至0.15﹪。
c.下腳（不包括副產品及不堪使用之固定資產）變價收入20﹪至40﹪。
◎未成立職工福利委員會者，得在前述b.c.限度內實際列支。
◎醫藥費、制服費、體育活動費，可不列前款限額內核實列支。
◎已成立職工福利委員會並依法提撥福利金者，其舉辦職工旅遊、摸彩等文康活動費用，應先在福利金列支，惟如超過當年度福利金總額50﹪時，其超過部分，如確由營利事業負擔者，方可以其他費用科目列支。又福利會將福利金以三節獎金方式發放予全體員工，該項三節獎金與其他由福利金動支之現金補助合計，如未超過當年度福利金總收入30﹪（編者註：93年7月22日起已修正為40﹪）者，准予認列。
◎職工福利委員會發給員工之獎品、禮品、及救助員工災害補助費等，以提撥之福利金發放者，受領員工應列入其他所得申報課稅；惟其中屬員工歷年自薪資提繳部分發給者，因係領回提繳薪資，應免予再計徵所得稅。（69.9.16台財稅37749號）
（7）伙食費（查準88）
◎營利事業實際供給膳食或按月定額發給員工伙食代金，在下列標準範圍內，免視為員工之薪資所得。其超過部分，如屬按月定額發給員工伙食代金者，應轉列員工之薪資所得；如屬實際供給膳食者，除已自行轉列員工薪資所得者外，不予認定。
◎一般營利事業列支標準：職工每人每月伙食費，包括加班誤餐費，最高以新臺幣1,800元為限。
（8）呆帳損失（所49、所細47、查準94）
◎提列備抵呆帳，以應收帳款及應收票據為限，不包括己貼現之票據。但該票據到期不獲兌現經執票人依法行使追索權而由該營利事業付款時，得視實際情形提列備抵呆帳或以呆帳損失列支。
◎提列呆帳準備之限度：備抵呆帳餘額，最高不得超過應收帳款及應收票據餘額之１﹪。
◎非本期營業收入之應收款項不得提列備抵呆帳：
例：（a）按毛利百分比法或差價攤計法及普通銷貨法計算當期損益之分期付款銷貨應收帳款或未實現應收差價。（所細47、查準94四）
（b）預售房屋之應收款項。
◎應收帳款及應收票據轉列為實際壞帳損失後再收回時，應列為收回年度之收益。（所49六）。營利事業歇業或解散時，其帳上累計未沖銷之備抵呆帳餘額，並應轉列為其他收益課稅。
◎已提列備抵呆帳者，實際發生呆帳損失，應於發生年度沖抵備抵呆帳，如有不足，得列為當年度損失。
◎實際發生呆帳之認定：
(a)因倒閉、逃匿、和解或破產之宣告，或其他原因致債權之一部或全部不能收回。
(b)債權中有逾2年經催收後，未經收取本金或利息。
（9）折舊超限（查準95）
◎新購乘人小客車提列折舊之實際成本，以150萬元為限，自93年1月1日起新購置者，以不超過新台幣250萬元為限，超過部份之折舊額不予認定。前項小客車嗣後出售時，其損益之計算，仍應以依所得稅法規定正常折舊方法計算之未折減餘額為基礎。（查準95十四）
◎經營小客車租賃業務之營利事業，自88年1月1日起新購置營業用小客車者，其提列折舊之實際成本以不超過新台幣350萬元為限；93年1月1日新購置營業用小客車者，其提列折舊之實際成本以不超過新台幣500萬元為限，其超提之折舊額不予認定。（查準95十五）
（二）、各類給付所得涉扣繳申報問題（申報書第9頁、所88、89）
如執行業務報酬、租金、權利金、佣金（在境外提供勞務之外銷佣金除外）、競技競賽及機會中獎獎金、退職所得及利息等。
（三）、常有爭議科目：佣金支出、呆帳損失、外銷損失等
１、佣金支出（查準92）
◎給付佣金，除對方已開立統一發票得免扣繳所得稅外，國內居住者按10﹪扣繳，非居住者按20﹪扣繳。
◎支付國外佣金，應與代理商或經銷商簽訂合約，或足以證明確屬必要支付國外廠商之往來函件或電報等文件，並約定支付金額標準。
◎佣金支付對象為公司股東時，除能提示轉付證明及代理或代銷合約，經查明屬實准認列外；認定為公司假藉支付佣金名義變相分配盈餘，除支付之佣金不予認定外，追認受款股東個人所得，併課綜合所得稅。（財政部67.4.4台財稅第32186號）
◎列報佣金支出顯有異常或達相當標準，或經審查人員認為有查證之必要者，稽徵機關將支付佣金明細資料通報受款人所在地稽徵機關進行查證。
◎外銷佣金超過出口貨物價款5﹪，經依規定取得有關憑證，提出正當理由及證明文據並查核相符者，准予認定。又在台以新台幣支付國外佣金者，應在不超過出口貨物價款3﹪範圍內取具國外代理商或代銷商名義出具之收據為憑予以認定，其超過3﹪者，如另能提供國外代理商或代銷商確已收到新台幣款項或存入其帳戶之證明及其他相關證明文件時，准予認定。
◎支付國外佣金以下列對象為受款人者，不予認定：
a.出口廠商或其員工。
b.國外經銷商。
c.直接向出口廠商進貨之國外其他廠商，但代理商或代銷商不在此限。
◎財產保險業及人身保險業，支付非經取得目的事業主管機關核發執業證書之經紀人佣金，或代理人之代理費，不予認定。
２、外銷損失（查準94之1）
◎營利事業經營外銷業務，因解除或變更買賣契約，致發生損失或減少收入或因違約而給付之賠償，或因不可抗力而遭受之意外損失，或因運輸途中發生損失，經查明屬實者，應予認定。其不應由該營利事業本身負擔，或受有保險賠償部分，不得列為損失。
◎外銷損失之認定，應檢附：
a.買賣契約書（應有購貨條件及損失歸屬之認定）。
b.國外進口商索賠文件。
c.國外公證機構或檢驗機構或財政部認可之機構所出具之證明文件。
d.賠償證明文件。（外匯主管機關核准文件、結匯文件、貿易主管機關核准文件…….等）
e.外匯損失每筆金額在新台幣50萬元以下，得免附國外公證或檢驗機構出具之證明文件。
３、呆帳損失（所49、查準94）詳前項（8）
（四）、非營業收入及損失
１、兌換盈益及虧損（查準29、98）
◎兌換盈益（虧損）以實際發生之收益（損失）為準認列；其僅係因匯率調整而發生之帳面差額，免列為當年度之收益。但其利用此項帳面增值轉作增資者，仍應併計其辦理增資年度之損益，予以課徵所得稅。
◎營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益（損失），應列為當年度兌換盈益（虧損），免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
２、投資收益及損失（查準30、99）
◎非以有價證券買賣為專業者，於證券交易所得停徵期間證券交易所得免計入所得課稅，但如有損失亦不予認列（所4之1）。出售外國政府或公司發行之有價證券所取得之收益，應與國內之營利事業所得合併申報課稅，不適用停徵之規定。（財政部83.1.12台財稅第821506281號函）
◎投資於未發行股票公司之股份、股單轉讓所得，屬財產交易所得，仍應合併課稅。（６７台財稅第38498號函）
◎短期票券利息所得採分離課稅，就源扣繳後，不再合併申報。（所24一）
◎投資收益，以被投資公司股東同意或股東大會決議之分配數為準，並以同意或決議分配股息紅利時，為權責發生之年度，但公開發行公司，以經主管機關核准除權基準日之年度，為權責發生年度。（查準30二）
◎倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。（查準30一）
◎利率期貨交易所得及損失列報問題。（財政部92.12.31台財稅字第0920456608號令）
◎投資損失以實現者為限，其所投資事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認列。
◎投資損失應有所投資事業之減資或清算證明文件。其因減資者，以主管機關核准之日或股東會決議減資之基準日（無需核准者）為準。
◎公司為配合政府政策，進行國外投資，並經目的事業主管機關核准者，得於投資款匯出年度，按國外投資總額20%範圍內提列國外投資損失準備，適用國外投資損失準備之公司其國外投資總股權必須占該國外投資事業20%以上者為限，且自提列年度起5年內若無實際投資損失發生時，應將提列之準備轉作第5年度收益處理。
３、利息收入及支出（查準36之1、97）
◎利息收入及期末應收利息之合理計算列報（查準106）：申報利息收入若與扣繳憑單給付金額有異，應將本期與上期之應收、預收金額調節說明於申報書第9頁。
◎帳列鉅額之現金餘額或銀行存款餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
◎下列利息應予認列：申請延期申報之利息；超限加計之利息；行政救濟補徵之利息。
◎以個人名義借款轉貸公司，該支付個人之利息，如取得個人收據並依法扣繳，可核實認定。
◎向金融業以外之借款利息，超過規定最高標準利率，不予認定。
◎借款購置固定資產、機器、設備等之利息資本化
a.應計息資本化之資產種類：包括土地、房屋、及固定資產耐用年數表所列各項機器設備、各項資產、器具等。
b.計息資本化之金額：
＊出價取得者：指取得價格，包括購價及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必要費用。
＊自行建造者：包括自設計製造、建築，以至適於營業上使用而支付之一切必要工料及費用。
c.計息資本化之期間：
始自購建資產之現金支出、交付非現金資產、或承擔應支付利息債務，己經發生，且正在進行使該資產達到可供使用狀態之必要工作；終於取得該項資產所有權（外購），該項資產實際完工日（自建）或該項資產實際開始使用之日。(所稱取得，在土地係指辦妥所有權登記之日或實際受領之日)
d.計息資本化之計算：
＊利率：
專案借款利率
加權平圴利率：資金來源若為未指定用途，或資金來源無法明確劃分，及專案借款金額不足支應部份，均應依加權平均利率計算。
＊資本化之利息金額：
適用利率×積數
資本化之利息以全年實際應負擔之利息支出為限。
同時購建多項資產，按積數比例分攤。
e.分期付款購置設備之利息支出，或分期付款價格與現購價格之差額，應併入該項資產之實際成本，但因購置設備向金融事業貨款於取得該項資產後所支付之利息，得以費用列支。
４、災害損失（查準102）
◎凡遭受地震、風災、水災、旱災、蟲災及戰禍等不可抗力之災害損失，受有保險賠償部分，不得列為費用或損失。
◎前項災害損失，除船舶海難、空難事件，事實發生在海外，勘察困難，應憑主管官署或海事報告及保險公司出具之證明處理外。應於事實發生後之次日起15日內，檢具清單及證明文件報請該管稽徵機關派員勘查，憑以核認損失。
如有特殊情形，不能於上述規定期間內辦理者，得於該期間屆滿前申請延期。但延長之期限最長不得超過15日，並以一次為限。
５、其他費用其損失（查準103）
五、資產負債表：
（一）、負債不實相對資產之查核
◎帳列鉅額之借款或應付帳款卻無相對固定資產、存貨增加，若現金餘額或銀行存款巨大餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
（二）、長短期投資及股利
◎非以有價證券買賣為專業者，於證券交易所得停徵期間證券交易所得免計入所得課稅，但如有損失亦不予認列（所4之1）。出售外國政府或公司發行之有價證券所取得之收益，應與國內之營利事業所得合併申報課稅，不適用停徵之規定。（財政部83.1.12台財稅第821506281號函）
◎投資於未發行股票公司之股份、股單轉讓所得，屬財產交易所得，仍應合併課稅。（６７台財稅第38498號函）
◎短期票券利息所得採分離課稅，就源扣繳後，不再合併申報。（所24一）
◎投資收益，以被投資公司股東同意或股東大會決議之分配數為準，並以同意或決議分配股息紅利時，為權責發生之年度，但公開發行公司，以經主管機關核准除權基準日之年度，為權責發生年度。（查準30二）
◎倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。（查準30一）
（三）、鉅額現金、存款與相對負債，利息收入與費用之關係
◎帳列鉅額之現金餘額或銀行存款餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
（四）、存貨、暫〔預〕付款、應收款、股東往來真實性與資金成本之關係
◎存貨數量之檢查，應與進、銷、存各有關帳簿、憑證、文據詳細核對。
◎帳表所載存貨經盤點不符者，應注意其原因，及有無虛增減成本或隱匿收入。
◎預付或暫付設備或工程款之相當借款利息，應列為資本支出。（查準97七、八、十六）
◎預付或暫付款科目，期末雖無餘額，仍應就期中暫付預付金額及其期間計算積數，比照前項有關規定辦理。
◎預付利息、預付租金、預付保險費‧‧‧等，均應按其受益期間比例換算；其屬跨年度部份，並應依比例轉列預付費用。
◎所謂應收帳款、應收票據及各項債權，均應有合法完備之會計紀錄，載明其債權之來源，以供主管稽徵機關之稽核。（行政法院６１判549）
◎有否藉股東往來掩護短漏銷貨收入。（查準108）
◎公司資金貸放股東使用者，應依當年度所適用臺灣銀行之基本放款利率設算利息收入。但如係遭侵佔，且已依法提起訴訟者，不予計算利息收入課稅。（查準36之1）
◎有否以股東往來為過渡科目，及相關科目之沖轉而變相分配盈餘。
（五）、固定資產、負債增減變動真實性，其出售損益及利息情形
◎資產之取得、資金來源、入帳基礎、財產目錄。
◎資產之所有權、是否提供擔保質押？資產用途及有否收益產生？
◎資產增減變動及相關損益。
◎折舊及資產重估價。
◎分期付款、融資租賃、專案貨款與利息資本化。
◎未完工程之結轉。
◎遞延資產之認定及攤提。
六、所得稅法第39條有關前期虧損扣除之規定：公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或委託合格之稅務代理人簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關查帳核定之前5年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。（所39）
◎短漏報情節輕微者仍可適用盈虧互抵規定（財政部83.7.13台財稅第831601175及831601183號函）
◎合併或分割後消滅公司之決算虧損得由存續或新設公司依比例扣除（財政部92.8.13台財稅字第0920454432號令）
◎帳證簿據完備要件（財政部52.11.22台財稅發第8210號令）、準則3~14條
七、免計入所得課稅
◎依所得稅法第４２條規定百分之百免計入所得之股利收入。
◎依獎勵投資條例第１３條規定取得之新發行記名股票。(緩課)
◎依公債條例免徵所得之利息。
◎已扣繳之短期票券利息
八、減免所得稅之所得額
◎出售土地所得（所4條16款）
◎出售證券期貨所得或損失（所4之1、之2）
◎促產、獎參等之免稅所得
九、營所稅稅額計算及稅率級距（所71、5）
十、所得稅法第66條之9有關未分配盈餘計算加徵之規定（查準111之1相關還原減除項目）
十一、所得稅法第66條之3、4、5扣抵稅額計入、減除以及可扣抵比率計算之規定；所得稅法第114條之2有關超額分配之規定
輔助教材：94年度營利事業所得稅結算暨未分配盈餘申報書、營利事業所得稅查核準則、所得稅法、原物料超耗計算範例
一、 結算申報應注意事項：
（一） 應辦理營利事業所得稅結算申報之營利事業：
１、 在我國境內有固定營業場所或營業代理人之營利事業。（所細49二、三）
２、 所得稅法第４條１３款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織。（所71之1三）
３、 其他應辦理結算申報者。（所73之1）
（二） 辦理結算申報期間：應於每年5月1日起至5月31日止填具結算報書，向該管稽徵機關申報其上一年度內構成營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。（所71）
（三） 未依限辦理結算申報之處理：
１、 滯報案件，應於接到滯報通知書15日內補報，稽徵機關仍予查帳核定。逾限仍未辦理申報者即屬怠報案件，稽徵機關即依查得資料或同業利潤標準逕行核定。（所79）
２、 滯報或怠報案件，應依核定應納稅額另行加徵10﹪滯報金（至少新台幣1,500元）或20﹪怠報金（至少新台幣4,500元）。（所108）
（四） 結算申報書之填寫及申報須知：
１、 一般申報書填報注意事項。
２、 製造業申報時應檢附期末原料、物料、製成品、在製品盤存明細表（經會計師簽證申報案件及藍色申報書者，如採永續盤存制度並記載詳實者，得不填報）、直接原料明細表及單位成本分析表。
３、 購原料委外加工者，並應比照製造業檢附單位成本表、直接材料耗用明細表、期末原、物料盤存明細表、期末在製品及製成品盤存明細表。
二、 收入面：
（一）、申報書相關調節應注意事項（查準15、15之2）
◎營收與開立發票金額不一致，應於營所稅結算申報書內營業收入調節欄項下調整說明（15條）
◎至於15條之2係規範外銷貨物或勞務，其銷貨收入歸屬年度。
a.外銷貨物應列為外銷貨物報關日所屬會計年度之銷貨收入處理。但以郵政及快遞事業之郵政快捷郵件或陸空聯運包裹寄送貨物外銷者，應列為郵政及快遞事業掣發執據蓋用戳記日所屬會計年度之銷貨收入處理。
b.銷售與外銷有關勞務或在國內提供而在國外使用之勞務，應列為勞務提供完成日所屬會計年度之銷貨收入處理。
１、 預收款：本期預收款應與資產負債表第2131欄項金額相符，若不相符可能是預收國外款項所致；上期結轉本期預收款則應與前一年度2131欄項申報金額或前一年度【本期預收款】調節金額相符。（查準107：流動負債有到期或交易已完成應轉為收益而於年度申報仍未轉入者，依所得稅法第110條規定辦理，即按漏報收入處罰。）
２、 本期應收未開立發票金額：依據「營業人開立銷售憑證時限表」規定，製造業原則以發貨或收款先者之時點開立發票（此時不會有應收未開立發票情形）；例外為書面約定銷售貨物部分，必須買受人承認買賣契約使生效力者，以買受人承認時為開立發票時點（如設備銷售約定試車完成後買賣契約才完成即是）。
３、 視為銷售開立發票金額（查準15之1、營3第3項）
（1）自製貨物轉供自用（資產或費用）或無償移轉他人所有（捐贈）—按時價作為銷售額，按實際成本轉列資產或費用。（1款）
（2）解散廢止營業時以存貨抵償債務、分配與股東或出資人—按時價作為銷售額，清算所得申報時，依所得稅法第65條規定，以時價或實際成交價格做為貨物估價標準。（2款）
（3）以自己名義代為購貨交付與委託人—按代購貨物之實際交易價格作為銷售額，代購佣金另外列報。（3款）
（4）委託代銷，於送貨時已先按數量及約定代銷價格作為銷售額，年度終了尚未經代銷之貨物價格應調減。（4款）
（5）受他人委託代銷，代銷銷售額應調減，代銷佣金另外列報。（5款）
４、 本期溢開發票金額（前提是買受人未將收受之進項發票申報扣抵銷項稅額）：（統一發票使用辦法24、財政部75.11.26台財稅字第7572872號函、查準21）
（1）發現溢開發票時點是開立發票當月份，依統一發票使用辦法第24條辦理。
（2）發現溢開發票時點是開立發票次月份，依財政部75.11.26台財稅字第7572872號函規定辦理，即由營業人（賣方）憑買受人退回之原開立發票收執聯及扣抵聯專案申報主管稽徵機關，經稽徵機關查明屬實後，其溢付稅額，准予留抵或退還。
（3）若未依前2項規定辦理，則該銷售額依據查準第21條規定，仍應按銷貨認定，並依同業利潤標準核計其所得額。
５、 佣金收入及租金收入：當年度佣金及租金收入開立之發票金額自營業收入總額中調減者，該收入應列報於非營業收入項下第39或41欄，但營利事業本業以出租資產或仲介為業者除外。佣金收入應依權責發生日期列為收入，國外佣金權責發生日期，除屬於外匯管制國家，以當地政府核准時視為權責之發生，其餘一律以營業行為發生時為準。所稱「營業行為發生時」，係以交易完成日為準，亦即廠商已依照信用狀或託收條件裝船之日。
６、 出售下腳廢料（查準36）：銷售下腳及廢料之收入，應列為其他收入或成本之減項，漏報依所得稅法第110條規定辦理。
７、 出售資產（查準32、100、所51之1、查準95條16款）：
（1）出售資產售價大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅，列報於第40欄。（查準32）
◎營利事業出售土地之交易所得，自75年1月1日起免計入所得課稅。
◎營利事業自75年1月1日起土地及其定著物合併出售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款顯較市價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格佔土地公告現值及房屋評定標準價格之比例計算。（查準32條3項）
（2）資產之未折減餘額大於出售價格者，其差額列為出售資產損失，列報於第48欄。（查準100）
（3）所得稅法第51條之1及查準第95條第16款規定，乘人小客車如於使用後出售或毀滅廢棄時，其收益或損失之計算，仍應以所得稅法規定正常折舊方法計算之未折減餘額為基礎。（查準第95條第14款，93年1月1日起新購之乘人小客車，其實際成本不得超過250萬元；查準第95條第15款88年1月1日起租賃業務之營利事業新購之出租用乘人小客車實際成本不得超過350萬元、93年1月1日起新購者，不得超過500萬元。）
８、 代收款（查準18之2）：營利事業受託代收轉付款項，於收取轉付之間無差額，其轉付款項取得之憑證買受人載明為委託人者，得以該憑證交付委託人，免另開立統一發票，並免列入銷售額（查準18之2）。換言之，當受託代收轉付款項取得之憑證，買受人係受託之營利事業時，營利事業需轉開立發票予委託人，此轉開之銷售額應自營利事業收入總額調減。（另取得之憑證抬頭雖是受託之營利事業，依據營業稅法第19條第1項第2款規定—非供本業其附屬業務使用之貨物或勞務之進項稅額本應不得扣抵銷項稅額；但營利事業若仍申報扣抵銷項稅額，則於估計申報成本費用與申報扣抵進項憑證是否相當時，應將代付憑證銷售額自申報書第6頁金額中排除）
９、 因信託行為開立發票金額（營3之1、所3之3）：信託財產於信託關係人間移轉或為其他處分者，不適用視為銷售之規定，亦不課徵所得稅。
１０、 應付未付費用損失轉收入問題（所細82、查準108之1）
◎應付未付之費用或損失，逾2年尚未給付者，應轉列「其他收入」科目，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。（所細82）
◎公司之「應付股利」，於股東會決議分配盈餘之日起，6個月內尚未給付者，視同給付。（所細82、查準108之1）
（二）、銷貨退回及折讓（查準19、20、統一發票使用辦法20）
◎依統一發票使用辦法第20條辦理。
◎貨物退回，應於存貨帳作沖轉紀錄。
◎未能取得有關憑證者，銷貨退回不予認定，其按銷貨認定之收入，並依同業利潤標準核計其成本及費用。
◎銷貨於次年度發生退回，應列為次年度之銷貨退回處理。（67台財稅第34268號函）。銷貨退回修理，因已無法修理，而經買受人於跨越年度通知銷貨退回，仍應列為通知時之銷貨退回處理。該項退回之商品如確無法修理再售而須報廢時，可報備核准列為損失。（69台財稅第40506號函）。
◎經核准以電子計算機開立統一發票者，其銷貨退回或折讓，得由該營業人開立「銷貨退回、進貨退出或折讓證明單」以憑認列，免收回原開立統一發票收執聯及扣抵聯。（75台財稅第7523623號函）。
◎營利事業依經銷契約所取得或支付之獎勵金應按進貨或銷貨折讓處理。
1. 準則19、20條、統一發票使用辦法第20條
2. 獎勵金（準則第20條第1項）
3. 外銷貨物或勞務之折讓（修正後準則第20條第2項）
（三）、其他準則及相關規定
1. 短漏報銷貨收入（修正後查準6但書、所83、110、所細81、營51、52）
◎短漏報收入其成本認列方式—成本依法核定或核實認定。
（1）申報時成本已依法核定
（2）申報時成本率高於同業利潤標準
（3）申報時成本率低於同業利潤標準
（4）依所得稅法第83條核定後，有漏報收入情事。
2. 「時價」規範（查準22、所43之1、TP查核準則相關規定）
（1）銷貨與非關係人其價格顯較時價為低，無法提出正當理由及證明文據或查對不符者，按時價認定銷售價格。（22條2項）
（2）時價規範於22條3項。
◎報章雜誌所載市場價格。
◎各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
◎時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
◎進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
（3）銷貨予關係人者，依TP（營所稅不合常規移轉訂價）查核準則規定辦理。
3. 分期付款銷貨（查準16）：包括全部毛利法、毛利百分比法、差價攤計法及普通銷貨法。計算損益方法一經採用，本期內不得變更；相同種類產品同期應採同一計算方式；不同種類產品得採不同計算方法，但全期應擇定同一方法，不得中途變更。
4. 以無形資產作價投資之規定（財政部92.10.1台財稅第0920455312號函）：93.1.1起以技術等無形資產作價投資充抵股款，抵充股款金額大於取得成本部分屬財產交易所得。
5. 境外所得已依所得來源國稅法規定繳納所得稅，可扣抵本國應納稅額規定。（所3條2項、93.9.14台財稅字第0930045293號令）
◎所得稅法第3條第2項但書規定，……應提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證。所稱『同一年度納稅憑證』係指營利事業按權責基礎併計之境外所得所屬年度之同一年度納稅憑證而言。
6. 其他：停徵、免稅等收入涉及分攤損費以及未分配盈餘計算加徵還原問題（查準30、所4、4之1、財政部83.2.8台財稅第831582472號函、92.8.29台財稅第0920455298號函、84.2.18台財稅第841607041號函、86.7.24台財稅第861908054號函）
※免稅所得應分攤比率=（證交收入+投資收益淨額）/（證交收入+投資收益淨額+短票利息收入總額+營業收入+非營業收入）
三、成本面：
（一）、應提示之成本分析表
1. 原物料〈商品〉進耗〈銷〉存明細表
2. 直接原料明細表（格式詳申報書第5頁背面）
3. 產品產銷存明細表
4. 產品單位成本計算（分析）表（格式詳申報書第5頁背面）
註：申報須知第四項規定，製造業申報時應填具之附表有期末原料、物料、製成品及在製品盤存明細表、直接原料明細表、單位成本分析表；其中各項盤存明細表如屬簽證案件、上市公司、採藍色申報書及採用零售價法之百貨公司及超市得免附。
（二）、營業成本明細表填報注意事項
1. 期初存貨：
◎申報數量、單價、金額應與上年度稽徵機關核定相符，其有不符者，應予調整。
◎上一年度係經按查得資料或同業利潤標準核定者，應列報期初盤存明細表供核。
2.期末存貨：與資產負債表1130項下申報金額應相符。
3.加減『其他』：係無法歸類之科目，若超過2項以上，請附明細表。
4.本期進貨（料）：
◎商品（材料）之購進成本以實際成本為準。進貨所支付之費用，列為成本。
◎未取得或保存憑證按總金額處5﹪罰鍰。（稅捐稽徵法第44條）
◎進貨未取得或保存憑證，或按址查對不確，未能提出正當理由或證明文件，稽徵機關按當年度當地該項貨品之最低價格核定成本。其屬未取得進貨憑證或未將進貨憑證保存者，應依稅捐稽徵法第44條規定處罰。但依查準第45條第2款第3目規定處理者免罰。（查準38）
◎進貨價格顯較時價為高，未能提出正當理由或說明，稽徵機關應按時價核定其進貨成本。（查準38之1）
◎進貨之價格及其運雜費用等，因特殊原因尚未確知，得先估列相當之進貨成本，俟確知後，再行調整。（查準42）
◎無進貨事實虛報成本構成短報所得額，按所得稅法第110條規定處罰。
◎記帳關稅以備忘科目列帳，不列成本。轉內銷或逾時出口，按海關通知補納關稅，補繳稅額列成本（查準41）。
◎營利事業如因出售者未給與統一發票，致無法取得合法憑證，其已誠實入帳，能提示送貨單及支付貨款證明，於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露，經稽徵機關查明屬實者，准按實際進價核定進貨成本。並免依稅捐稽徵法第44條規定處罰。出售者涉嫌違章部分則應依法究辦。（查準38二）
◎營利事業繳納外銷品進口原料之稅捐，應以成本列帳，其成品於當年度外銷並收到海關退稅款者應自成本項下沖減。如當年度未收到退稅款或成品於次年度始外銷者，均應估列應收退稅款，列為成本減項。（查準41）
5.存貨盤損及報廢：
（１） 會計制度健全，盤損率在１﹪以下者，其盤損得予認定，超過１﹪者，應於事實發生後15日內檢具清單報請該管稽徵機關調查，或經會計師盤點並提出簽證報告，經查明屬實者，應予認定。（查準101）
（２） 盤損率之計算公式
◎ 製造業：盤損金額／原物料、製成品及在製品期初盤存＋本期進料－進貨退出及折讓＋直接人工＋製造費用
（３） 商品或原料、物料、在製品等因過期、變質、破損等因素而報廢，除公開發行股票之公司，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失者外，應於事實發生後15日內檢具清單報請稽徵機關派員勘查監毀，或事業主管機關監毀並取具證明文件，核實認定。
（４） 生鮮農、魚類商品或原料、物料、在製品，因產品特性或相關衛生法令規定，於過期或變質後無法久存者，除公開發行股票之公司，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失者外，得申請該管稽徵機關核准，免依前款規定報經該管稽徵機關或事業主管機關監毀。但應按月檢附經會計師簽證之報廢清單，送請該管稽徵機關備查，核實認定其報廢損失。
（５） 報廢之商品或原料、物料、在製品等，如有廢品出售入，應列為其他收入或商品報廢損失之減項。（查準101之1）
6.直接人工：直接人工、間接人工及薪資費用申報金額應與各類給付扣繳申報金額調節說明於申報書第9頁。
7.製造費用：請按申報書第4頁所列科目填報，若有無法歸類者，請列其他製造費用項下，若有2項以上請附明細表。
8.勞務成本或修理成本：若帳列有人工成本及維修零件成本，則應比照直接人工及進料方式說明調節及編製進耗存明細表。
（三）、原物料超耗計算（查準58、範例）
1. 原料耗用數量核實認定：查準第58條第1項規定，製造業已依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法設置帳簿，平時對進料、領料、退料、產品、人工、製造費用等均作成紀錄，有內部憑證可稽，並編有生產日報表或生產通知單及成本計算表，經內部製造及會計部門負責人員簽章者，其製品原料耗用數量，應根據有關帳證紀錄予以核實認定。
2. 原料耗用數量不得超過各該業通常水準：查準第58條第2項規定。
註：「耗用通常水準」定義（查準58條3項）由主管稽徵機關會同實地調查，並洽詢各該業同業公會及有關機關擬訂，報請財政部核定；未經核定之行業，得比照機器、設備、製造程序、原料品質等相當之同業原料耗用情形核定；無同業可資比照者，按該事業上年度核定情形核定之，但上年度採擴大書審審核者，按最近年度核定情形核定之。
（四）、其他：
1. 時價問題（查準38之1）：進貨價格顯較查準第22條所稱「時價」為高時，如能提出正當理由，仍應依帳證核定；未能提出者，稽徵機關應按該時價核定進貨成本。
2. 成本依法核定與否以及營業費用轉列成本與否影響稅負關係（查準60、61）
（1）60條：營利事業之費用與損失，應視其性質分為營業費用（如銷售、管理費用）與營業成本（如製造費用），分別審定並轉正。應歸屬於成本之費用及損失，原列報於營業費用，經稽徵機關審定轉正者，應就調整部分分攤於期末存貨。
（2）61條：直接人工製造費用，適用費用類之查核。
3. 進項憑證不足、異常情形之查核（申報書第6頁、查準38條1項前段、45條；稅捐稽徵法44）
4. 委外加工應否計算超耗？（財政部77台財稅第760193143號函釋及58台財稅發字第5035號函釋）
77年函釋規定：營利事業自備原料委託製造廠商加工製成產品，其所列報之原、物料數量，核與製造業性質並無二致，應比照準則第58條規定辦理，又依財政部（58）台財稅發字第5035號函釋規定，營利事業委託他廠商加工以剩餘材料折抵工資，應分別由雙方開立銷貨及加工收入發票。故歸納託工原料損耗計算方式如下：
（1）實際耗料超過約定耗料：該超過部分應由受託廠商負擔，由加工費折抵，此種處理方式，核屬委外加工之應付加工費及出售材料之應收帳款兩科目帳款之沖轉事項，依58年函釋規定，由雙方分別按出售材料（實際耗料－約定耗料）開立銷貨發票及按加工費總額（非扣抵後之淨額）開立加工收入發票，各依其交易性質入帳。
（2）實際耗料超過規定耗料：託外加工實際損耗率超過部頒該業原物料耗用通常水準規定損耗率時，其實際耗料超過規定耗料部分，於減除前（1）項所述實際耗料超過約定耗料部分後之餘額，係屬超耗，應予剔除。
5. 下腳料計算方法：（以鋼鐵業為例）
下腳重量（有超耗時）＝應耗料量－產品淨重
下腳重量（無超耗時）＝申報耗料量－產品淨重
應轉列期末盤存之下腳金額＝下腳重量×70﹪×單價
四、費用類（含成本面人工、製造費用）
（一）、準則第62至103條規定
1. 費用類之查核通則（準則第62至70條之1）
◎非本業費用：經營本業及附屬業務以外之費用及損失；私人及家庭之費用；各種稅法所規定之滯（怠）報金，滯納金及依各種法規所科處之罰鍰（所38、所細42之１）。
◎未實現費用：未實現之收入與支出均不列入本年度計算；但下列未實現之費用，基於配合原則，可依限額計算列支費用，貸記準備科目，俟實際發生時，再予沖轉，當年度累計準備不足沖轉之數，可列當期費用，惟仍應逐年重行衡量計算限額（查準63）：如備抵呆帳（查準94）；職工退休金準備、職工退休基金及勞工退休準備金（所33，查準71）；存貨跌價損失準備（查準63，所44）。
◎權責基礎：凡屬公司組織者，應採用權責發生制。其非公司組織者，得因原有習慣，或因營業範圍狹小，報經稽徵機關核准（變更者須於各會計年度開始三個月前申請），採用現金收付制。（所22，查準64）凡應歸屬本年度之收入，成本、費用、損失，在權責基礎下，縱使尚未收付，仍應於年度決算時，就估計數字，以應收收入或應付費用科目列帳。但因特殊情形無法確知者，得於確知之年度以過期帳處理，惟仍應充分表達。（查準27、42、64）
◎其他：如取得普通收據限額（稽徵機關核定製造費用＋營業費用之千分之30）、分攤國外總公司管理費用及與關係企業集中辦公共同費用之分攤規定等。
2. 費用超限計算（申報書第7、8頁）
（1）加班費：公私營事業員工，依勞動基準法第24條規定「延長工作時間之工資」及第32條規定「每月平日延長工作總時數」限度內支領之加班費，可免納所得稅。員工為雇主之目的，於國定假日、例假日、特別休假日執行職務而支領之加班費，其金額符合前列標準以內者，免納所得稅，其加班時數，不計入「每月平日延長工作總時數」之內。（74台財稅第16713號函）其未提供加班紀錄或超出勞動基準法第32條所訂定之標準部分，仍應轉列薪資支出列帳並扣繳。（查準第71條12款）
◎勞動基準法第32條規定：
a.經工會或勞資會議同意，並報當地主管機關核備後，雇主得延長勞工工作時間，連同正常工作時間，一日不得超過12小時，一個月總時數不得超過46小時。
b.經中央主管機關核定之特殊行業，每日得延長至4小時，每月總時數不超過46小時。
（2）退休金（查準第71條7、8款）
◎報備：
a.營利事業訂定職工退休辦法，應報經稽徵機關核准，始能提列退休金準備或提撥退休基金。
b.適用勞動基準法之營利事業，應檢附勞工主管機關之核准提撥率文件，報經稽徵機關核准後，始能提撥勞工退休準備金。
c.各事業單位申報勞工退休準備金監督委員會之設立、擬定（調整）退休準備金提撥率或暫停提撥，報由當地主管機關備查、核備或核准後，由當地主管機關副知當地稅捐稽徵機關，可免除事業單位另向稽徵機關報備之手續，惟應將該事業單位之職工退休辦法一併副知當地稅捐稽徵機關。所得稅法及勞動基準法均無事業單位得另提撥離職準備金之規定，於核課所得稅時，不得認列費用。（75台財稅第7527710號函）
◎提列限額：
a.職工退休金準備：不得超過當年度已付薪資總額之4%。
b.職工退休基金：不得超過當年度已付薪資總額之8%且 應與企業完全分離。（財政部74.5.28台財稅第16658號函）
c.勞工退休準備金：適用勞動基準法之營利事業，依該法第56條第1項規定，按月依報經勞工主管機關核備之提撥率，提撥勞工退休準備金之認列規定－94.7.1勞工退休金條例實施前提撥者，不得超過當年度已付薪資總額之15%；94.7.1勞工退休金條例實施後，依該條例第13條第1項規定繼續提撥者，不得超過當年度已付具有舊制工作年資者勞工之薪資總額15%；依該條例第7條第2項及同條例施行細則第20條第3項規定，為委任經理人提繳之退休金，不得超過當年度已付薪資總額6％。
◎退休金準備及退休基金之有關規定：
1.當年度實際支付退休金數額，超過已提準備累計數額（不包括當年應提列數在內），其超過部份，依法以當期費用列支；至年終時，仍可依所得稅法第３３條第１項之規定，提列職工退休金準備。（65台財稅第36479號函）
2.營利事業因解散、廢止、合併或轉讓而辦理清算時，職工退休金準備之累積餘額，應轉作當年度收益處理。但合併或轉讓時，經約定全部員工均由新組織留用並繼續承認其年資者，其以往年度己依法提列之職工退休金準備累積餘額，得轉移新組織列帳。（財政部73.11.21台財稅63355號）
3.尚未適用勞基法之行業，仍得依照所得稅法有關規定提撥職工退休基金，並以費用列支。至該項基金係按月或年提撥，稅法並無限制規定。（75台財稅第7548051號函）
4.事業單位原提撥退休基金，如己含有與勞工約定給付之離職金、資遣費及撫卹金等，移入勞工退休準備金專戶存儲後，於給付離職金、資遣費及撫卹金時，仍可繼續在原提撥退休基金移入退休準備金專戶之額度內支付，至原提撥額用罄為止，原提撥用罄後，得以當年度費用列支。（75台財稅第7527710號函）
5.營利事業依所得稅法第33條規定提列（撥）職工退休金準備、職工退休基金或勞工退休準備金時，係以已付薪資總額為準，所稱薪資總額之項目准依營利事業所得稅結算申報查核準則第７１條第１款規定辦理。（77台財稅第770407850號函）
6.補提之職工退休金準備不得追認為所補提年度費用。（財政部73.9. 4台財稅59092號）
7.年終提列職工退休基金認列年度費用：依所得稅法第33條第1項規定成立職工退休基金之營利事業，在年度最後一個月依規定扣提之職工退休基金，如已依規定於扣提後10日內撥交職工退休基金管理委員會者，其於期末因尚未撥交而帳列之「應付職工退休基金」，可認列為當年度費用。（財政部74.5.15台財稅16009號）
8.適用勞基法之營利事業轉調員工有關員工已提撥勞工退休準備金移轉疑義：（財政部87.4.1台財稅871936676號）
a.已提撥勞工退休準備金不得移轉。
b.另行撥付該等員工之退休基金予接收員工之營利事業，撥付退休金之營利事業得列為當年度費用，接收事業應列為當年度收入。
c.如有以不合營業常規交易之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關得依所得稅法第43條之1規定辦理。
d.該接收員工之營利事業取自原事業單位撥付轉調員工之退休金，已依上開函釋規定列為取得年度收入，並於同年度即全數提撥勞工退休準備金者，該提撥金額得以當年度費用列支。且不受勞工退休準備金提撥比率之限制。（財政部88.3.25台財稅880144960號）
9.董事長及依公司法設置之經理人，其退休金得否支應事宜：依公司法第8條、第29條第1項、第192條及第208條規定董事長及依該法設置之經理人與公司間為委任關係，非勞動基準法所稱受僱從事工作之勞工，故其退休金不得自依勞動基準法所提撥之勞工退休準備金專戶支應，可由事業單位以當年度費用列支。另事業單位可依所得稅法第33條第1項規定，則一提列職工退休準備或提撥職工退休基金。至於經理人退休條件與依據，可依公司自定之退休辦法或由經理人與公司自行約定之。（行政院勞工委員會92.8.6勞動一字第0920043912號函）
10.有關營利事業依勞工退休金條例規定提繳及支付勞工退休金之費用列支規定：
a.營利事業依勞工退休金條例第11條第3項規定，與勞工約定結清保留工作年資之退休金，應依所得稅法第33條第3項規定，儘先由勞工退休準備金項下支付；不足支付時，使得以當年度費用列支。
b.營利事業依勞工退休金條例第13條第1項規定，繼續依勞動基準法第56條第1項規定，按月於5年內依報經勞工主管機關核備之提撥率，足額提撥之勞工退休準備金，每年度得在不超過當年度已付具有舊制工作年資者勞工之薪資總額15%限度內，以費用列支。
c.營利事業依勞工退休金條例第6條、第14條第1項規定為勞工提繳之退休金，或依第35條第1項、第36條第1項規定為勞工投保符合保險法規定之年金保險之保險費，均得以當年度費用列支。（財政部94.7.1台財稅字第09404543590號令）
（3）國外旅費日支費標準：93.1.1實施新修訂標準。
（4）捐贈限額：（所36、查準79）
◎協助國防建設、慰勞軍隊、對政府捐贈及財政部專案核准之捐贈，不受金額限制。
◎對政黨、政治團體及擬參選人之捐贈總額不得超過新台幣50萬元，且不得超過所得額10%為限。
◎對合法登記之教育、文化、公益、慈善機關或團體之捐贈，以不超過所得額10﹪為限。
◎開立遠期支票捐贈，應以到期兌付日為準。
◎對依法設立政黨或對教育、文化、公益、慈善機關或團體之可捐贈金額：
{經認定之收益總額（毛利、分離課稅收益及非營業收益） －各項捐費【包括國防建設、對政府捐獻、勞軍捐贈、財政部專案核准之捐贈及對候選人依法得列報競選經費之捐贈，但不包括對政黨依法得列報之捐贈及其他捐贈】}/(1+10%)×10%
（5）交際費（查準80）
◎取具合法憑證，經查明與業務有關者，准予認列。但不得超過所得稅法第37條規定之限額。（普通申報與簽證、藍色申報案件之限額有別）
◎外銷特別交際費，以「外銷收入」2﹪範圍內提列；惟間接外銷因無法取得外匯收入故不得併計；預收外匯款應於實際銷貨年度轉列營收時列計。
◎大額交際費支出，應請保留支出事實及必要之證據供查核。
◎營利事業登記營業種類列有投資項目者，買賣短期票券之利息收入，因已分離課稅，准併入營業收入總額，計算交際費及職工福利列支限額，但投資收益全數免計得額部分，因實質免稅，則不應併計。（財政部78.2.10台財781139831號及83.11.23台財稅831620897號）
（6）職工福利（查準81）
◎已成立職工福利委員會者，准提撥職工福利金，但以實際撥付始准認列。惟按每月營收計提者，最後一個月准以應付費用列帳。
a.創立實收資本額或增資資本額5﹪限度內一次提撥，每年攤列費用不得超過20﹪。
b.每月營業收入總額0.05﹪至0.15﹪。
c.下腳（不包括副產品及不堪使用之固定資產）變價收入20﹪至40﹪。
◎未成立職工福利委員會者，得在前述b.c.限度內實際列支。
◎醫藥費、制服費、體育活動費，可不列前款限額內核實列支。
◎已成立職工福利委員會並依法提撥福利金者，其舉辦職工旅遊、摸彩等文康活動費用，應先在福利金列支，惟如超過當年度福利金總額50﹪時，其超過部分，如確由營利事業負擔者，方可以其他費用科目列支。又福利會將福利金以三節獎金方式發放予全體員工，該項三節獎金與其他由福利金動支之現金補助合計，如未超過當年度福利金總收入30﹪（編者註：93年7月22日起已修正為40﹪）者，准予認列。
◎職工福利委員會發給員工之獎品、禮品、及救助員工災害補助費等，以提撥之福利金發放者，受領員工應列入其他所得申報課稅；惟其中屬員工歷年自薪資提繳部分發給者，因係領回提繳薪資，應免予再計徵所得稅。（69.9.16台財稅37749號）
（7）伙食費（查準88）
◎營利事業實際供給膳食或按月定額發給員工伙食代金，在下列標準範圍內，免視為員工之薪資所得。其超過部分，如屬按月定額發給員工伙食代金者，應轉列員工之薪資所得；如屬實際供給膳食者，除已自行轉列員工薪資所得者外，不予認定。
◎一般營利事業列支標準：職工每人每月伙食費，包括加班誤餐費，最高以新臺幣1,800元為限。
（8）呆帳損失（所49、所細47、查準94）
◎提列備抵呆帳，以應收帳款及應收票據為限，不包括己貼現之票據。但該票據到期不獲兌現經執票人依法行使追索權而由該營利事業付款時，得視實際情形提列備抵呆帳或以呆帳損失列支。
◎提列呆帳準備之限度：備抵呆帳餘額，最高不得超過應收帳款及應收票據餘額之１﹪。
◎非本期營業收入之應收款項不得提列備抵呆帳：
例：（a）按毛利百分比法或差價攤計法及普通銷貨法計算當期損益之分期付款銷貨應收帳款或未實現應收差價。（所細47、查準94四）
（b）預售房屋之應收款項。
◎應收帳款及應收票據轉列為實際壞帳損失後再收回時，應列為收回年度之收益。（所49六）。營利事業歇業或解散時，其帳上累計未沖銷之備抵呆帳餘額，並應轉列為其他收益課稅。
◎已提列備抵呆帳者，實際發生呆帳損失，應於發生年度沖抵備抵呆帳，如有不足，得列為當年度損失。
◎實際發生呆帳之認定：
(a)因倒閉、逃匿、和解或破產之宣告，或其他原因致債權之一部或全部不能收回。
(b)債權中有逾2年經催收後，未經收取本金或利息。
（9）折舊超限（查準95）
◎新購乘人小客車提列折舊之實際成本，以150萬元為限，自93年1月1日起新購置者，以不超過新台幣250萬元為限，超過部份之折舊額不予認定。前項小客車嗣後出售時，其損益之計算，仍應以依所得稅法規定正常折舊方法計算之未折減餘額為基礎。（查準95十四）
◎經營小客車租賃業務之營利事業，自88年1月1日起新購置營業用小客車者，其提列折舊之實際成本以不超過新台幣350萬元為限；93年1月1日新購置營業用小客車者，其提列折舊之實際成本以不超過新台幣500萬元為限，其超提之折舊額不予認定。（查準95十五）
（二）、各類給付所得涉扣繳申報問題（申報書第9頁、所88、89）
如執行業務報酬、租金、權利金、佣金（在境外提供勞務之外銷佣金除外）、競技競賽及機會中獎獎金、退職所得及利息等。
（三）、常有爭議科目：佣金支出、呆帳損失、外銷損失等
１、佣金支出（查準92）
◎給付佣金，除對方已開立統一發票得免扣繳所得稅外，國內居住者按10﹪扣繳，非居住者按20﹪扣繳。
◎支付國外佣金，應與代理商或經銷商簽訂合約，或足以證明確屬必要支付國外廠商之往來函件或電報等文件，並約定支付金額標準。
◎佣金支付對象為公司股東時，除能提示轉付證明及代理或代銷合約，經查明屬實准認列外；認定為公司假藉支付佣金名義變相分配盈餘，除支付之佣金不予認定外，追認受款股東個人所得，併課綜合所得稅。（財政部67.4.4台財稅第32186號）
◎列報佣金支出顯有異常或達相當標準，或經審查人員認為有查證之必要者，稽徵機關將支付佣金明細資料通報受款人所在地稽徵機關進行查證。
◎外銷佣金超過出口貨物價款5﹪，經依規定取得有關憑證，提出正當理由及證明文據並查核相符者，准予認定。又在台以新台幣支付國外佣金者，應在不超過出口貨物價款3﹪範圍內取具國外代理商或代銷商名義出具之收據為憑予以認定，其超過3﹪者，如另能提供國外代理商或代銷商確已收到新台幣款項或存入其帳戶之證明及其他相關證明文件時，准予認定。
◎支付國外佣金以下列對象為受款人者，不予認定：
a.出口廠商或其員工。
b.國外經銷商。
c.直接向出口廠商進貨之國外其他廠商，但代理商或代銷商不在此限。
◎財產保險業及人身保險業，支付非經取得目的事業主管機關核發執業證書之經紀人佣金，或代理人之代理費，不予認定。
２、外銷損失（查準94之1）
◎營利事業經營外銷業務，因解除或變更買賣契約，致發生損失或減少收入或因違約而給付之賠償，或因不可抗力而遭受之意外損失，或因運輸途中發生損失，經查明屬實者，應予認定。其不應由該營利事業本身負擔，或受有保險賠償部分，不得列為損失。
◎外銷損失之認定，應檢附：
a.買賣契約書（應有購貨條件及損失歸屬之認定）。
b.國外進口商索賠文件。
c.國外公證機構或檢驗機構或財政部認可之機構所出具之證明文件。
d.賠償證明文件。（外匯主管機關核准文件、結匯文件、貿易主管機關核准文件…….等）
e.外匯損失每筆金額在新台幣50萬元以下，得免附國外公證或檢驗機構出具之證明文件。
３、呆帳損失（所49、查準94）詳前項（8）
（四）、非營業收入及損失
１、兌換盈益及虧損（查準29、98）
◎兌換盈益（虧損）以實際發生之收益（損失）為準認列；其僅係因匯率調整而發生之帳面差額，免列為當年度之收益。但其利用此項帳面增值轉作增資者，仍應併計其辦理增資年度之損益，予以課徵所得稅。
◎營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益（損失），應列為當年度兌換盈益（虧損），免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
２、投資收益及損失（查準30、99）
◎非以有價證券買賣為專業者，於證券交易所得停徵期間證券交易所得免計入所得課稅，但如有損失亦不予認列（所4之1）。出售外國政府或公司發行之有價證券所取得之收益，應與國內之營利事業所得合併申報課稅，不適用停徵之規定。（財政部83.1.12台財稅第821506281號函）
◎投資於未發行股票公司之股份、股單轉讓所得，屬財產交易所得，仍應合併課稅。（６７台財稅第38498號函）
◎短期票券利息所得採分離課稅，就源扣繳後，不再合併申報。（所24一）
◎投資收益，以被投資公司股東同意或股東大會決議之分配數為準，並以同意或決議分配股息紅利時，為權責發生之年度，但公開發行公司，以經主管機關核准除權基準日之年度，為權責發生年度。（查準30二）
◎倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。（查準30一）
◎利率期貨交易所得及損失列報問題。（財政部92.12.31台財稅字第0920456608號令）
◎投資損失以實現者為限，其所投資事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認列。
◎投資損失應有所投資事業之減資或清算證明文件。其因減資者，以主管機關核准之日或股東會決議減資之基準日（無需核准者）為準。
◎公司為配合政府政策，進行國外投資，並經目的事業主管機關核准者，得於投資款匯出年度，按國外投資總額20%範圍內提列國外投資損失準備，適用國外投資損失準備之公司其國外投資總股權必須占該國外投資事業20%以上者為限，且自提列年度起5年內若無實際投資損失發生時，應將提列之準備轉作第5年度收益處理。
３、利息收入及支出（查準36之1、97）
◎利息收入及期末應收利息之合理計算列報（查準106）：申報利息收入若與扣繳憑單給付金額有異，應將本期與上期之應收、預收金額調節說明於申報書第9頁。
◎帳列鉅額之現金餘額或銀行存款餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
◎下列利息應予認列：申請延期申報之利息；超限加計之利息；行政救濟補徵之利息。
◎以個人名義借款轉貸公司，該支付個人之利息，如取得個人收據並依法扣繳，可核實認定。
◎向金融業以外之借款利息，超過規定最高標準利率，不予認定。
◎借款購置固定資產、機器、設備等之利息資本化
a.應計息資本化之資產種類：包括土地、房屋、及固定資產耐用年數表所列各項機器設備、各項資產、器具等。
b.計息資本化之金額：
＊出價取得者：指取得價格，包括購價及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必要費用。
＊自行建造者：包括自設計製造、建築，以至適於營業上使用而支付之一切必要工料及費用。
c.計息資本化之期間：
始自購建資產之現金支出、交付非現金資產、或承擔應支付利息債務，己經發生，且正在進行使該資產達到可供使用狀態之必要工作；終於取得該項資產所有權（外購），該項資產實際完工日（自建）或該項資產實際開始使用之日。(所稱取得，在土地係指辦妥所有權登記之日或實際受領之日)
d.計息資本化之計算：
＊利率：
專案借款利率
加權平圴利率：資金來源若為未指定用途，或資金來源無法明確劃分，及專案借款金額不足支應部份，均應依加權平均利率計算。
＊資本化之利息金額：
適用利率×積數
資本化之利息以全年實際應負擔之利息支出為限。
同時購建多項資產，按積數比例分攤。
e.分期付款購置設備之利息支出，或分期付款價格與現購價格之差額，應併入該項資產之實際成本，但因購置設備向金融事業貨款於取得該項資產後所支付之利息，得以費用列支。
４、災害損失（查準102）
◎凡遭受地震、風災、水災、旱災、蟲災及戰禍等不可抗力之災害損失，受有保險賠償部分，不得列為費用或損失。
◎前項災害損失，除船舶海難、空難事件，事實發生在海外，勘察困難，應憑主管官署或海事報告及保險公司出具之證明處理外。應於事實發生後之次日起15日內，檢具清單及證明文件報請該管稽徵機關派員勘查，憑以核認損失。
如有特殊情形，不能於上述規定期間內辦理者，得於該期間屆滿前申請延期。但延長之期限最長不得超過15日，並以一次為限。
５、其他費用其損失（查準103）
五、資產負債表：
（一）、負債不實相對資產之查核
◎帳列鉅額之借款或應付帳款卻無相對固定資產、存貨增加，若現金餘額或銀行存款巨大餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
（二）、長短期投資及股利
◎非以有價證券買賣為專業者，於證券交易所得停徵期間證券交易所得免計入所得課稅，但如有損失亦不予認列（所4之1）。出售外國政府或公司發行之有價證券所取得之收益，應與國內之營利事業所得合併申報課稅，不適用停徵之規定。（財政部83.1.12台財稅第821506281號函）
◎投資於未發行股票公司之股份、股單轉讓所得，屬財產交易所得，仍應合併課稅。（６７台財稅第38498號函）
◎短期票券利息所得採分離課稅，就源扣繳後，不再合併申報。（所24一）
◎投資收益，以被投資公司股東同意或股東大會決議之分配數為準，並以同意或決議分配股息紅利時，為權責發生之年度，但公開發行公司，以經主管機關核准除權基準日之年度，為權責發生年度。（查準30二）
◎倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。（查準30一）
（三）、鉅額現金、存款與相對負債，利息收入與費用之關係
◎帳列鉅額之現金餘額或銀行存款餘額，顯係股東或他人挪用，應計列利息收入；又如同時列報借款利息支出，對於相當於該現金或存款部份計算之相對利息支出不予認列。（查準36之1、97十一）
（四）、存貨、暫〔預〕付款、應收款、股東往來真實性與資金成本之關係
◎存貨數量之檢查，應與進、銷、存各有關帳簿、憑證、文據詳細核對。
◎帳表所載存貨經盤點不符者，應注意其原因，及有無虛增減成本或隱匿收入。
◎預付或暫付設備或工程款之相當借款利息，應列為資本支出。（查準97七、八、十六）
◎預付或暫付款科目，期末雖無餘額，仍應就期中暫付預付金額及其期間計算積數，比照前項有關規定辦理。
◎預付利息、預付租金、預付保險費‧‧‧等，均應按其受益期間比例換算；其屬跨年度部份，並應依比例轉列預付費用。
◎所謂應收帳款、應收票據及各項債權，均應有合法完備之會計紀錄，載明其債權之來源，以供主管稽徵機關之稽核。（行政法院６１判549）
◎有否藉股東往來掩護短漏銷貨收入。（查準108）
◎公司資金貸放股東使用者，應依當年度所適用臺灣銀行之基本放款利率設算利息收入。但如係遭侵佔，且已依法提起訴訟者，不予計算利息收入課稅。（查準36之1）
◎有否以股東往來為過渡科目，及相關科目之沖轉而變相分配盈餘。
（五）、固定資產、負債增減變動真實性，其出售損益及利息情形
◎資產之取得、資金來源、入帳基礎、財產目錄。
◎資產之所有權、是否提供擔保質押？資產用途及有否收益產生？
◎資產增減變動及相關損益。
◎折舊及資產重估價。
◎分期付款、融資租賃、專案貨款與利息資本化。
◎未完工程之結轉。
◎遞延資產之認定及攤提。
六、所得稅法第39條有關前期虧損扣除之規定：公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或委託合格之稅務代理人簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關查帳核定之前5年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。（所39）
◎短漏報情節輕微者仍可適用盈虧互抵規定（財政部83.7.13台財稅第831601175及831601183號函）
◎合併或分割後消滅公司之決算虧損得由存續或新設公司依比例扣除（財政部92.8.13台財稅字第0920454432號令）
◎帳證簿據完備要件（財政部52.11.22台財稅發第8210號令）、準則3~14條
七、免計入所得課稅
◎依所得稅法第４２條規定百分之百免計入所得之股利收入。
◎依獎勵投資條例第１３條規定取得之新發行記名股票。(緩課)
◎依公債條例免徵所得之利息。
◎已扣繳之短期票券利息
八、減免所得稅之所得額
◎出售土地所得（所4條16款）
◎出售證券期貨所得或損失（所4之1、之2）
◎促產、獎參等之免稅所得
九、營所稅稅額計算及稅率級距（所71、5）
十、所得稅法第66條之9有關未分配盈餘計算加徵之規定（查準111之1相關還原減除項目）
十一、所得稅法第66條之3、4、5扣抵稅額計入、減除以及可扣抵比率計算之規定；所得稅法第114條之2有關超額分配之規定
輔助教材：94年度營利事業所得稅結算暨未分配盈餘申報書、營利事業所得稅查核準則、所得稅法、原物料超耗計算範例
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