營利事業所得稅查核準則於五十五年訂定發布後，配合所得稅法之修正及稽徵作業需要歷經十六次修正，最近一次修正，係於九十四年十二月三十日發布。茲為配合所得稅法、商業會計法、政治獻金法、私立學校法、不動產估價師法等相關法規之修正，使稽徵實務切合實際並配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，爰擬具「營利事業所得稅查核準則」部分條文修正草案，修正三十八條、刪除三條，共修正四十一條，修正要點如下：
一、配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，修正相關規定：
商品、原料、物料、在製品因故報廢者，或生鮮農、魚類等過期或變質後無法久存者，可依會計師查核簽證報告核實認定損失，免除應報經核准或報請備查之程序；延長商品盤損、商品報廢及災害損失之報備期限至三十日。（修正條文第一百零一條、第一百零一條之一、第一百零二條）
二、配合相關法規之制定、修正、司法院解釋及財政部發布之解釋令，修正相關規定：
(一) 增列所得基本稅額條例為調查及審核營利事業所得稅之查核依據。（修正條文第二條）
(二) 配合相關法規修正相關文字或酌作文字修正。（修正條文第九條、第十二條、第二十二條、第三十八條之一、第四十五條至第五十三條、第五十五條）
(三) 配合商業會計法第五十九條及財務會計準則公報第三十二號規定，修正營利事業分期付款銷貨收入及呆帳損失之認列規定。（修正條文第十六條、第九十四條）
(四) 配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法已刪除第一百零五條，刪除營利事業未依規定給與、取得或保存憑證應依所得稅法第一百零五條第三項處罰之規定。（修正條文第二十六條）
(五) 配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益，爰刪除未分配盈餘計算之相關規定。（修正條文第三十條、第一百十一條之一、第一百十四條）
(六) 配合商業會計法第四十二條，修正資產交換成本及其損益之入帳基礎。（修正條文第三十二條、第一百條）
(七) 配合司法院釋字第六五０號解釋意旨，刪除設算利息收入之課稅規定。（修正條文第三十六條之一）
(八) 配合九十七年一月二日修正公布所得稅法第三十三條規定，修正職工退休金費用認列之相關規定。（修正條文第七十一條）
(九) 承租人於租地上自費建屋並將房屋登記為出租人所有，得依建物之營建總成本，按租賃期間平均計算各年度租金支出之規定。（修正條文第七十二條）
(十) 營利事業依政治獻金法及私立學校法，對政黨、政治團體及擬參選人及私立學校捐贈之認列規定。（修正條文第七十九條）
(十一) 配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第五十一條及第五十四條規定，修正固定資產提列折舊及估算殘價之相關規定，並刪除折舊方法之報備規定。（修正條文第九十五條）
(十二) 配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第六十四條有關營利事業因設立發生之必要支出，均作為當期費用之規定，刪除開辦費之攤提規定，並規定修法前尚未攤提之開辦費餘額處理規定。（修正條文第九十六條）
(十三) 營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾二年而尚未給付者，應轉列其他收入之規定，所得稅法施行細則第八十二條已有規範，爰予刪除。（修正條文第一百零八條之一）
(十四) 配合九十七年七月十五日修正發布營利事業資產重估價辦法第三十六條規定，營利事業已辦理資產重估之資產，其未實現重估增值應於資產轉讓、滅失或報廢時轉列為營業外收入或損益。（修正條文第一百零九條）
三、為減少爭議及簡化稽徵，修正相關規定：
(一) 有關稅務會計之兌換損益應以實際發生為準，爰刪除利用匯率調整而發生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定。（修正條文第二十九條）
(二) 配合國際化公司為有效率管理各分支機構，多有設置區域總部管理之趨勢，爰增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算之規定。（修正條文第七十條）
(三) 配合九十七年一月一日開始實施員工分紅費用化，員工分紅得列為營利事業之薪資費用。（修正條文第七十一條）
(四) 乘坐飛機、高速鐵路及大眾捷運系統之旅費列支證明文據。（修正條文第七十四條）
(五) 基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高修繕或購置固定資產可列為當年度費用之支出金額為新臺幣八萬元。（修正條文第七十七條之一）
(六) 因應營利事業多樣化之經營模式，其促銷方式及樣態日新月異，採概括式規定其他具有廣告性質之各項費用得以廣告費列支。（修正條文第七十八條）
(七) 為利稽徵查核並避免爭議，被投資事業減資彌補虧損、合併或破產得以被投資事業減資、合併或破產證明文件認定投資損失，其屬國外投資損失應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明文件，以資明確。（修正條文第九十九條）
(八) 為利徵納雙方遵循，本準則第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款修正條文，於本準則修正施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，均可一體適用。（修正條文第一百十六條）
營利事業所得稅查核準則部分條文修正草案條文對照表
【修正條文】
第二條
營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。
【現行條文】
第二條
營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點之規定辦理。
【說明】
一、第一項配合九十五年一月一日施行之所得基本稅額條例，修正增訂查核依據，以資明確。
二、營利事業辦理所得稅結算申報時，應依據稅法及相關法令調整之法律依據尚無法逐一列舉，爰修正第二項，保留主要參據之法規，並刪除中小企業發展條例及企業併購法，以資簡化。
三、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第八十條第三項規定，修正第三項相關規定。
【修正條文】
第九條
帳冊之記載與憑證不符，致生短報所得額之情事者，除本準則另有規定外，依所得稅法第一百十條規定辦理。
【現行條文】
第九條
帳冊之記載與憑證不符，致生短報所得額之情事者，除本準則別有規定外，依所得稅法第一百十條規定辦理。
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第十二條
對外會計事項，應取得外來憑證或給與他人憑證；其應取得外來憑證者，除第六十八條、第七十四條第三款第二目之3及之4、第七十八條第二款第六目、第八目及第九目、第七十九條第二款第一目、第八十條第四款第二目及第三目、第八十八條第三款第二目規定，得以內部憑證認定者外，不得以內部憑證代替；其以內部憑證代替者，應不予認定。
【現行條文】
第十二條
對外會計事項，應取得外來憑證或給與他人憑證；其應取得外來憑證者，除第六十八條、第七十四條第三款第二目第三小目及第四小目、第七十八條第二款第六目、第八目及第九目、第七十九條第二款第一目、第八十條第四款第二目及第三目、第八十八條第三款第二目規定，得以內部憑證認定者外，不得以內部憑證代替；其以內部憑證代替者，應不予認定。
【說明】
配合中央法規標準法第八條規定修正相關文字。
【修正條文】
第十六條
營利事業分期付款之銷貨，其當期損益得依下列方法擇一計算：
一、全部毛利法：依出售年度內全部銷貨金額，減除銷貨成本（包括分期付款貨品之全部成本）後，計算之。
二、毛利百分比法：依出售年度約載分期付款之銷貨價格及成本，計算分期付款銷貨毛利率，以後各期收取之分期價款，並按此項比率計算其利益及應攤計之成本。其分期付款銷貨利益並得按下列公式計算：
分期付款銷貨本年度收款總額
分期付款銷貨未實現毛利年初餘額＋本年度分期付款銷貨毛利
×───────
分期付款銷貨應收帳款年初餘款＋本年度分期付款銷貨總額
毛利百分比法之採用，以分期付款期限在十三個月以上者為限。
三、普通銷貨法：除依現銷價格及成本，核計其當年度損益外，其約載分期付款售價高於現銷價格部分，為未實現之利息收入，嗣後分期按利息法認列利息收入。
前項各種計算損益方法既經採用，在本期內不得變更。相同種類產品同期分期付款銷貨損益均應採用同一計算方式。不同種類產品，得依規定分別採用不同之計算方法，但全期均應就其擇定之同一方法計算其分期付款銷貨之損益，不得中途變更。
前項分期付款銷貨在本期收回之帳款利益，應按前期銷貨時原採公式計算，不得變更其計算方法。
【現行條文】
第十六條
營利事業分期付款之銷貨，其當期損益之計算，得依左列方法擇一計算之：
一、全部毛利法：依出售年度內全部銷貨金額，減除銷貨成本（包括分期付款貨品之全部成本）後，計算之。
二、毛利百分比法：依出售年度約載分期付款之銷貨價格及成本，計算分期付款銷貨毛利率，以後各期收取之分期價款，並按此項比率計算其利益及應攤計之成本。其分期付款銷貨利益並得按左列公式計算：
分期付款銷貨本年度收款總額
分期付款銷貨未實現毛利年初餘額＋本年度分期付款銷貨毛利
×───────
分期付款銷貨應收帳款年初餘款＋本年度分期付款銷貨總額
毛利百分比法之採用，以分期付款期限在十三個月以上者為限。
三、差價攤計法：該項分期付款之銷貨，除仍依現銷價格及成本，核定其當年度損益外，其約載分期付款售價與現銷價格之「差額」為未實現之利益，應於以後各期價款陸續收到後，依下列公式計算該項差價利益，列為當年度收益：
當年度已收各期分期付款總額
約定分期付款售價－現銷價格
×───────
約定分期付期售價
＝當年度應列計差價收益
四、普通銷貨法：除依現銷價格及成本，核計其當年度損益外，其約載分期付款售 價高於現銷價格部分，為未實現之利息收入，嗣後分期按利息法認列利息收入。
前項各種計算損益方法既經採用，在本期內不得變更。相同種類產品同期分期付款銷貨損益均應採用同一計算方式。不同種類產品，得依規定分別採用不同之計算方法，但全期均應就其擇定之同一方法計算其分期付款銷貨之損益，不得中途變更。
前項分期付款銷貨在本期收回之帳款利益，應按前期銷貨時原採公式計算，不得變更其計算方法。
【說明】
一、依商業會計法第五十九條規定，分期付款銷貨收入得視其性質按毛利百分比法攤算計入；另財務會計準則公報第三十二號規定，分期付款採普通銷貨法；且實務上分期付款銷貨收入已無採差價攤計法計算損益者，爰刪除第一項第三款差價攤計法之規定，以符實際。原第四款並移列為第三款。
二、第二項及第三項未修正。
【修正條文】
第二十二條
銷貨價格顯較時價為低者，依下列規定辦理：
一、銷貨與關係企業以外之非小規模營利事業，經查明其銷貨價格與進貨廠商列報成本或費用之金額相符者，應予認定。
二、銷貨與小規模營利事業或非營利事業者，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其銷售價格。
第一項所稱時價，應參酌下列資料認定之：
一、報章雜誌所載市場價格。
二、各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
三、時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
四、進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
汽車貨運業出租遊覽車之運費收入得比照前項規定之原則查核。
【現行條文】
第二十二條
銷貨價格顯較時價為低者，依下列辦法辦理：
一、銷貨與關係企業以外之非小規模營利事業，經查明其銷貨價格與進貨廠商列報成本或費用之金額相符者，應予認定。
二、銷貨與小規模營利事業或非營利事業者，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其銷售價格。
第一項所稱時價，應參酌下列資料認定之：
一、報章雜誌所載市場價格。
二、各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
三、時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
四、進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
汽車貨運業出租遊覽車之運費收入得比照前項規定之原則查核。
【說明】
第一項序文酌作修正；餘未修正。
【修正條文】
第二十六條
營利事業委託其他營利事業買賣貨物，應由雙方書立合約，並將買賣客戶姓名、地址、貨物名稱、種類、數量、成交價格、日期及佣金等詳細記帳及保存有關文據，憑以認定之。未依上開規定辦理者，如其帳載內容及其他有力證據足以證明其確有委託關係存在者，仍應憑其合約及有關帳載據核實認定。
營利事業委託或受託代銷貨物，未依前項規定辦理，且無法證明其確有委託關係存在者，應分別認定為自銷或自購，除其未依規定給與，取得或保存憑證，應依稅捐稽徵法第四十四條規定處罰外，並應分別就委託代銷金額及代銷收入金額適用同業利潤標準之淨利率，核計委託事業及受託代銷事業按自銷自購認定之所得額，但該項核定所得額低於帳載委託代銷收益或代銷佣金收入時，仍以帳載數額為準。
代客買賣貨物開立之統一發票或收據，所載買進或賣出之價格，如經查核不實，顯屬幫助他人逃稅有據者，除應依稅捐稽徵法第四十三條規定辦理外，其本身倘涉有逃漏所得額情事者，並應依所得稅法第一百十條規定處罰。
【現行條文】
第二十六條
營利事業委託其他營利事業買賣貨物，應由雙方書立合約，並將買賣客戶姓名、地址、貨物名稱、種類、數量、成交價格、日期及佣金等詳細記帳及保存有關文據，憑以認定之。未依上開規定辦理者，如其帳載內容及其他有力證據足以證明其確有委託關係存在者，仍應憑其合約及有關帳載據核實認定。
營利事業委託或受託代銷貨物，未依前項規定辦理，且無法證明其確有委託關係存在者，應分別認定為自銷或自購，除其未依規定給與，取得或保存憑證，應依稅捐稽徵法第四十四條及所得稅法第一百零五條第三項規定處罰外，並應分別就委託代銷金額及代銷收入金額適用同業利潤標準之純益率，核計委託事業及受託代銷事業按自銷自購認定之所得額，但該項核定所得額低於帳載委託代銷收益或代銷佣金收入時，仍以帳載數額為準。
代客買賣貨物開立之統一發票或收據，所載買進或賣出之價格，如經查核不確，顯屬幫助他人逃稅有據者，除應依稅捐稽徵法第四十三條之規定辦理外，其本身倘涉有逃漏所得額情事者，並應依所得稅法第一百十條規定處罰。
【說明】
一、第一項未修正。
二、九十五年五月三十日修正公布所得稅法，已刪除第一百零五條規定，爰刪除第二項相關規定，並酌作文字修正，以資明確。
三、第三項，酌作文字修正。
【修正條文】
第二十九條 兌換盈益：
一、兌換盈益應以實現者列為收益，其僅係因匯率調整而產生之帳面差額，免列為當年度之收益。
二、兌換盈益應有明細計算表以資核對。有關兌換盈虧之計算，得以先進先出法或移動平均法之方式處理。
三、營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益，應列為當年度兌換盈益，免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
【現行條文】
第二十九條
兌換盈益以實際發生之收益為準認列；其僅係因匯率調整而發生之帳面差額，免列為當年度之收益。但其利用此項帳面增值轉作增資者，仍應併計其辦理增資年度之損益，予以課徵所得稅。
營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益，應列為當年度兌換盈益，免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
【說明】
一、兌換盈益應以實現者為準認列，爰刪除第一項但書利用匯率調整而產生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定，並參照本準則第九十八條體例，將第一項改為第一款。
二、配合本準則第九十八條規定，增訂第二款對稱性規範，以資明確。
三、第三項修正為第三款。
【修正條文】
第三十條 投資收益：
一、營利事業投資於其他公司，倘被投資公司當年度經股東同意或股東會決議不分配盈餘時，得免列投資收益。
二、營利事業投資於其他公司，其投資收益，應以經被投資公司股東同意或股東會決議之分配數為準，並以被投資公司所訂分派股息及紅利基準日之年度，為權責發生年度；其未訂分派股息及紅利基準日或其所訂分派股息及紅利基準日不明確者，以同意分配股息紅利之被投資公司股東同意日或股東會決議日之年度，為權責發生年度。
三、前二款投資收益，如屬公司投資於國內其他營利事業者，其自中華民國八十七年一月一日起所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額。
四、股份有限公司之營利事業將下列超過票面金額發行股票所得之溢額，作為資本公積時，免予計入所得額課稅：
（一）以超過面額發行普通股或特別股溢價。
（二）公司因企業合併而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
（三）庫藏股票交易溢價。
（四）轉換公司債相關之應付利息補償金，於約定賣回期間屆滿日可換得普通股市價高於約定賣回價格時轉列之金額。
（五）因認股權證行使所得股本發行價格超過面額部分。
（六）特別股或公司債轉換為普通股，原發行價格或帳面價值大於所轉換普通股面額之差額。
（七）附認股權公司債行使普通股認股權證分攤之價值。
（八）特別股收回價格低於發行價格之差額。
（九）認股權證逾期未行使而將其帳面餘額轉列者。
（十）因股東逾期未繳足股款而沒收之已繳股款。
（十一）公司因企業分割而發行股票取得他公司營業或資產淨值所產生之股本溢價。
（十二）公司因股份轉換而發行股票取得他公司股份或股權所產生之股本溢價。
【現行條文】
第三十條 投資收益：
一、營利事業投資於其他公司，倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。
二、營利事業投資於其他公司，其投資收益，應以經被投資公司股東大會同意或決議之分配數為準，並以被投資公司所訂除權或除息基準日之年度，為權責發生年度；其未訂除權、除息基準日或其所訂除權、除息基準日不明確者，以同意分配股息紅利之被投資公司股東會決議日之年度，為權責發生年度。
三、前二款投資收益，如屬公司投資於國內其他營利事業者，其自八十七年一月一日起所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額，但應計入當年度未分配盈餘；如屬取得符合八十八年十二月三十一日修正前促進產業升級條例第十六條、第十七條規定之新發行記名股票者，不計入取得及轉讓年度所得額，但應計入取得年度未分配盈餘；其於八十六年十二月三十一日以前獲配，但於八十七年一月一日以後轉讓者，不計入轉讓年度之所得額及未分配盈餘。
四、股份有限公司之營利事業將下列超過票面金額發行股票所得之溢額，作為資本公積時，免予計入所得額課稅：
（一）以超過面額發行普通股或特別股溢價。
（二）公司因企業合併而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
（三）庫藏股票交易溢價。
（四）轉換公司債相關之應付利息補償金，於約定賣回期間屆滿日可換得普通股市價高於約定賣回價格時轉列之金額。
（五）因認股權證行使所得股本發行價格超過面額部分。
（六）特別股或公司債轉換為普通股，原發行價格或帳面價值大於所轉換普通股面額之差額。
（七）附認股權公司債行使普通股認股權證分攤之價值。
（八）特別股收回價格低於發行價格之差額。
（九）認股權證逾期未行使而將其帳面餘額轉列者。
（十）因股東逾期未繳足股款而沒收之已繳股款。
（十一）公司因企業分割而發行股票取得他公司營業或資產淨值所產生之股本溢價。
（十二）公司因股份轉換而發行股票取得他公司股份或股權所產生之股本溢價。
【說明】
一、第一款及第二款，配合公司法酌作文字修正。
二、配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益。鑑於營利事業未分配盈餘之計算，應依上揭規定辦理，爰刪除第三款有關未分配盈餘計算之相關規定，以資明確，並配合法制作業規定，酌作文字修正。
三、 第四款未修正。
【修正條文】
第三十二條 出售或交換資產利益：
一、出售資產之售價，大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅。但出售土地及依政府規定為儲備戰備物資而處理財產之增益，免納所得稅；如有損失，應自該項增益項下減除。
二、資產之交換，應以時價入帳，其時價無法可靠衡量時，按換出資產之帳面價值加支付之現金，或減去收到現金，作為換入資產成本入帳，並認列其資產交換利益。
三、自中華民國七十五年一月一日起，營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋或自行以土地及房屋合併銷售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款經查明顯較時價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格占土地公告現值及房屋評定標準價格總額之比例計算。上述所稱房屋款之時價，應參酌下列資料認定之：
（一）第二十二條第三項規定之時價參考資料。
（二）不動產估價師之估價資料。
（三）銀行貸款評定之房屋款價格。
（四）臨近地區政府機關或大建築商建造房屋之成本價格，加上同業之合理利潤估算之時價。
（五）大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價。
（六）出售房屋帳載未折減餘額估算之售價。
（七）法院拍賣或國有財產局等出售公有房地之價格。
（八）依前述各項資料查得房地總價及土地時價所計算獲得之房屋售價。
四、營利事業以應收債權、他公司股票或固定資產等作價抵充出資股款者，該資產所抵充出資股款之金額超過成本部分，應列為收益；其自中華民國九十三年一月一日起，以技術等無形資產作價抵充出資股款者，亦同。
【現行條文】
第三十二條 出售或交換資產利益：
一、出售資產之售價，大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅。但出售土地及依政府規定為儲備戰備物資而處理財產之增益，免納所得稅；如有損失，應自該項增益項下減除。
二、不同類固定資產之交換，應按時價入帳；如有交換利益，應列為收益。同類固定資產之交換，如無另收現金者，應按換出資產之帳面價值作為換入資產之成本入帳；如有另收現金者，現金部分應視為出售，按比例承認利益。
三、自七十五年一月一日起，營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋或自行以土地及房屋合併銷售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款經查明顯較時價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格占土地公告現值及房屋評定標準價格總額之比例計算。上述所稱房屋款之時價，應參酌下列資料認定之：
（一）第二十二條第三項規定之時價參考資料。
（二）不動產鑑價公司鑑價資料。
（三）銀行貸款評定之房屋款價格。
（四）臨近地區政府機關或大建築商建造房屋之成本價格，加上同業之合理利潤估算之時價。
（五）大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價。
（六）出售房屋帳載未折減餘額估算之售價。
（七）法院拍賣或國有財產局等出售公有房地之價格。
（八）依前述各項資料查得房地總價及土地時價所計算獲得之房屋售價。
四、營利事業以應收債權、他公司股票或固定資產等作價抵充出資股款者，該資產所抵充出資股款之金額超過成本部分，應列為收益；其自九十三年一月一日起，以技術等無形資產作價抵充出資股款者，亦同。
【說明】
一、第一款未修正。
二、依商業會計法第四十二條規定，資產之取得以現金以外之其他資產或承擔負債交換者，以公平價值入帳為原則。公平價值無法可靠衡量時，按換出資產之帳面金額加支付之現金，或減去收到之現金，作為換入資產成本；另公平價值於所得稅法係依據第四十六條規定之時價認定之，爰配合修正第二款，以符合實際。
三、不動產估價師法於八十九年十月四日公布施行後，內政部九十六年八月十四日台內地字第0九六0一二五七二八號函規定，不動產估價師自該法公布施行後得辦理估價業務外，有關不動產估價師法施行前已從事不動產鑑價之公司，自該法施行之日起，僅得繼續執業至九十四年十月五日止，且不動產估價師係以自然人身份出具估價報告，爰配合修正第三款第二目相關規定；同款及第四款配合法制作業規定，酌作文字修正。
【修正條文】
第三十六條之一 （刪除）
【現行條文】
第三十六條之一
公司組織之股東、董事、監察人代收公司款項，不於相當期間照繳或挪用公司款項，應按當年一月一日所適用台灣銀行之基本放款利率計算利息收入課稅。但如係遭侵占，且已依法提起訴訟者，不予計算利息收入課稅。
公司之資金貸與股東或任何他人未收取利息，或約定之利息偏低者，除屬預支職工薪資者外，比照前項規定辦理。
【說明】
一、本條刪除。
二、司法院釋字第六五Ο號解釋，本條第二項違反租稅法定主義，應自九十七年十月三十一日起失其效力，又第一項規定涉及人民繳納稅捐之客體，依上揭解釋應以法律或由法律明確授權之命令加以訂定，方符合租稅法定主義。另九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第二十四條之三業依據上開解釋意旨明定相關規定，爰予刪除。
【修正條文】
第三十八條之一
進貨價格顯較第二十二條所稱時價為高者，依下列規定辦理：
一、向關係企業以外之非小規模營利事業進貨，經查明其進貨價格與銷貨廠商列報銷貨之金額相符者，應予認定。
二、向小規模營利事業或非營利事業者進貨，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其進貨成本。
【現行條文】
第三十八條之一
進貨價格顯較第二十二條所稱之時價為高者，如能提出正當理由，仍應依帳證核定；其未能提出正當理由或證明文件者，稽徵機關應按該項時價核定其進貨成本。
【說明】
配合本準則第二十二條之規定及體例，修正相關文字，以資一致。
【修正條文】
第四十五條 進貨或進料之原始憑證如下：
一、國外進貨或進料：
（一）國外進貨或進料，應取得國外廠商之發票、海關完稅單據、各種報關提貨費用單據或其他相關證明文件；已辦理結匯者，應取得結匯文件；未辦理結匯者，應取得銀行匯付或轉付之證明文件；其運費及保險費如係由買方負擔者，並應取得運費及保險費之憑證。
（二）向科學園區、加工出口區或自由貿易港區事業進貨或進料，其應按進口貨物報關程序向海關申報者，比照前目規定辦理；其依有關規定無需報關者，比照第二款第一目規定辦理。
二、國內進貨或進料：
（一）向營利事業進貨或進料，應取得書有買受人名稱、地址及統一編號之統一發票。
（二）向公會配購或機關團體採購或標購者，應取得配售或標售者之證明文件。
（三）向農、漁民直接生產者及肩挑負販進貨或進料，應取得農、漁民直接生產者及肩挑負販書立載有姓名、住址、身分證統一編號、品名、單價、數量、金額及年月日，並經簽名或蓋章之普通收據或商用標準表單之出貨單作為原始憑證；其因無法取得該收據或出貨單者，當年度該項進貨進料價格，應按當時地同一貨品最低價格核定；其產品耗用原物料數量，並得按第五十八條第二項、第三項及第四項規定辦理。
（四）委託代購商品或原料，應取得受託商號書有抬頭之佣金及依代購貨物之實際價格開立，並註明「代購」字樣之統一發票。
（五）向舊貨商購進廢料、舊貨或羽毛者，應依規定取得統一發票或其他外來憑證，作為進貨憑證。
（六）營利事業購進雞、鴨、魚、肉等，應依規定取得統一發票或取得出售人書有姓名或名稱及地址，並經簽名或蓋章之收據。
（七）向應依法辦理營業登記而未辦理者進貨或進料，應取得書有品名、數量、單價、總價、日期、出售人姓名或名稱、地址、身分證統一編號及蓋章之收據及其通報歸戶清單（申報書）存根。
（八）聯合標購之進貨進料，應有報經稽徵機關發給之分割證明；其僅以一事業之名義代表標購者，應有報經稽徵機關核備之合約。
（九）營利事業向免用統一發票商號進貨、進料取得普通收據者，稽徵機關得根據普通收據所載進貨、進料資料，按址查對其銷售對方之銷貨是否相符，銷貨能力是否確當，核實認定；如按址查對不確而有進貨之事實者，應依所得稅法第二十七條規定核定其進貨成本，並依稅捐稽徵法第四十四條規定辦理；若按址查對不確亦無進貨之事實者，除進貨不予認定外，應按所得稅法第一百十條規定處罰。
【現行條文】
第四十五條 進貨或進料之原始憑證如下：
一、國外進貨或進料：
（一）國外進貨或進料，應取得國外廠商之發票、海關完稅單據、各種報關提貨費用單據或其他相關證明文件；已辦理結匯者，應取得結匯文件；未辦理結匯者，應取得銀行匯付或轉付之證明文件；其運費及保險費如係由買方負擔者，並應取得運費及保險費之憑證。
（二）向科學園區、加工出口區或自由貿易港區事業進貨或進料，其應按進口貨物報關程序向海關申報者，比照前目規定辦理；其依有關規定無需報關者，比照第二款第一目規定辦理。
二、國內進貨或進料：
（一）向營利事業進貨或進料，應取得書有買受人名稱、地址及統一編號之統一發票。
（二）向公會配購或機關團體採購或標購者，應取得配售或標售者之證明文件。
（三）向農、漁民直接生產者及肩挑負販進貨或進料，應取得農、漁民直接生產者及肩挑負販書立載有姓名、住址、身分證統一編號、品名、單價、數量、金額及年月日，並經簽名或蓋章之普通收據或商用標準表單之出貨單作為原始憑證；其因無法取得該收據或出貨單者，當年度該項進貨進料價格，應按當時地同一貨品最低價格核定；其產品耗用原物料數量，並得按第五十八條第二項、第三項及第四項規定辦理。
（四）委託代購商品或原料，應取得受託商號書有抬頭之佣金及依代購貨物之實際價格開立，並註明「代購」字樣之統一發票。
（五）向舊貨商購進廢料、舊貨或羽毛者，應依規定取得統一發票或其他外來憑證，作為進貨憑證。
（六）營利事業購進雞、鴨、魚、肉等，應依規定取得統一發票或取得出售人書有姓名或名稱及地址，並經簽名或蓋章之收據。
（七）向應依法辦理營利事業登記而未辦理者進貨或進料，應取得書有品名、數量、單價、總價、日期、出售人姓名或名稱、地址、身分證統一編號及蓋章之收據及其通報歸戶清單（申報書）存根。
（八）聯合標購之進貨進料，應有報經稽徵機關發給之分割證明；其僅以一事業之名義代表標購者，應有報經稽徵機關核備之合約。
（九）營利事業向免用統一發票商號進貨、進料取得普通收據者，稽徵機關得根據普通收據所載進貨、進料資料，按址查對其銷售對方之銷貨是否相符，銷貨能力是否確當，核實認定；如按址查對不確而有進貨之事實者，應依所得稅法第二十七條之規定核定其進貨成本，並依稅捐稽徵法第四十四條之規定辦理；若按址查對不確亦無進貨之事實者，除進貨不予認定外，應按所得稅法第一百十條之規定處罰。
【說明】
一、第一款未修正。
二、第二款第七目，配合營業登記規則作文字修正；同款第九目，酌作文字修正。
【修正條文】
第二節 期初存貨、存貨、在製品、製成品及副產品
【現行條文】
第二節 期初存貨、存貨、在製品、製成品及副產品盤存
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第四十六條
期初存貨之貨品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之申報數量及金額，應與上年度稽徵機關核定數量及金額相符，其不符者，應予調整。但上期因耗用原料、物料等與耗用率不符，而調整之金額，不得列為次年之期初存貨。
【現行條文】
第四十六條
期初盤存之貨品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之申報數量及金額，應與上年度稽徵機關核定數量及金額相符，其不符者，應予調整。但上期因耗用原料、物料等與耗用率不符，而調整之金額，不得列為次年之期初存貨。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四十七條
上年度未依法申報，或於年度中途設帳，或雖經申報，但無法提示有關證明所得額之帳簿文據，經依查得資料或同業利潤標準核定所得額者，應通知其列報期初存貨明細表，標明各類存貨之數量、單位、原價，並註明其為成本、時價或估定價額予以核定。
【現行條文】
第四十七條
上年度未依法申報，或於年度中途設帳，或雖經申報，但無法提示有關證明所得額之帳簿文據，經依查得資料或同業利潤標準核定所得額者，應通知其列報期初盤存明細表，標明各類盤存之數量、單位、原價，並註明其為成本、市價或估定價額予以核定。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，「市價」為「時價」。
【修正條文】
第四十八條
上年度雖辦理結算申報，而未經查帳核定，其原因與貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品之價格及數量無關者，應就上年度申報之期末存貨，核定本期之期初存貨。
【現行條文】
第四十八條
上年度雖辦理結算申報，而未經查帳核定，其原因與貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品之價格及數量無關者，應就上年度申報之期末盤存，核定本期之期初盤存。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四十九條
上年度已辦理結算申報，但經查帳核定貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品，有漏匿報者，應依稽徵機關查定之結存數量、金額為本期期初存貨。
【現行條文】
第四十九條
上年度已辦理結算申報，但經查帳核定貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品，有漏匿報者，應依稽徵機關查定之結存數量、金額為本期期初盤存。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第三節 期末存貨、存料、在製品、製成品及副產品
【現行條文】
第三節 期末存貨、存料、在製品、製成品及副產品盤存
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第五十條
商品、原料、物料、在製品、製成品、副產品等存貨之估價，以實際成本為準，成本高於時價者，納稅義務人得以時價為準，其時價經查明者，存貨跌價損失應予核實認定，但以成本與時價孰低為準估價者，一經採用不得變更。成本或時價不明時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。
【現行條文】
第五十條
商品、原料、在製品、製成品、副產品等盤存之估價，以成本為準，成本高於時價者，納稅義務人得以時價為準，其時價經查明者，存貨跌價損失應予核實認定，但以成本與時價孰低為準估價者，一經採用不得變更。成本或時價不明時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十一條
前條之成本，得按存貨之種類或性質，採用個別辨認法、先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法，或其他經主管機關核定之方法計算之。
其屬按月結算其成本者，得按月加權平均計算存貨價值。
在同一會計年度內，同一種類或性質之存貨不得採用不同估價方法。採後進先出法者，不適用成本與時價孰低之估價規定。
【現行條文】
第五十一條
前條之成本，得按資產之種類或性質，採實際成本，用個別辨認法、先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法、簡單平均法，或其他經主管機關規定之方法計算之。
其屬按月結算其成本者，得按月加權平均計算存貨價值。但在同一會計年度內不得採用不同估價方法。採後進先出法者，不適用成本與時價孰低之估價規定。
第一項計算方法之採用，應於每年暫繳申報時，報請該管稽徵機關核准，其因正當理由須變換計算方法者亦同。其未經申請者，視為採用加權平均法，未經申請變更者，視同沿用原方法。
營利事業倘在前項暫繳申報期限過後始行開業者，關於商品原物料、在製品、製成品、副產品等資產，其成本估價方法之採用，應於該事業辦理當年度決算前，申請該管稽徵機關核准，其未經申請或在暫繳申報期限過後始行設帳者，應一律依所得稅法第四十四條末項規定，視為採用加權平均法。
【說明】
一、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正第一項相關文字，並刪除第三項及第四項規定。
二、第二項但書規定移列為第三項，以資明確。
【修正條文】
第五十二條
期末存貨數量，經按進貨、銷貨、原物料耗用、存貨數量核算不符，而有漏報、短報所得額情事者，依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由及證明文件，足資認定其短少數量者應予認定。
【現行條文】
第五十二條
期末盤存數量，經按進貨、銷貨、原物料耗用、存貨數量核算不符，而有漏報、短報所得額情事者，依所得稅法第一百十條之規定辦理。但如係由倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由及證明文件，足資認定其短少數量者應予認定。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十三條
期末存貨數量於必要時，經稽徵機關首長核准，得實地盤點，經盤點逆算不符，足以證明在申報年度有漏報、短報所得額者，應依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由於倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由或證明文件，並經稽徵機關查核屬實者不在此限。
【現行條文】
第五十三條
期末盤存數量於必要時，經稽徵機關首長核准，得實地盤點，經盤點逆算不符，足以證明在申報年度有漏報、短報所得額者，應依所得稅法第一百十條之規定辦理。但如係由於倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由或證明文件，並經稽徵機關查核屬實者不在此限。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十五條
成本會計制度不健全，不能提供有關各項成本紀錄，以供計算單位生產成本者，關於在製品及製成品之存貨估價，准按其完工程度核計製造成本，並依成本與時價孰低原則，計算其存貨價格。
【現行條文】
第五十五條
成本會計制度不健全，不能提供有關各項成本紀錄，以供計算單位生產成本者，關於在製品及製成品之盤存估價，准按其完工程度核計製造成本，並依成本與時價孰低原則，計算其盤存價格。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四節 製成品、耗用原料
【現行條文】
第四節 製成品、耗用原料之查核
【說明】
酌作文字修正
【修正條文】
第七十條
中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司或區域總部之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定：
一、總公司或其區域總部不對外營業而另設有營業部門，其營業部門應與各地分公司共同分攤總公司或區域總部非營業部門之管理費用。
二、總公司或其區域總部之管理費用未攤計入分公司之進貨成本、總公司或區域總部供應分公司營業所用之資金，未由分公司計付利息。
前項分攤管理費用之計算，應以總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準。但其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准，採用其他合理分攤標準。
中華民國境內之外國分公司依前二項規定，分攤國外總公司或區域總部管理費用者，應由該分公司辦理當年度所得稅結算申報時，提供國外總公司或區域總部所在地合格會計師簽證，載有國外總公司或區域總部全部營業收入及總公司或區域總部管理費用金額之國外總公司或區域總部財務報告，並經我國駐在地使領館或我國政府認許機構之簽證，或外國稅務當局之證明。但經核准採用其他分攤標準者，其所提供之國外總公司或區域總部財務報告，應另載明分攤標準內容、分攤計算方式及總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之分攤金額等資料。
中華民國境內之外國分公司，依前三項規定，所分攤之國外總公司或區域總部管理費用，不適用營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則規定。
國外總公司在中華民國境內設立之工地場所，如已依規定辦理營業登記，並依所得稅法第四十一條規定單獨設立帳簿並計算其營利事業所得額課稅者，可比照前四項規定辦理。
中華民國境內總公司或區域總部，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，準用第一項至第四項規定。
【現行條文】
第七十條
中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定：
一、總公司不對外營業而另設有營業部門，其營業部門應與各地分公司共同分攤總公司非營業部門之管理費用。
二、總公司之管理費用未攤計入分公司之進貨成本，或總公司供應分公司營業所用之資金，未由分公司計付利息。
前項分攤管理費用之計算，應以總公司所屬各營業部門與各分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準。但其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准，採用其他合理分攤標準。
中華民國境內之外國分公司依前二項規定，分攤國外總公司管理費用者，應由該分公司辦理當年度所得稅結算申報時，提供國外總公司所在地合格會計師簽證，載有國外總公司全部營業收入及總公司管理費用金額之國外總公司財務報告，並經我國駐在地使領館或我國政府認許機構之簽證，或外國稅務當局之證明。但經核准採用其他分攤標準者，其所提供之國外總公司財務報告，應另載明分攤標準內容、分攤計算方式及總公司所屬各營業部門與各分支營業機構之分攤金額等資料。
國外總公司供應其在中華民國境內分公司營業所用之資金，該分公司相關費用之認列規定如下：
一、資金未經公司法之主管機關認許者，該分公司支付國外總公司之資金利息，不予認定。惟得依前三項規定分攤其國外總公司之管理費用。
二、資金經公司法之主管機關認許者，該分公司支付國外總公司之資金利息，准予認定。惟不得分攤其國外總公司之管理費用。
中華民國境內之外國分公司，依前四項規定，所分攤之國外總公司管理費用，不適用營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則之規定。
國外總公司在中華民國境內設立之工地場所，如已依規定辦理營業登記，並依所得稅法第四十一條規定單獨設立帳簿並計算其營利事業所得額課稅者，可比照前五項規定辦理。
中華民國境內總公司，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，準用第一項、第二項、第四項及第五項之規定。
【說明】
一、鑑於國際化公司為有效率管理各分支機構，多設有區域總部，而各該區域總部如不對外營業，其與總公司不對外營業之性質類同，爰修正增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算。
二、有關外國公司在中華民國境內使用資金增減時，應依公司法向經濟部申請變更者，僅限於營運資金部分，至於在臺分公司向總公司之借款，公司法並無相關認許之規定，爰刪除第四項規定，以符實際。
三、原第五項至第七項移列為第四項至第六項。
一、配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，修正相關規定：
商品、原料、物料、在製品因故報廢者，或生鮮農、魚類等過期或變質後無法久存者，可依會計師查核簽證報告核實認定損失，免除應報經核准或報請備查之程序；延長商品盤損、商品報廢及災害損失之報備期限至三十日。（修正條文第一百零一條、第一百零一條之一、第一百零二條）
二、配合相關法規之制定、修正、司法院解釋及財政部發布之解釋令，修正相關規定：
(一) 增列所得基本稅額條例為調查及審核營利事業所得稅之查核依據。（修正條文第二條）
(二) 配合相關法規修正相關文字或酌作文字修正。（修正條文第九條、第十二條、第二十二條、第三十八條之一、第四十五條至第五十三條、第五十五條）
(三) 配合商業會計法第五十九條及財務會計準則公報第三十二號規定，修正營利事業分期付款銷貨收入及呆帳損失之認列規定。（修正條文第十六條、第九十四條）
(四) 配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法已刪除第一百零五條，刪除營利事業未依規定給與、取得或保存憑證應依所得稅法第一百零五條第三項處罰之規定。（修正條文第二十六條）
(五) 配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益，爰刪除未分配盈餘計算之相關規定。（修正條文第三十條、第一百十一條之一、第一百十四條）
(六) 配合商業會計法第四十二條，修正資產交換成本及其損益之入帳基礎。（修正條文第三十二條、第一百條）
(七) 配合司法院釋字第六五０號解釋意旨，刪除設算利息收入之課稅規定。（修正條文第三十六條之一）
(八) 配合九十七年一月二日修正公布所得稅法第三十三條規定，修正職工退休金費用認列之相關規定。（修正條文第七十一條）
(九) 承租人於租地上自費建屋並將房屋登記為出租人所有，得依建物之營建總成本，按租賃期間平均計算各年度租金支出之規定。（修正條文第七十二條）
(十) 營利事業依政治獻金法及私立學校法，對政黨、政治團體及擬參選人及私立學校捐贈之認列規定。（修正條文第七十九條）
(十一) 配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第五十一條及第五十四條規定，修正固定資產提列折舊及估算殘價之相關規定，並刪除折舊方法之報備規定。（修正條文第九十五條）
(十二) 配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第六十四條有關營利事業因設立發生之必要支出，均作為當期費用之規定，刪除開辦費之攤提規定，並規定修法前尚未攤提之開辦費餘額處理規定。（修正條文第九十六條）
(十三) 營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾二年而尚未給付者，應轉列其他收入之規定，所得稅法施行細則第八十二條已有規範，爰予刪除。（修正條文第一百零八條之一）
(十四) 配合九十七年七月十五日修正發布營利事業資產重估價辦法第三十六條規定，營利事業已辦理資產重估之資產，其未實現重估增值應於資產轉讓、滅失或報廢時轉列為營業外收入或損益。（修正條文第一百零九條）
三、為減少爭議及簡化稽徵，修正相關規定：
(一) 有關稅務會計之兌換損益應以實際發生為準，爰刪除利用匯率調整而發生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定。（修正條文第二十九條）
(二) 配合國際化公司為有效率管理各分支機構，多有設置區域總部管理之趨勢，爰增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算之規定。（修正條文第七十條）
(三) 配合九十七年一月一日開始實施員工分紅費用化，員工分紅得列為營利事業之薪資費用。（修正條文第七十一條）
(四) 乘坐飛機、高速鐵路及大眾捷運系統之旅費列支證明文據。（修正條文第七十四條）
(五) 基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高修繕或購置固定資產可列為當年度費用之支出金額為新臺幣八萬元。（修正條文第七十七條之一）
(六) 因應營利事業多樣化之經營模式，其促銷方式及樣態日新月異，採概括式規定其他具有廣告性質之各項費用得以廣告費列支。（修正條文第七十八條）
(七) 為利稽徵查核並避免爭議，被投資事業減資彌補虧損、合併或破產得以被投資事業減資、合併或破產證明文件認定投資損失，其屬國外投資損失應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明文件，以資明確。（修正條文第九十九條）
(八) 為利徵納雙方遵循，本準則第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款修正條文，於本準則修正施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，均可一體適用。（修正條文第一百十六條）
營利事業所得稅查核準則部分條文修正草案條文對照表
【修正條文】
第二條
營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。
【現行條文】
第二條
營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點之規定辦理。
【說明】
一、第一項配合九十五年一月一日施行之所得基本稅額條例，修正增訂查核依據，以資明確。
二、營利事業辦理所得稅結算申報時，應依據稅法及相關法令調整之法律依據尚無法逐一列舉，爰修正第二項，保留主要參據之法規，並刪除中小企業發展條例及企業併購法，以資簡化。
三、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第八十條第三項規定，修正第三項相關規定。
【修正條文】
第九條
帳冊之記載與憑證不符，致生短報所得額之情事者，除本準則另有規定外，依所得稅法第一百十條規定辦理。
【現行條文】
第九條
帳冊之記載與憑證不符，致生短報所得額之情事者，除本準則別有規定外，依所得稅法第一百十條規定辦理。
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第十二條
對外會計事項，應取得外來憑證或給與他人憑證；其應取得外來憑證者，除第六十八條、第七十四條第三款第二目之3及之4、第七十八條第二款第六目、第八目及第九目、第七十九條第二款第一目、第八十條第四款第二目及第三目、第八十八條第三款第二目規定，得以內部憑證認定者外，不得以內部憑證代替；其以內部憑證代替者，應不予認定。
【現行條文】
第十二條
對外會計事項，應取得外來憑證或給與他人憑證；其應取得外來憑證者，除第六十八條、第七十四條第三款第二目第三小目及第四小目、第七十八條第二款第六目、第八目及第九目、第七十九條第二款第一目、第八十條第四款第二目及第三目、第八十八條第三款第二目規定，得以內部憑證認定者外，不得以內部憑證代替；其以內部憑證代替者，應不予認定。
【說明】
配合中央法規標準法第八條規定修正相關文字。
【修正條文】
第十六條
營利事業分期付款之銷貨，其當期損益得依下列方法擇一計算：
一、全部毛利法：依出售年度內全部銷貨金額，減除銷貨成本（包括分期付款貨品之全部成本）後，計算之。
二、毛利百分比法：依出售年度約載分期付款之銷貨價格及成本，計算分期付款銷貨毛利率，以後各期收取之分期價款，並按此項比率計算其利益及應攤計之成本。其分期付款銷貨利益並得按下列公式計算：
分期付款銷貨本年度收款總額
分期付款銷貨未實現毛利年初餘額＋本年度分期付款銷貨毛利
×───────
分期付款銷貨應收帳款年初餘款＋本年度分期付款銷貨總額
毛利百分比法之採用，以分期付款期限在十三個月以上者為限。
三、普通銷貨法：除依現銷價格及成本，核計其當年度損益外，其約載分期付款售價高於現銷價格部分，為未實現之利息收入，嗣後分期按利息法認列利息收入。
前項各種計算損益方法既經採用，在本期內不得變更。相同種類產品同期分期付款銷貨損益均應採用同一計算方式。不同種類產品，得依規定分別採用不同之計算方法，但全期均應就其擇定之同一方法計算其分期付款銷貨之損益，不得中途變更。
前項分期付款銷貨在本期收回之帳款利益，應按前期銷貨時原採公式計算，不得變更其計算方法。
【現行條文】
第十六條
營利事業分期付款之銷貨，其當期損益之計算，得依左列方法擇一計算之：
一、全部毛利法：依出售年度內全部銷貨金額，減除銷貨成本（包括分期付款貨品之全部成本）後，計算之。
二、毛利百分比法：依出售年度約載分期付款之銷貨價格及成本，計算分期付款銷貨毛利率，以後各期收取之分期價款，並按此項比率計算其利益及應攤計之成本。其分期付款銷貨利益並得按左列公式計算：
分期付款銷貨本年度收款總額
分期付款銷貨未實現毛利年初餘額＋本年度分期付款銷貨毛利
×───────
分期付款銷貨應收帳款年初餘款＋本年度分期付款銷貨總額
毛利百分比法之採用，以分期付款期限在十三個月以上者為限。
三、差價攤計法：該項分期付款之銷貨，除仍依現銷價格及成本，核定其當年度損益外，其約載分期付款售價與現銷價格之「差額」為未實現之利益，應於以後各期價款陸續收到後，依下列公式計算該項差價利益，列為當年度收益：
當年度已收各期分期付款總額
約定分期付款售價－現銷價格
×───────
約定分期付期售價
＝當年度應列計差價收益
四、普通銷貨法：除依現銷價格及成本，核計其當年度損益外，其約載分期付款售 價高於現銷價格部分，為未實現之利息收入，嗣後分期按利息法認列利息收入。
前項各種計算損益方法既經採用，在本期內不得變更。相同種類產品同期分期付款銷貨損益均應採用同一計算方式。不同種類產品，得依規定分別採用不同之計算方法，但全期均應就其擇定之同一方法計算其分期付款銷貨之損益，不得中途變更。
前項分期付款銷貨在本期收回之帳款利益，應按前期銷貨時原採公式計算，不得變更其計算方法。
【說明】
一、依商業會計法第五十九條規定，分期付款銷貨收入得視其性質按毛利百分比法攤算計入；另財務會計準則公報第三十二號規定，分期付款採普通銷貨法；且實務上分期付款銷貨收入已無採差價攤計法計算損益者，爰刪除第一項第三款差價攤計法之規定，以符實際。原第四款並移列為第三款。
二、第二項及第三項未修正。
【修正條文】
第二十二條
銷貨價格顯較時價為低者，依下列規定辦理：
一、銷貨與關係企業以外之非小規模營利事業，經查明其銷貨價格與進貨廠商列報成本或費用之金額相符者，應予認定。
二、銷貨與小規模營利事業或非營利事業者，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其銷售價格。
第一項所稱時價，應參酌下列資料認定之：
一、報章雜誌所載市場價格。
二、各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
三、時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
四、進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
汽車貨運業出租遊覽車之運費收入得比照前項規定之原則查核。
【現行條文】
第二十二條
銷貨價格顯較時價為低者，依下列辦法辦理：
一、銷貨與關係企業以外之非小規模營利事業，經查明其銷貨價格與進貨廠商列報成本或費用之金額相符者，應予認定。
二、銷貨與小規模營利事業或非營利事業者，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其銷售價格。
第一項所稱時價，應參酌下列資料認定之：
一、報章雜誌所載市場價格。
二、各縣市同業間帳載貨品同一月份之加權平均售價。
三、時價資料同時有數種者，得以其平均數為當月份時價。
四、進口貨物得參考同期海關完稅價格換算時價。
汽車貨運業出租遊覽車之運費收入得比照前項規定之原則查核。
【說明】
第一項序文酌作修正；餘未修正。
【修正條文】
第二十六條
營利事業委託其他營利事業買賣貨物，應由雙方書立合約，並將買賣客戶姓名、地址、貨物名稱、種類、數量、成交價格、日期及佣金等詳細記帳及保存有關文據，憑以認定之。未依上開規定辦理者，如其帳載內容及其他有力證據足以證明其確有委託關係存在者，仍應憑其合約及有關帳載據核實認定。
營利事業委託或受託代銷貨物，未依前項規定辦理，且無法證明其確有委託關係存在者，應分別認定為自銷或自購，除其未依規定給與，取得或保存憑證，應依稅捐稽徵法第四十四條規定處罰外，並應分別就委託代銷金額及代銷收入金額適用同業利潤標準之淨利率，核計委託事業及受託代銷事業按自銷自購認定之所得額，但該項核定所得額低於帳載委託代銷收益或代銷佣金收入時，仍以帳載數額為準。
代客買賣貨物開立之統一發票或收據，所載買進或賣出之價格，如經查核不實，顯屬幫助他人逃稅有據者，除應依稅捐稽徵法第四十三條規定辦理外，其本身倘涉有逃漏所得額情事者，並應依所得稅法第一百十條規定處罰。
【現行條文】
第二十六條
營利事業委託其他營利事業買賣貨物，應由雙方書立合約，並將買賣客戶姓名、地址、貨物名稱、種類、數量、成交價格、日期及佣金等詳細記帳及保存有關文據，憑以認定之。未依上開規定辦理者，如其帳載內容及其他有力證據足以證明其確有委託關係存在者，仍應憑其合約及有關帳載據核實認定。
營利事業委託或受託代銷貨物，未依前項規定辦理，且無法證明其確有委託關係存在者，應分別認定為自銷或自購，除其未依規定給與，取得或保存憑證，應依稅捐稽徵法第四十四條及所得稅法第一百零五條第三項規定處罰外，並應分別就委託代銷金額及代銷收入金額適用同業利潤標準之純益率，核計委託事業及受託代銷事業按自銷自購認定之所得額，但該項核定所得額低於帳載委託代銷收益或代銷佣金收入時，仍以帳載數額為準。
代客買賣貨物開立之統一發票或收據，所載買進或賣出之價格，如經查核不確，顯屬幫助他人逃稅有據者，除應依稅捐稽徵法第四十三條之規定辦理外，其本身倘涉有逃漏所得額情事者，並應依所得稅法第一百十條規定處罰。
【說明】
一、第一項未修正。
二、九十五年五月三十日修正公布所得稅法，已刪除第一百零五條規定，爰刪除第二項相關規定，並酌作文字修正，以資明確。
三、第三項，酌作文字修正。
【修正條文】
第二十九條 兌換盈益：
一、兌換盈益應以實現者列為收益，其僅係因匯率調整而產生之帳面差額，免列為當年度之收益。
二、兌換盈益應有明細計算表以資核對。有關兌換盈虧之計算，得以先進先出法或移動平均法之方式處理。
三、營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益，應列為當年度兌換盈益，免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
【現行條文】
第二十九條
兌換盈益以實際發生之收益為準認列；其僅係因匯率調整而發生之帳面差額，免列為當年度之收益。但其利用此項帳面增值轉作增資者，仍應併計其辦理增資年度之損益，予以課徵所得稅。
營利事業國外進、銷貨，其入帳匯率與結匯匯率變動所產生之收益，應列為當年度兌換盈益，免再調整其外銷收入或進料、進貨成本。
【說明】
一、兌換盈益應以實現者為準認列，爰刪除第一項但書利用匯率調整而產生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定，並參照本準則第九十八條體例，將第一項改為第一款。
二、配合本準則第九十八條規定，增訂第二款對稱性規範，以資明確。
三、第三項修正為第三款。
【修正條文】
第三十條 投資收益：
一、營利事業投資於其他公司，倘被投資公司當年度經股東同意或股東會決議不分配盈餘時，得免列投資收益。
二、營利事業投資於其他公司，其投資收益，應以經被投資公司股東同意或股東會決議之分配數為準，並以被投資公司所訂分派股息及紅利基準日之年度，為權責發生年度；其未訂分派股息及紅利基準日或其所訂分派股息及紅利基準日不明確者，以同意分配股息紅利之被投資公司股東同意日或股東會決議日之年度，為權責發生年度。
三、前二款投資收益，如屬公司投資於國內其他營利事業者，其自中華民國八十七年一月一日起所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額。
四、股份有限公司之營利事業將下列超過票面金額發行股票所得之溢額，作為資本公積時，免予計入所得額課稅：
（一）以超過面額發行普通股或特別股溢價。
（二）公司因企業合併而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
（三）庫藏股票交易溢價。
（四）轉換公司債相關之應付利息補償金，於約定賣回期間屆滿日可換得普通股市價高於約定賣回價格時轉列之金額。
（五）因認股權證行使所得股本發行價格超過面額部分。
（六）特別股或公司債轉換為普通股，原發行價格或帳面價值大於所轉換普通股面額之差額。
（七）附認股權公司債行使普通股認股權證分攤之價值。
（八）特別股收回價格低於發行價格之差額。
（九）認股權證逾期未行使而將其帳面餘額轉列者。
（十）因股東逾期未繳足股款而沒收之已繳股款。
（十一）公司因企業分割而發行股票取得他公司營業或資產淨值所產生之股本溢價。
（十二）公司因股份轉換而發行股票取得他公司股份或股權所產生之股本溢價。
【現行條文】
第三十條 投資收益：
一、營利事業投資於其他公司，倘被投資公司當年度經股東大會議決不分配盈餘時，得免列投資收益。
二、營利事業投資於其他公司，其投資收益，應以經被投資公司股東大會同意或決議之分配數為準，並以被投資公司所訂除權或除息基準日之年度，為權責發生年度；其未訂除權、除息基準日或其所訂除權、除息基準日不明確者，以同意分配股息紅利之被投資公司股東會決議日之年度，為權責發生年度。
三、前二款投資收益，如屬公司投資於國內其他營利事業者，其自八十七年一月一日起所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額，但應計入當年度未分配盈餘；如屬取得符合八十八年十二月三十一日修正前促進產業升級條例第十六條、第十七條規定之新發行記名股票者，不計入取得及轉讓年度所得額，但應計入取得年度未分配盈餘；其於八十六年十二月三十一日以前獲配，但於八十七年一月一日以後轉讓者，不計入轉讓年度之所得額及未分配盈餘。
四、股份有限公司之營利事業將下列超過票面金額發行股票所得之溢額，作為資本公積時，免予計入所得額課稅：
（一）以超過面額發行普通股或特別股溢價。
（二）公司因企業合併而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
（三）庫藏股票交易溢價。
（四）轉換公司債相關之應付利息補償金，於約定賣回期間屆滿日可換得普通股市價高於約定賣回價格時轉列之金額。
（五）因認股權證行使所得股本發行價格超過面額部分。
（六）特別股或公司債轉換為普通股，原發行價格或帳面價值大於所轉換普通股面額之差額。
（七）附認股權公司債行使普通股認股權證分攤之價值。
（八）特別股收回價格低於發行價格之差額。
（九）認股權證逾期未行使而將其帳面餘額轉列者。
（十）因股東逾期未繳足股款而沒收之已繳股款。
（十一）公司因企業分割而發行股票取得他公司營業或資產淨值所產生之股本溢價。
（十二）公司因股份轉換而發行股票取得他公司股份或股權所產生之股本溢價。
【說明】
一、第一款及第二款，配合公司法酌作文字修正。
二、配合九十五年五月三十日修正公布所得稅法第六十六條之九規定，有關未分配盈餘之計算基準已改按商業會計處理之稅後純益。鑑於營利事業未分配盈餘之計算，應依上揭規定辦理，爰刪除第三款有關未分配盈餘計算之相關規定，以資明確，並配合法制作業規定，酌作文字修正。
三、 第四款未修正。
【修正條文】
第三十二條 出售或交換資產利益：
一、出售資產之售價，大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅。但出售土地及依政府規定為儲備戰備物資而處理財產之增益，免納所得稅；如有損失，應自該項增益項下減除。
二、資產之交換，應以時價入帳，其時價無法可靠衡量時，按換出資產之帳面價值加支付之現金，或減去收到現金，作為換入資產成本入帳，並認列其資產交換利益。
三、自中華民國七十五年一月一日起，營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋或自行以土地及房屋合併銷售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款經查明顯較時價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格占土地公告現值及房屋評定標準價格總額之比例計算。上述所稱房屋款之時價，應參酌下列資料認定之：
（一）第二十二條第三項規定之時價參考資料。
（二）不動產估價師之估價資料。
（三）銀行貸款評定之房屋款價格。
（四）臨近地區政府機關或大建築商建造房屋之成本價格，加上同業之合理利潤估算之時價。
（五）大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價。
（六）出售房屋帳載未折減餘額估算之售價。
（七）法院拍賣或國有財產局等出售公有房地之價格。
（八）依前述各項資料查得房地總價及土地時價所計算獲得之房屋售價。
四、營利事業以應收債權、他公司股票或固定資產等作價抵充出資股款者，該資產所抵充出資股款之金額超過成本部分，應列為收益；其自中華民國九十三年一月一日起，以技術等無形資產作價抵充出資股款者，亦同。
【現行條文】
第三十二條 出售或交換資產利益：
一、出售資產之售價，大於資產之未折減餘額部分，應列為出售資產收益課稅。但出售土地及依政府規定為儲備戰備物資而處理財產之增益，免納所得稅；如有損失，應自該項增益項下減除。
二、不同類固定資產之交換，應按時價入帳；如有交換利益，應列為收益。同類固定資產之交換，如無另收現金者，應按換出資產之帳面價值作為換入資產之成本入帳；如有另收現金者，現金部分應視為出售，按比例承認利益。
三、自七十五年一月一日起，營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋或自行以土地及房屋合併銷售時，其房屋款及土地款未予劃分或房屋款經查明顯較時價為低者，其房屋價格應依房屋評定標準價格占土地公告現值及房屋評定標準價格總額之比例計算。上述所稱房屋款之時價，應參酌下列資料認定之：
（一）第二十二條第三項規定之時價參考資料。
（二）不動產鑑價公司鑑價資料。
（三）銀行貸款評定之房屋款價格。
（四）臨近地區政府機關或大建築商建造房屋之成本價格，加上同業之合理利潤估算之時價。
（五）大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價。
（六）出售房屋帳載未折減餘額估算之售價。
（七）法院拍賣或國有財產局等出售公有房地之價格。
（八）依前述各項資料查得房地總價及土地時價所計算獲得之房屋售價。
四、營利事業以應收債權、他公司股票或固定資產等作價抵充出資股款者，該資產所抵充出資股款之金額超過成本部分，應列為收益；其自九十三年一月一日起，以技術等無形資產作價抵充出資股款者，亦同。
【說明】
一、第一款未修正。
二、依商業會計法第四十二條規定，資產之取得以現金以外之其他資產或承擔負債交換者，以公平價值入帳為原則。公平價值無法可靠衡量時，按換出資產之帳面金額加支付之現金，或減去收到之現金，作為換入資產成本；另公平價值於所得稅法係依據第四十六條規定之時價認定之，爰配合修正第二款，以符合實際。
三、不動產估價師法於八十九年十月四日公布施行後，內政部九十六年八月十四日台內地字第0九六0一二五七二八號函規定，不動產估價師自該法公布施行後得辦理估價業務外，有關不動產估價師法施行前已從事不動產鑑價之公司，自該法施行之日起，僅得繼續執業至九十四年十月五日止，且不動產估價師係以自然人身份出具估價報告，爰配合修正第三款第二目相關規定；同款及第四款配合法制作業規定，酌作文字修正。
【修正條文】
第三十六條之一 （刪除）
【現行條文】
第三十六條之一
公司組織之股東、董事、監察人代收公司款項，不於相當期間照繳或挪用公司款項，應按當年一月一日所適用台灣銀行之基本放款利率計算利息收入課稅。但如係遭侵占，且已依法提起訴訟者，不予計算利息收入課稅。
公司之資金貸與股東或任何他人未收取利息，或約定之利息偏低者，除屬預支職工薪資者外，比照前項規定辦理。
【說明】
一、本條刪除。
二、司法院釋字第六五Ο號解釋，本條第二項違反租稅法定主義，應自九十七年十月三十一日起失其效力，又第一項規定涉及人民繳納稅捐之客體，依上揭解釋應以法律或由法律明確授權之命令加以訂定，方符合租稅法定主義。另九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第二十四條之三業依據上開解釋意旨明定相關規定，爰予刪除。
【修正條文】
第三十八條之一
進貨價格顯較第二十二條所稱時價為高者，依下列規定辦理：
一、向關係企業以外之非小規模營利事業進貨，經查明其進貨價格與銷貨廠商列報銷貨之金額相符者，應予認定。
二、向小規模營利事業或非營利事業者進貨，經提出正當理由及取得證明文據，並查對相符時，應予認定。
前項第一款及第二款，其無正當理由或未能提示證明文據或經查對不符者，應按時價核定其進貨成本。
【現行條文】
第三十八條之一
進貨價格顯較第二十二條所稱之時價為高者，如能提出正當理由，仍應依帳證核定；其未能提出正當理由或證明文件者，稽徵機關應按該項時價核定其進貨成本。
【說明】
配合本準則第二十二條之規定及體例，修正相關文字，以資一致。
【修正條文】
第四十五條 進貨或進料之原始憑證如下：
一、國外進貨或進料：
（一）國外進貨或進料，應取得國外廠商之發票、海關完稅單據、各種報關提貨費用單據或其他相關證明文件；已辦理結匯者，應取得結匯文件；未辦理結匯者，應取得銀行匯付或轉付之證明文件；其運費及保險費如係由買方負擔者，並應取得運費及保險費之憑證。
（二）向科學園區、加工出口區或自由貿易港區事業進貨或進料，其應按進口貨物報關程序向海關申報者，比照前目規定辦理；其依有關規定無需報關者，比照第二款第一目規定辦理。
二、國內進貨或進料：
（一）向營利事業進貨或進料，應取得書有買受人名稱、地址及統一編號之統一發票。
（二）向公會配購或機關團體採購或標購者，應取得配售或標售者之證明文件。
（三）向農、漁民直接生產者及肩挑負販進貨或進料，應取得農、漁民直接生產者及肩挑負販書立載有姓名、住址、身分證統一編號、品名、單價、數量、金額及年月日，並經簽名或蓋章之普通收據或商用標準表單之出貨單作為原始憑證；其因無法取得該收據或出貨單者，當年度該項進貨進料價格，應按當時地同一貨品最低價格核定；其產品耗用原物料數量，並得按第五十八條第二項、第三項及第四項規定辦理。
（四）委託代購商品或原料，應取得受託商號書有抬頭之佣金及依代購貨物之實際價格開立，並註明「代購」字樣之統一發票。
（五）向舊貨商購進廢料、舊貨或羽毛者，應依規定取得統一發票或其他外來憑證，作為進貨憑證。
（六）營利事業購進雞、鴨、魚、肉等，應依規定取得統一發票或取得出售人書有姓名或名稱及地址，並經簽名或蓋章之收據。
（七）向應依法辦理營業登記而未辦理者進貨或進料，應取得書有品名、數量、單價、總價、日期、出售人姓名或名稱、地址、身分證統一編號及蓋章之收據及其通報歸戶清單（申報書）存根。
（八）聯合標購之進貨進料，應有報經稽徵機關發給之分割證明；其僅以一事業之名義代表標購者，應有報經稽徵機關核備之合約。
（九）營利事業向免用統一發票商號進貨、進料取得普通收據者，稽徵機關得根據普通收據所載進貨、進料資料，按址查對其銷售對方之銷貨是否相符，銷貨能力是否確當，核實認定；如按址查對不確而有進貨之事實者，應依所得稅法第二十七條規定核定其進貨成本，並依稅捐稽徵法第四十四條規定辦理；若按址查對不確亦無進貨之事實者，除進貨不予認定外，應按所得稅法第一百十條規定處罰。
【現行條文】
第四十五條 進貨或進料之原始憑證如下：
一、國外進貨或進料：
（一）國外進貨或進料，應取得國外廠商之發票、海關完稅單據、各種報關提貨費用單據或其他相關證明文件；已辦理結匯者，應取得結匯文件；未辦理結匯者，應取得銀行匯付或轉付之證明文件；其運費及保險費如係由買方負擔者，並應取得運費及保險費之憑證。
（二）向科學園區、加工出口區或自由貿易港區事業進貨或進料，其應按進口貨物報關程序向海關申報者，比照前目規定辦理；其依有關規定無需報關者，比照第二款第一目規定辦理。
二、國內進貨或進料：
（一）向營利事業進貨或進料，應取得書有買受人名稱、地址及統一編號之統一發票。
（二）向公會配購或機關團體採購或標購者，應取得配售或標售者之證明文件。
（三）向農、漁民直接生產者及肩挑負販進貨或進料，應取得農、漁民直接生產者及肩挑負販書立載有姓名、住址、身分證統一編號、品名、單價、數量、金額及年月日，並經簽名或蓋章之普通收據或商用標準表單之出貨單作為原始憑證；其因無法取得該收據或出貨單者，當年度該項進貨進料價格，應按當時地同一貨品最低價格核定；其產品耗用原物料數量，並得按第五十八條第二項、第三項及第四項規定辦理。
（四）委託代購商品或原料，應取得受託商號書有抬頭之佣金及依代購貨物之實際價格開立，並註明「代購」字樣之統一發票。
（五）向舊貨商購進廢料、舊貨或羽毛者，應依規定取得統一發票或其他外來憑證，作為進貨憑證。
（六）營利事業購進雞、鴨、魚、肉等，應依規定取得統一發票或取得出售人書有姓名或名稱及地址，並經簽名或蓋章之收據。
（七）向應依法辦理營利事業登記而未辦理者進貨或進料，應取得書有品名、數量、單價、總價、日期、出售人姓名或名稱、地址、身分證統一編號及蓋章之收據及其通報歸戶清單（申報書）存根。
（八）聯合標購之進貨進料，應有報經稽徵機關發給之分割證明；其僅以一事業之名義代表標購者，應有報經稽徵機關核備之合約。
（九）營利事業向免用統一發票商號進貨、進料取得普通收據者，稽徵機關得根據普通收據所載進貨、進料資料，按址查對其銷售對方之銷貨是否相符，銷貨能力是否確當，核實認定；如按址查對不確而有進貨之事實者，應依所得稅法第二十七條之規定核定其進貨成本，並依稅捐稽徵法第四十四條之規定辦理；若按址查對不確亦無進貨之事實者，除進貨不予認定外，應按所得稅法第一百十條之規定處罰。
【說明】
一、第一款未修正。
二、第二款第七目，配合營業登記規則作文字修正；同款第九目，酌作文字修正。
【修正條文】
第二節 期初存貨、存貨、在製品、製成品及副產品
【現行條文】
第二節 期初存貨、存貨、在製品、製成品及副產品盤存
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第四十六條
期初存貨之貨品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之申報數量及金額，應與上年度稽徵機關核定數量及金額相符，其不符者，應予調整。但上期因耗用原料、物料等與耗用率不符，而調整之金額，不得列為次年之期初存貨。
【現行條文】
第四十六條
期初盤存之貨品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之申報數量及金額，應與上年度稽徵機關核定數量及金額相符，其不符者，應予調整。但上期因耗用原料、物料等與耗用率不符，而調整之金額，不得列為次年之期初存貨。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四十七條
上年度未依法申報，或於年度中途設帳，或雖經申報，但無法提示有關證明所得額之帳簿文據，經依查得資料或同業利潤標準核定所得額者，應通知其列報期初存貨明細表，標明各類存貨之數量、單位、原價，並註明其為成本、時價或估定價額予以核定。
【現行條文】
第四十七條
上年度未依法申報，或於年度中途設帳，或雖經申報，但無法提示有關證明所得額之帳簿文據，經依查得資料或同業利潤標準核定所得額者，應通知其列報期初盤存明細表，標明各類盤存之數量、單位、原價，並註明其為成本、市價或估定價額予以核定。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，「市價」為「時價」。
【修正條文】
第四十八條
上年度雖辦理結算申報，而未經查帳核定，其原因與貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品之價格及數量無關者，應就上年度申報之期末存貨，核定本期之期初存貨。
【現行條文】
第四十八條
上年度雖辦理結算申報，而未經查帳核定，其原因與貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品之價格及數量無關者，應就上年度申報之期末盤存，核定本期之期初盤存。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四十九條
上年度已辦理結算申報，但經查帳核定貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品，有漏匿報者，應依稽徵機關查定之結存數量、金額為本期期初存貨。
【現行條文】
第四十九條
上年度已辦理結算申報，但經查帳核定貨品、原料、物料、在製品、製成品或副產品，有漏匿報者，應依稽徵機關查定之結存數量、金額為本期期初盤存。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第三節 期末存貨、存料、在製品、製成品及副產品
【現行條文】
第三節 期末存貨、存料、在製品、製成品及副產品盤存
【說明】
酌作文字修正。
【修正條文】
第五十條
商品、原料、物料、在製品、製成品、副產品等存貨之估價，以實際成本為準，成本高於時價者，納稅義務人得以時價為準，其時價經查明者，存貨跌價損失應予核實認定，但以成本與時價孰低為準估價者，一經採用不得變更。成本或時價不明時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。
【現行條文】
第五十條
商品、原料、在製品、製成品、副產品等盤存之估價，以成本為準，成本高於時價者，納稅義務人得以時價為準，其時價經查明者，存貨跌價損失應予核實認定，但以成本與時價孰低為準估價者，一經採用不得變更。成本或時價不明時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十一條
前條之成本，得按存貨之種類或性質，採用個別辨認法、先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法，或其他經主管機關核定之方法計算之。
其屬按月結算其成本者，得按月加權平均計算存貨價值。
在同一會計年度內，同一種類或性質之存貨不得採用不同估價方法。採後進先出法者，不適用成本與時價孰低之估價規定。
【現行條文】
第五十一條
前條之成本，得按資產之種類或性質，採實際成本，用個別辨認法、先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法、簡單平均法，或其他經主管機關規定之方法計算之。
其屬按月結算其成本者，得按月加權平均計算存貨價值。但在同一會計年度內不得採用不同估價方法。採後進先出法者，不適用成本與時價孰低之估價規定。
第一項計算方法之採用，應於每年暫繳申報時，報請該管稽徵機關核准，其因正當理由須變換計算方法者亦同。其未經申請者，視為採用加權平均法，未經申請變更者，視同沿用原方法。
營利事業倘在前項暫繳申報期限過後始行開業者，關於商品原物料、在製品、製成品、副產品等資產，其成本估價方法之採用，應於該事業辦理當年度決算前，申請該管稽徵機關核准，其未經申請或在暫繳申報期限過後始行設帳者，應一律依所得稅法第四十四條末項規定，視為採用加權平均法。
【說明】
一、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正第一項相關文字，並刪除第三項及第四項規定。
二、第二項但書規定移列為第三項，以資明確。
【修正條文】
第五十二條
期末存貨數量，經按進貨、銷貨、原物料耗用、存貨數量核算不符，而有漏報、短報所得額情事者，依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由及證明文件，足資認定其短少數量者應予認定。
【現行條文】
第五十二條
期末盤存數量，經按進貨、銷貨、原物料耗用、存貨數量核算不符，而有漏報、短報所得額情事者，依所得稅法第一百十條之規定辦理。但如係由倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由及證明文件，足資認定其短少數量者應予認定。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十三條
期末存貨數量於必要時，經稽徵機關首長核准，得實地盤點，經盤點逆算不符，足以證明在申報年度有漏報、短報所得額者，應依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由於倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由或證明文件，並經稽徵機關查核屬實者不在此限。
【現行條文】
第五十三條
期末盤存數量於必要時，經稽徵機關首長核准，得實地盤點，經盤點逆算不符，足以證明在申報年度有漏報、短報所得額者，應依所得稅法第一百十條之規定辦理。但如係由於倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由或證明文件，並經稽徵機關查核屬實者不在此限。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」，並酌作文字修正。
【修正條文】
第五十五條
成本會計制度不健全，不能提供有關各項成本紀錄，以供計算單位生產成本者，關於在製品及製成品之存貨估價，准按其完工程度核計製造成本，並依成本與時價孰低原則，計算其存貨價格。
【現行條文】
第五十五條
成本會計制度不健全，不能提供有關各項成本紀錄，以供計算單位生產成本者，關於在製品及製成品之盤存估價，准按其完工程度核計製造成本，並依成本與時價孰低原則，計算其盤存價格。
【說明】
配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第四十四條修正「盤存」為「存貨」。
【修正條文】
第四節 製成品、耗用原料
【現行條文】
第四節 製成品、耗用原料之查核
【說明】
酌作文字修正
【修正條文】
第七十條
中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司或區域總部之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定：
一、總公司或其區域總部不對外營業而另設有營業部門，其營業部門應與各地分公司共同分攤總公司或區域總部非營業部門之管理費用。
二、總公司或其區域總部之管理費用未攤計入分公司之進貨成本、總公司或區域總部供應分公司營業所用之資金，未由分公司計付利息。
前項分攤管理費用之計算，應以總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準。但其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准，採用其他合理分攤標準。
中華民國境內之外國分公司依前二項規定，分攤國外總公司或區域總部管理費用者，應由該分公司辦理當年度所得稅結算申報時，提供國外總公司或區域總部所在地合格會計師簽證，載有國外總公司或區域總部全部營業收入及總公司或區域總部管理費用金額之國外總公司或區域總部財務報告，並經我國駐在地使領館或我國政府認許機構之簽證，或外國稅務當局之證明。但經核准採用其他分攤標準者，其所提供之國外總公司或區域總部財務報告，應另載明分攤標準內容、分攤計算方式及總公司或區域總部所屬各營業部門與各分支營業機構之分攤金額等資料。
中華民國境內之外國分公司，依前三項規定，所分攤之國外總公司或區域總部管理費用，不適用營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則規定。
國外總公司在中華民國境內設立之工地場所，如已依規定辦理營業登記，並依所得稅法第四十一條規定單獨設立帳簿並計算其營利事業所得額課稅者，可比照前四項規定辦理。
中華民國境內總公司或區域總部，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，準用第一項至第四項規定。
【現行條文】
第七十條
中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定：
一、總公司不對外營業而另設有營業部門，其營業部門應與各地分公司共同分攤總公司非營業部門之管理費用。
二、總公司之管理費用未攤計入分公司之進貨成本，或總公司供應分公司營業所用之資金，未由分公司計付利息。
前項分攤管理費用之計算，應以總公司所屬各營業部門與各分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準。但其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准，採用其他合理分攤標準。
中華民國境內之外國分公司依前二項規定，分攤國外總公司管理費用者，應由該分公司辦理當年度所得稅結算申報時，提供國外總公司所在地合格會計師簽證，載有國外總公司全部營業收入及總公司管理費用金額之國外總公司財務報告，並經我國駐在地使領館或我國政府認許機構之簽證，或外國稅務當局之證明。但經核准採用其他分攤標準者，其所提供之國外總公司財務報告，應另載明分攤標準內容、分攤計算方式及總公司所屬各營業部門與各分支營業機構之分攤金額等資料。
國外總公司供應其在中華民國境內分公司營業所用之資金，該分公司相關費用之認列規定如下：
一、資金未經公司法之主管機關認許者，該分公司支付國外總公司之資金利息，不予認定。惟得依前三項規定分攤其國外總公司之管理費用。
二、資金經公司法之主管機關認許者，該分公司支付國外總公司之資金利息，准予認定。惟不得分攤其國外總公司之管理費用。
中華民國境內之外國分公司，依前四項規定，所分攤之國外總公司管理費用，不適用營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則之規定。
國外總公司在中華民國境內設立之工地場所，如已依規定辦理營業登記，並依所得稅法第四十一條規定單獨設立帳簿並計算其營利事業所得額課稅者，可比照前五項規定辦理。
中華民國境內總公司，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，準用第一項、第二項、第四項及第五項之規定。
【說明】
一、鑑於國際化公司為有效率管理各分支機構，多設有區域總部，而各該區域總部如不對外營業，其與總公司不對外營業之性質類同，爰修正增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算。
二、有關外國公司在中華民國境內使用資金增減時，應依公司法向經濟部申請變更者，僅限於營運資金部分，至於在臺分公司向總公司之借款，公司法並無相關認許之規定，爰刪除第四項規定，以符實際。
三、原第五項至第七項移列為第四項至第六項。
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