依加值型及非加值型營業稅法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定,藥師(藥劑生)提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍,應按其收入核定藥師、藥劑生之執行業務所得,依法課徵綜合所得稅;故藥局如專營藥品調劑、供應業務,未兼營藥品或其他貨物銷售業務者,免辦營業登記,免課徵營業稅;如藥局除經營藥品調劑、供應業務外,亦兼營藥品或其他貨物銷售業務者,應依法辦理營業登記,其屬經營藥品調劑、供應業務之收入,非屬營業稅課稅範圍,所取得相關藥品之進項憑證,亦不得申報扣抵該藥局之銷項稅額,如屬銷售藥品或其他貨物之收入(如成藥、醫療用品銷售),應依法課徵營業稅。高雄市國稅局特別說明,上開所稱經營藥品調劑、供應業務之收入,係指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入,是藥局依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費,無課徵營業稅問題。
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