依財政部93年4月30日台財稅字第0930451436號令規定,公司依證券交易法或公司法規定發行員工認股權憑證,個人依公司所定之認股辦法行使認股權者,執行權利日標的股票之時價超過認股價格之差額部分,核屬所得稅法第14條第1項第10類規定之其他所得,應計入執行年度之所得額,依法課徵所得稅;股票出售價格與權利執行日標的股票時價之差額為證券交易所得或損失。又財政部93年5月26日台財稅字第0930452711號令規定,「執行權利日」指發行認股權憑證公司或其代理機構依規定交付股票日。

臺北市國稅局舉例,納稅義務人甲君依公司所訂員工認股權辦法,於97年以每股12元行使員工認股權認購10萬股,並於同年4月2日取得股票,當日股票收盤價為每股40元,甲君應於執行權利日,核計其他所得2,800,000元【(40元-12元)×10萬股】。

該局指出,另依證券交易法第157條規定,發行股票公司董事、監察人、經理人或持股超過10%之股東,對公司之上市股票,於取得後6個月內再行賣出,因而獲得利益者,公司應請求將其利益歸於公司。該法條對「歸入權」之規定,尚非限制該等人員不得處分股票。是以,上市公司經理人依員工認股權辦法認購股票,不得主張以取得股票後之6個月後的時價與認購價款之差額核計其他所得金額。

該局進一步表示,公司於個人行使認股權時免予扣繳,惟應依所得稅法第89條第3項規定,就執行權利日標的股票之時價超過認股價格之差額部分,列單申報主管稽徵機關及填發免扣繳憑單。
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