二代健保最大變革在於「補充保險費」的設計，對高薪低報員工薪資的雇主、有兼職收入的受薪階級、有高額獎金的業務員和有高額執行業務所得的律師、會計師、演藝人員，未來的保費負擔都將比現在增加許多。
目前受薪階級的健保費，是由被保險人、雇主、政府各負擔三成、六成和一成，部分企業為節省健保支出，往往低報員工投保薪資，改以其他的名目給付給員工，造成健保費基失真。新法實施後，雇主給付給員工實際薪資與投保薪資之間的差額，雇主都必須繳交二％的補充保費。
以獎金為例，假設一位投保薪資五萬元的上班族，領到卅萬元年終獎金，超過月薪四倍的十萬元，就必須扣取二％，也就是兩千元的補充保險費。
新法對一般民眾最大的影響包括全年累計超過四個月薪水以上的獎金、非所屬投保單位給付之薪資所得、執行業務收入、股利所得、利息所得、租金收入。只要單筆收入超過兩千元以上，都必須繳交二％的補充保費。單筆收入上限為一千萬元，也就是每次收取的補充保費最高不超過二十萬。
依現制規定，身兼二職的民眾僅需選擇其中一位雇主做為投保單位，繳納一份健保費。新制上路後，除了無一定雇主並加入職業工會的第二類被保險人之外，所有人的兼差收入也都必須繳納二％補充保險費。
日前，名模林志玲曾因以第六類無業投保引發爭議，新法將律師、會計師、醫師、藥師、演藝人員等，以技藝自力營生者的收入，都納入收取補充保費的規定。
這些高所得人士的每一筆超過兩千元的執行業務所得，都必須要繳交二％補充保費。但新法也規定，若以雇主、自營業主、自行執業者身份投保，以執行業務所得為投保金額，就不在此限。
例如，一位名模執行業務收入，每年高達一千萬元，需繳交補充保險費二十萬元，但她可選擇以執行業務所得投保，以最高級距十八萬兩千元來算，每年只需繳交約十一萬元健保費，相對划算許多。
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