營利事業註銷,雖然所得基本稅額條例第3條第1項第6款規定,辦理清算申報之營利事業,免辦理所得基本稅額申報;但同條項第7款、第9款及第7條亦規定,辦理決算申報之營利事業,必須沒有享受投資抵減及免稅等獎勵,或課稅所得加計各項免稅所得後之所得額(稱基本所得額)在新臺幣200萬元以下,才可以免辦理所得基本稅額申報。換言之,營利事業若有證券交易所得,該證券交易所得雖然免納所得稅,但係屬營業事業最低稅負制課稅之範疇,為應計入基本所得額之項目,如果課稅所得加計該免稅之證券交易所得後,金額在200萬元以上,則必須辦理所得基本稅額申報。
臺北市國稅局查核A公司96年度營利事業所得稅決算案件,該公司於96年8月20日解散,惟該年度至解散日止證券買賣交易金額達1億5千餘萬元,營業收入及營業成本均申報為0元,該公司說明其係屬專營買賣證券之投資公司,已辦理註銷,依所得稅法第4條之1規定,證券交易所得停徵,無應納稅額,故營業收入及營業成本均申報為0元;又清算免辦理所得基本稅額申報,清算所得亦已依規定分配並辦理扣繳申報云云。惟查該公司證券買賣交易均在解散日之前,其收入及成本應依規定辦理決算申報,並應依前揭規定辦理所得基本稅額申報,該公司未依規定申報,經該局依查得資料,核定補徵應納稅額1千5百餘萬元。
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